seq1 = pF1KSDA0048.tfa, 1818 bp
seq2 = pF1KSDA0048/gi568815581f_47815326.tfa (gi568815581f:47815326_48027821), 212496 bp

>pF1KSDA0048 1818
>gi568815581f:47815326_48027821 (Chr17)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-1038  (100831-101805)   99% ->
1039-1351  (107637-107949)   100% ->
1352-1526  (109594-109768)   100% ->
1527-1720  (110023-110216)   99% ->
1721-1818  (112399-112496)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCACTGCTGCTGTGAGTCCCAGTGACTACCTGCAGCCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCACTGCTGCTGTGAGTCCCAGTGACTACCTGCAGCCTGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCACCACCCAG         GACTCCCAGCCATCTCCCTTAGCCCTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCACCACCCAGGCG...CAGGACTCCCAGCCATCTCCCTTAGCCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCTGCAACATGTAGCAAAATTGGCCCTCCAGCAGTTGAAGCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100859 TTGCTGCAACATGTAGCAAAATTGGCCCTCCAGCAGTTGAAGCTGCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACACCTCCTGCTCCCCCACAGCCCACACCGCGGAAACTTGTCCCTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 ACACCTCCTGCTCCCCCACAGCCCACACCGCGGAAACTTGTCCCTATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTGCCCCTCTCCCTCTCAGCCCCGGCAAGAATAGCTTTGGAATCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 ACCTGCCCCTCTCCCTCTCAGCCCCGGCAAGAATAGCTTTGGAATCTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTCCAAAGGAAATATACTTCAGATTCAGGGGTCACAACTGAGCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 CCTCCAAAGGAAATATACTTCAGATTCAGGGGTCACAACTGAGCGCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATCCTGGAGGGCAGCTGGTGTTCGCTATCCAGAATCCCACCATGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 TATCCTGGAGGGCAGCTGGTGTTCGCTATCCAGAATCCCACCATGATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAAGGGACCCGATCAAATGCCAATATCCAGTACCAGGCGGTCCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 CAAAGGGACCCGATCAAATGCCAATATCCAGTACCAGGCGGTCCCTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTCAGGCAAGCAATTCCCAAACCATCCAAGTACAGCCCAATCTCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 TTCAGGCAAGCAATTCCCAAACCATCCAAGTACAGCCCAATCTCACCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGATCCAGATCATCCCTGGCACCAACCAAGCCATCATCACCCCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 CAGATCCAGATCATCCCTGGCACCAACCAAGCCATCATCACCCCCTCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCCAGTCACAAGCCTGTCCCCATCAAGCCAGCCCCCATCCAGAAGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 GTCCAGTCACAAGCCTGTCCCCATCAAGCCAGCCCCCATCCAGAAGTCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTACGACCACCACCCCCGTGCAGAGCGGGGCCAATGTGGTGAAGTTGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 101309 GTACGACCACCACCCCCGTGCAGAGCGGGGCCAATGTGGTGAAGCTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGTGGGGGCGGCAATGTGACGCTCACTCTGCCCGTCAACAACCTCGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 101359 GGTGGGGGCGGCAATGTGACGCTCACTCTGCCCGTCAACAACCTTGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGCCAGTGACACCGGGGCCCCTACTCAGCTCCTCACTGAAAGCCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101409 CGCCAGTGACACCGGGGCCCCTACTCAGCTCCTCACTGAAAGCCCCCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCCCACTGTCTAAGACTAACAAGAAAGCAAGGAAGAAGAGCCTTCCTGCC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101459 CCCCGCTGTCTAAGACTAACAAGAAAGCAAGGAAGAAGAGCCTTCCTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCCCAGCCCCCTGTGGCTGTGGCTGAGCAGGTGGAGACGGTGCTGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 TCCCAGCCCCCTGTGGCTGTGGCTGAGCAGGTGGAGACGGTGCTGATCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GACCACCGCGGACAACATCATCCAGGCAGGAAATAACCTGCTCATTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 GACCACCGCGGACAACATCATCCAGGCAGGAAATAACCTGCTCATTGTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGAGCCCTGGTGGGGGCCAGCCAGCTGTGGTCCAGCAGGTCCAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 AGAGCCCTGGTGGGGGCCAGCCAGCTGTGGTCCAGCAGGTCCAGGTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCCCCCAAGGCCGAGCAGCAGCAGGTGGTACAGATCCCCCAGCAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 CCCCCCAAGGCCGAGCAGCAGCAGGTGGTACAGATCCCCCAGCAGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCGGGTGGTGCAGGCGGCATCTGCCACCCTCCCCACTGTACCCCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101709 GCGGGTGGTGCAGGCGGCATCTGCCACCCTCCCCACTGTACCCCAGAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCTCCCAGAACTTTCAGATCCAGGCAGCTGAGCCGACACCTACTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101759 CCTCCCAGAACTTTCAGATCCAGGCAGCTGAGCCGACACCTACTCAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039       GTCTACATCCGCACGCCTTCCGGTGAGGTGCAGACAGTCCTTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101809 ...CAGGTCTACATCCGCACGCCTTCCGGTGAGGTGCAGACAGTCCTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCAGGACAGCCCCCCAGCAACAGCTGCAGCCACCTCTAACACCACCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107681 CCAGGACAGCCCCCCAGCAACAGCTGCAGCCACCTCTAACACCACCTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCAGCCCTGCATCCCGTGCTCCCCATCTGAGTGGGACCAGCAAAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107731 GCAGCCCTGCATCCCGTGCTCCCCATCTGAGTGGGACCAGCAAAAAGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TCAGCTGCAATTCTCCGAAAAGAGCGTCCCCTGCCAAAGATTGCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107781 TCAGCTGCAATTCTCCGAAAAGAGCGTCCCCTGCCAAAGATTGCCCCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CGGGAGCATCATCAGCCTGAATGCAGCCCAGTTGGCGGCAGCTGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107831 CGGGAGCATCATCAGCCTGAATGCAGCCCAGTTGGCGGCAGCTGCCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CAATGCAGACCATCAACATCAATGGTGTCCAGGTCCAGGGCGTGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107881 CAATGCAGACCATCAACATCAATGGTGTCCAGGTCCAGGGCGTGCCTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 ACCATCACCAACACAGGCG         GGCAGCAGCAGCTGACAGTGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107931 ACCATCACCAACACAGGCGGTG...CAGGGCAGCAGCAGCTGACAGTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GAATGTTTCTGGGAACAACCTGACCATCAGTGGGCTGAGCCCCACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109616 GAATGTTTCTGGGAACAACCTGACCATCAGTGGGCTGAGCCCCACCCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCCAGCTGCAAATGGAACAAGCCCTGGCCGGAGAGACCCAGCCCGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109666 TCCAGCTGCAAATGGAACAAGCCCTGGCCGGAGAGACCCAGCCCGGGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AAGCGGCGCCGCATGGCCTGCACGTGTCCCAACTGCAAGGATGGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109716 AAGCGGCGCCGCATGGCCTGCACGTGTCCCAACTGCAAGGATGGGGAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GAG         GTCTGGAGAGCAGGGCAAGAAGAAGCACGTTTGCCACA
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 109766 GAGGTA...CAGGTCTGGAGAGCAGGGCAAGAAGAAGCACGTGTGCCACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TCCCCGACTGTGGCAAGACGTTCCGTAAGACGTCCTTGCTGCGTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110061 TCCCCGACTGTGGCAAGACGTTCCGTAAGACGTCCTTGCTGCGTGCCCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GTGCGCCTGCACACTGGCGAGCGGCCCTTTGTCTGCAACTGGTTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110111 GTGCGCCTGCACACTGGCGAGCGGCCCTTTGTCTGCAACTGGTTCTTCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TGGGAAGAGGTTCACACGGAGTGACGAGCTCCAACGGCATGCTCGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110161 TGGGAAGAGGTTCACACGGAGTGACGAGCTCCAACGGCATGCTCGCACCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 ACACAG         GGGACAAACGCTTCGAGTGCGCCCAGTGTCAGAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110211 ACACAGGTC...CAGGGGACAAACGCTTCGAGTGCGCCCAGTGTCAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CGCTTCATGAGGAGTGACCACCTCACCAAGCATTACAAGACCCACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112434 CGCTTCATGAGGAGTGACCACCTCACCAAGCATTACAAGACCCACCTGGT

   1850     .    :
   1806 CACGAAGAACTTG
        |||||||||||||
 112484 CACGAAGAACTTG