seq1 = pF1KSDA0049.tfa, 2898 bp
seq2 = pF1KSDA0049/gi568815581f_43075800.tfa (gi568815581f:43075800_43310071), 234272 bp

>pF1KSDA0049 2898
>gi568815581f:43075800_43310071 (Chr17)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-165  (102137-102199)   100% ->
166-184  (103595-103613)   100% ->
185-207  (104996-105018)   100% ->
208-402  (110451-110645)   100% ->
403-480  (113243-113320)   100% ->
481-695  (113789-114003)   100% ->
696-863  (114810-114977)   100% ->
864-1073  (115573-115782)   100% ->
1074-1233  (117295-117454)   100% ->
1234-1524  (117549-117839)   100% ->
1525-1674  (118551-118700)   100% ->
1675-1750  (119165-119240)   100% ->
1751-1861  (120682-120792)   100% ->
1862-2026  (121143-121307)   100% ->
2027-2468  (124368-124809)   100% ->
2469-2563  (125887-125981)   100% ->
2564-2621  (126856-126913)   100% ->
2622-2727  (127882-127987)   100% ->
2728-2898  (134102-134272)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACCACAGGTTACTCTAAATGTGACTTTTAAAAATGAAATTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACCACAGGTTACTCTAAATGTGACTTTTAAAAATGAAATTCAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTCTGGTTTCTGATCCAGAAAATACAACTTGGGCTGATATCGAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTCTGGTTTCTGATCCAGAAAATACAACTTGGGCTGATATCGAAGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TG         GTAAAAGTTTCATTTGATCTGAATACTATTCAAATAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTG...TAGGTAAAAGTTTCATTTGATCTGAATACTATTCAAATAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTGGATGAGGAAAATGAAGAG         GTATCCATCAACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102176 TACCTGGATGAGGAAAATGAAGAGGTA...TAGGTATCCATCAACAGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AG         GAGAATATGAAGAAGCGCTTAAG         ATGGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103612 AGGTG...TAGGAGAATATGAAGAAGCGCTTAAGGTA...TAGATGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TTAAACAGGGAAACCAACTGCAGATGCAAGTCCACGAAGGGCACCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110458 TTAAACAGGGAAACCAACTGCAGATGCAAGTCCACGAAGGGCACCATGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GTTGATGAAGCCCCACCCCCAGTTGTAGGAGCAAAACGACTAGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110508 GTTGATGAAGCCCCACCCCCAGTTGTAGGAGCAAAACGACTAGCTGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGCAGGGAAGAAGCCACTTGCACATTACTCTTCACTGGTGAGAGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110558 GGCAGGGAAGAAGCCACTTGCACATTACTCTTCACTGGTGAGAGTCTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GATCAGACATGAAGACCCCAGAGGATCCTGCAGTGCAG         TCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110608 GATCAGACATGAAGACCCCAGAGGATCCTGCAGTGCAGGTA...CAGTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTCCACTTGTTCCATGTGACACAGACCAGCCTCAAGACAAGCCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113246 TTTCCACTTGTTCCATGTGACACAGACCAGCCTCAAGACAAGCCCCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTGGTTCACAAGCTACCTGGAGACG         TTCAGAGAACAAGTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113296 CTGGTTCACAAGCTACCTGGAGACGGTG...TAGTTCAGAGAACAAGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTAACGAAACGGTTGAGAAGCTTGAACAGAAATTACATGAAAAGCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113805 TTAACGAAACGGTTGAGAAGCTTGAACAGAAATTACATGAAAAGCTTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTCCAGAACCCATCCTTGGGTTCTTGTCCCTCAGAAGTCTCAATGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113855 CTCCAGAACCCATCCTTGGGTTCTTGTCCCTCAGAAGTCTCAATGCCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTCAGAAGAAACATTGTTTTTGCCAGAAAACCAGTTCAGCTGGCATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113905 TTCAGAAGAAACATTGTTTTTGCCAGAAAACCAGTTCAGCTGGCATATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTTGCAACAACTGCCAAAGAAGGATTGTTGGTGTCCGCTACCAGTGTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113955 CTTGCAACAACTGCCAAAGAAGGATTGTTGGTGTCCGCTACCAGTGTAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696         CCTATGCCCATCCTACAATATCTGTGAAGATTGTGAAGCAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114005 TA...CAGCCTATGCCCATCCTACAATATCTGTGAAGATTGTGAAGCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCCATATGGCCATGACACTAACCACGTCCTGCTGAAGTTGCGGAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114852 GCCATATGGCCATGACACTAACCACGTCCTGCTGAAGTTGCGGAGACCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGTGGGCTCCTCTGAACCGTTCTGTCACTCAAAGTACTCTACTCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114902 TTGTGGGCTCCTCTGAACCGTTCTGTCACTCAAAGTACTCTACTCCTCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTTCCTGCTGCTCTGGAACAAGTCAG         GCTCCAGAAACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114952 CTTCCTGCTGCTCTGGAACAAGTCAGGTA...CAGGCTCCAGAAACAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGATAAGAACTTTCTTAAAGCAGAAAAGCAAAGGTTGCGAGCTGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115588 TGATAAGAACTTTCTTAAAGCAGAAAAGCAAAGGTTGCGAGCTGAGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AACAACGTAAAGCAGAGGTCAAGGAACTTAAAAAGCAGCTTAAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115638 AACAACGTAAAGCAGAGGTCAAGGAACTTAAAAAGCAGCTTAAACTCCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGGAAAATTCACCTGTGGAATTCAATCCATGGACTCCAGAGCCCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115688 AGGAAAATTCACCTGTGGAATTCAATCCATGGACTCCAGAGCCCCAAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCTTTAGGCCGACCTGAGAGCTTGCTCCAGTCTAATACCCTGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115738 TCCTTTAGGCCGACCTGAGAGCTTGCTCCAGTCTAATACCCTGATGTA..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074     GCTCCCTTTGCAGCCCTGTACCTCCGTTATGCCAATGCTCAGTGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115788 .CAGGCTCCCTTTGCAGCCCTGTACCTCCGTTATGCCAATGCTCAGTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCATTTGTGGATGAGAATTTGCCTGATGGGACTCACCTTCAGCCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117341 GCATTTGTGGATGAGAATTTGCCTGATGGGACTCACCTTCAGCCAGGAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAAGTTTATCAAACACTGGAGGATGAAAAATACAGGAAATGTAAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117391 CAAGTTTATCAAACACTGGAGGATGAAAAATACAGGAAATGTAAAGTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGCAGACACAAAG         CTCAAGTTCATGTGGGGAAACCTGACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117441 GTGCAGACACAAAGGTA...CAGCTCAAGTTCATGTGGGGAAACCTGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTGGCTTCCACAGAAAAGAAGGATGTTTTGGTTCCCTGCCTCAAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117576 TTGGCTTCCACAGAAAAGAAGGATGTTTTGGTTCCCTGCCTCAAGGCCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCATGTGGGAGTTGTATCTGTGGAGTTCATTGCCCCAGCCTTGGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117626 CCATGTGGGAGTTGTATCTGTGGAGTTCATTGCCCCAGCCTTGGAGGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CGTATACTTCCCATTGGCGTCTTTCTCACAAAGGCCAGCAATTTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117676 CGTATACTTCCCATTGGCGTCTTTCTCACAAAGGCCAGCAATTTGGGCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CGGGTCTGGTGCAGTATCATAGTAGATCCTTTCCCCTCCGAAGAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117726 CGGGTCTGGTGCAGTATCATAGTAGATCCTTTCCCCTCCGAAGAGAGCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGATAACATTGAAAAGGGCATGATCAGCTCAAGCAAAACTGATGATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117776 TGATAACATTGAAAAGGGCATGATCAGCTCAAGCAAAACTGATGATCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCTGCCAGCAAGAG         GAAACTTTTCTTCTGGCTAAAGAAGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117826 CCTGCCAGCAAGAGGTG...TAGGAAACTTTTCTTCTGGCTAAAGAAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGACAGCTTGGTGAAGTGACTGAGCAGACAGAAGGGACAGCAGCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118578 AGACAGCTTGGTGAAGTGACTGAGCAGACAGAAGGGACAGCAGCCTGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCCACAGAAGGCAAAAAATGTTGCCAGTGAGAGGGAGCTCTACATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118628 CCCACAGAAGGCAAAAAATGTTGCCAGTGAGAGGGAGCTCTACATCCCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CTGTGGATCTTCTGACTGCCCAG         GACCTGCTGTCCTTTGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118678 CTGTGGATCTTCTGACTGCCCAGGTG...TAGGACCTGCTGTCCTTTGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTGTTGGATATAAACATTGTTCAAGAGTTGGAGAGAGTGCCCCACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119183 CTGTTGGATATAAACATTGTTCAAGAGTTGGAGAGAGTGCCCCACAACAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CCCTGTGG         ATGTGACTCCCTGCATGTCTCCTCTGCCACATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 119233 CCCTGTGGGTA...CAGATGTGACTCCCTGCATGTCTCCTCTGCCACATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACAGTCCTTTAATAGAGAAGCCAGGCTTGGGGCAGATAGAGGAAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120715 ACAGTCCTTTAATAGAGAAGCCAGGCTTGGGGCAGATAGAGGAAGAGAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GAAGGGGCAGGATTTAAAGCACTTCCTG         ATTCTATGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120765 GAAGGGGCAGGATTTAAAGCACTTCCTGGTA...CAGATTCTATGGTGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AGTAAAGAGGAAGGCTGAGAACATTGCTTCTGTGGAGGAAGCAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121156 AGTAAAGAGGAAGGCTGAGAACATTGCTTCTGTGGAGGAAGCAGAAGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACCTGAGTGGGACCCAGTTTGTGTGTGAGACAGTAATCCGATCCCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121206 ACCTGAGTGGGACCCAGTTTGTGTGTGAGACAGTAATCCGATCCCTTACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 TTGGATGCTGCCCCAGACCACAACCCTCCTTGCAGACAGAAGTCCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121256 TTGGATGCTGCCCCAGACCACAACCCTCCTTGCAGACAGAAGTCCTTGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GA         TGACATTTGCCTTGCCTGAAGGACCACTTGGAAATGAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121306 GAGTG...TAGTGACATTTGCCTTGCCTGAAGGACCACTTGGAAATGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AGGAGGAGATTATCCATATCGCTGAGGAAGAAGCTGTCATGGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124407 AGGAGGAGATTATCCATATCGCTGAGGAAGAAGCTGTCATGGAGGAGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GAGGATGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGATGAGCTCAAAGATGAAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124457 GAGGATGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGATGAGCTCAAAGATGAAGTTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 AAGTCAGTCCTCTGCTTCCTCAGAGGATTACATCATCATCCTGCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124507 AAGTCAGTCCTCTGCTTCCTCAGAGGATTACATCATCATCCTGCCTGAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GCTTTGATACCAGCCGCCCCCTGGGGGATTCTATGTACAGCTCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124557 GCTTTGATACCAGCCGCCCCCTGGGGGATTCTATGTACAGCTCTGCGCTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TCACAGCCAGGCCTGGAGCGAGGTGCTGAAGGCAAGCCTGGGGTTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124607 TCACAGCCAGGCCTGGAGCGAGGTGCTGAAGGCAAGCCTGGGGTTGAGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TGGGCAGGAACCAGCTGAGGCTGGGGAAAGACTCCCTGGAGGGGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124657 TGGGCAGGAACCAGCTGAGGCTGGGGAAAGACTCCCTGGAGGGGAGAACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AGCCACAGGAGCACAGCATAAGTGACATCCTCACGACCTCACAGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124707 AGCCACAGGAGCACAGCATAAGTGACATCCTCACGACCTCACAGACTCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 GAAACAGTGCCCCTAATCCCAGAGGTAGTGGAGCTTCCACCGTCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124757 GAAACAGTGCCCCTAATCCCAGAGGTAGTGGAGCTTCCACCGTCACTGCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 CAG         GAGCTCTCCTTGTGTACATCATCATGGTTCCCCAGGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124807 CAGGTA...AAGGAGCTCTCCTTGTGTACATCATCATGGTTCCCCAGGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 TGGATTTACCAGTTACCATACCAGAAGTTTCTTCAGTCCCTGATCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125925 TGGATTTACCAGTTACCATACCAGAAGTTTCTTCAGTCCCTGATCAGATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 AGAGGAG         AGCCCAGAGGCTCATCAGGACTTGTAAACAGCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125975 AGAGGAGGTA...TAGAGCCCAGAGGCTCATCAGGACTTGTAAACAGCAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 ACAGAAGAGCTATGACCACTCAAG         GCACCATCATGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126890 ACAGAAGAGCTATGACCACTCAAGGTA...CAGGCACCATCATGGGAGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 GCATTGCTGGAGGACTGGTGAAGGGGGCTTTGTCTGTTGCTGCCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127899 GCATTGCTGGAGGACTGGTGAAGGGGGCTTTGTCTGTTGCTGCCTCTGCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 TACAAGGCCCTGTTTGCTGGGCCACCAGTCACTGCACAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127949 TACAAGGCCCTGTTTGCTGGGCCACCAGTCACTGCACAGGTC...CAGCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 AATAATTTCTGAAGATCAGACAGCAGCCCTGATGGCCCATCTCTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134104 AATAATTTCTGAAGATCAGACAGCAGCCCTGATGGCCCATCTCTTTGAAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 TGGGATTCTGTGACAGGCAGCTGAACCTACGGCTGCTGAAGAAACACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134154 TGGGATTCTGTGACAGGCAGCTGAACCTACGGCTGCTGAAGAAACACAAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2830 TACAATATCCTGCAGGTTGTGACAGAACTTCTTCAGTTAAACAACAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134204 TACAATATCCTGCAGGTTGTGACAGAACTTCTTCAGTTAAACAACAACGA

   3050     .    :    .
   2880 CTGGTACAGCCAACGCTAT
        |||||||||||||||||||
 134254 CTGGTACAGCCAACGCTAT