seq1 = pF1KSDA0046.tfa, 2607 bp
seq2 = pF1KSDA0046/gi568815597f_11707130.tfa (gi568815597f:11707130_11940220), 233091 bp

>pF1KSDA0046 2607
>gi568815597f:11707130_11940220 (Chr1)

1-87  (99134-99220)   100% ->
88-147  (100002-100061)   100% ->
148-213  (108717-108782)   100% ->
214-279  (109486-109551)   100% ->
280-346  (112359-112425)   100% ->
347-453  (115566-115672)   100% ->
454-580  (116578-116704)   100% ->
581-648  (117357-117424)   98% ->
649-707  (119027-119085)   100% ->
708-840  (119960-120092)   100% ->
841-954  (120977-121090)   100% ->
955-1121  (121329-121495)   100% ->
1122-1248  (122067-122193)   100% ->
1249-1372  (126386-126509)   100% ->
1373-1526  (126748-126901)   100% ->
1527-1686  (127107-127266)   100% ->
1687-1793  (127355-127461)   100% ->
1794-1980  (128838-129024)   100% ->
1981-2138  (129870-130027)   100% ->
2139-2295  (130214-130370)   100% ->
2296-2403  (131206-131313)   100% ->
2404-2529  (131406-131531)   100% ->
2530-2607  (133014-133091)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGTGCAGGGGGTCTCTGTGCTGCTGCTGCAGGTGGTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99134 ATGGCGGGGTGCAGGGGGTCTCTGTGCTGCTGCTGCAGGTGGTGCTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGGTGAGCGTGAGACCCGCACCCCCGAGGAGCTG         ACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  99184 CTGCGGTGAGCGTGAGACCCGCACCCCCGAGGAGCTGGTA...TAGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTTGGAGAAACACAGGAGGAGGAGGATGAGATTCTTCCAAGGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 TCCTTGGAGAAACACAGGAGGAGGAGGATGAGATTCTTCCAAGGAAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGAG         AGTTTGGATTATGATCGCTGTATCAATGACCCTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100056 TATGAGGTG...CAGAGTTTGGATTATGATCGCTGTATCAATGACCCTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGGAAGTTTTGGAGACCATGGATAATAAG         AAAGGTCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108752 CCTGGAAGTTTTGGAGACCATGGATAATAAGGTG...CAGAAAGGTCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GATATGAGGCGGTGAAGTGGATGGTGGTGTTTGCCATTGGAGTCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109496 GATATGAGGCGGTGAAGTGGATGGTGGTGTTTGCCATTGGAGTCTGCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCCTG         GTGGGTCTCTTTGTGGACTTTTTTGTGCGACTCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109546 GGCCTGGTG...CAGGTGGGTCTCTTTGTGGACTTTTTTGTGCGACTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CACCCAACTCAAGTTCGGAGTGGTACAGACAT         CGGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112394 CACCCAACTCAAGTTCGGAGTGGTACAGACATGTA...CAGCGGTGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGTGCAGCCAGAAAGGCTGCCTCGCTCTGTCTCTCCTTGAACTCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115575 AGTGCAGCCAGAAAGGCTGCCTCGCTCTGTCTCTCCTTGAACTCCTGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTAACCTCACCTTTGTCTTCCTGGCAAGCCTCCTTGTTCTCATTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115625 TTTAACCTCACCTTTGTCTTCCTGGCAAGCCTCCTTGTTCTCATTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    454        CCGGTGGCAGCAGGTTCCGGGATACCCGAGGTCAAATGCTATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115675 G...CAGCCGGTGGCAGCAGGTTCCGGGATACCCGAGGTCAAATGCTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGAATGGCGTAAAGGTGCCAGGAATCGTCCGTCTCCGGACCCTGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116621 TGAATGGCGTAAAGGTGCCAGGAATCGTCCGTCTCCGGACCCTGCTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAGGTCCTTGGAGTGCTGTTCAGTGTGGCTGGAG         GGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116671 AAGGTCCTTGGAGTGCTGTTCAGTGTGGCTGGAGGTA...CAGGGCTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CGTGGGGAAGGAAGGCCCCATGATCCACAGTGGTTCGGTGGTGGGAGCTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117364 CGTGGAGAAGGAAGGCCCCATGATCCACAGTGGTTCGGTGGTGGGAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCCTCCCTCAG         TTTCAGAGCATCTCCTTACGGAAGATCCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117414 GCCTCCCTCAGGTA...TAGTTTCAGAGCATCTCCTTACGGAAGATCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TTTAACTTCCCCTATTTCCGAAGCGACAG         AGACAAGAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119057 TTTAACTTCCCCTATTTCCGAAGCGACAGGTA...CAGAGACAAGAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CTTTGTATCAGCAGGAGCGGCTGCTGGAGTTGCTGCAGCTTTCGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119972 CTTTGTATCAGCAGGAGCGGCTGCTGGAGTTGCTGCAGCTTTCGGGGCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CAATCGGGGGTACCTTGTTCAGTCTAGAGGAGGGTTCGTCCTTCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120022 CAATCGGGGGTACCTTGTTCAGTCTAGAGGAGGGTTCGTCCTTCTGGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAAGGGCTCACGTGGAAAGTG         CTCTTTTGTTCCATGTCTGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120072 CAAGGGCTCACGTGGAAAGTGGTG...TAGCTCTTTTGTTCCATGTCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CACCTTCACCCTCAACTTCTTCCGTTCTGGGATTCAGTTTGGAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120997 CACCTTCACCCTCAACTTCTTCCGTTCTGGGATTCAGTTTGGAAGCTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GTTCCTTCCAGCTCCCTGGATTGCTGAACTTTGGCGAGTTTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121047 GTTCCTTCCAGCTCCCTGGATTGCTGAACTTTGGCGAGTTTAAGGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955    TGCTCTGACTCTGATAAAAAATGTCATCTCTGGACAGCTATGGATTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121326 CAGTGCTCTGACTCTGATAAAAAATGTCATCTCTGGACAGCTATGGATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGGTTTCTTCGTCGTGATGGGGGTCATTGGGGGCCTCCTGGGAGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121376 GGGTTTCTTCGTCGTGATGGGGGTCATTGGGGGCCTCCTGGGAGCCACAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCAACTGTCTGAACAAGAGGCTTGCAAAGTACCGTATGCGAAACGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121426 TCAACTGTCTGAACAAGAGGCTTGCAAAGTACCGTATGCGAAACGTGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCGAAACCTAAGCTCGTCAG         AGTCTTAGAGAGCCTCCTTGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 121476 CCGAAACCTAAGCTCGTCAGGTA...TAGAGTCTTAGAGAGCCTCCTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTCTCTGGTAACCACCGTGGTGGTGTTTGTGGCCTCGATGGTGTTAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122088 GTCTCTGGTAACCACCGTGGTGGTGTTTGTGGCCTCGATGGTGTTAGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AATGCCGACAGATGTCCTCTTCGAGTCAAATCGGTAATGACTCATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122138 AATGCCGACAGATGTCCTCTTCGAGTCAAATCGGTAATGACTCATTCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTCCAG         GTCACAGAAGATGTGAATTCAAGTATCAAGACATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122188 CTCCAGGTA...CAGGTCACAGAAGATGTGAATTCAAGTATCAAGACATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TTTTTGTCCCAATGATACCTACAATGACATGGCCACACTCTTCTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126421 TTTTTGTCCCAATGATACCTACAATGACATGGCCACACTCTTCTTCAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CGCAGGAGTCTGCCATCCTCCAGCTCTTCCACCAGGATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126471 CGCAGGAGTCTGCCATCCTCCAGCTCTTCCACCAGGATGGTG...CAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 ACTTTCAGCCCCGTCACTCTGGCCTTGTTCTTCGTTCTCTATTTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126750 ACTTTCAGCCCCGTCACTCTGGCCTTGTTCTTCGTTCTCTATTTCTTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TGCATGTTGGACTTACGGCATTTCTGTTCCAAGTGGCCTTTTTGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126800 TGCATGTTGGACTTACGGCATTTCTGTTCCAAGTGGCCTTTTTGTGCCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CTCTGCTGTGTGGAGCTGCTTTTGGACGTTTAGTTGCCAATGTCCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126850 CTCTGCTGTGTGGAGCTGCTTTTGGACGTTTAGTTGCCAATGTCCTAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 AG         CTACATTGGATTGGGCCACATCTATTCGGGGACCTTTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126900 AGGTA...TAGCTACATTGGATTGGGCCACATCTATTCGGGGACCTTTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CCTGATTGGTGCAGCGGCTTTCTTGGGCGGGGTGGTCCGCATGACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127146 CCTGATTGGTGCAGCGGCTTTCTTGGGCGGGGTGGTCCGCATGACCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GCCTCACGGTCATCCTGATCGAGTCCACCAATGAGATCACCTACGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127196 GCCTCACGGTCATCCTGATCGAGTCCACCAATGAGATCACCTACGGGCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CCCATCATGGTCACACTGATG         GTGGCCAAATGGACAGGGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127246 CCCATCATGGTCACACTGATGGTG...CAGGTGGCCAAATGGACAGGGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CTTTTTCAATAAGGGCATTTATGATATCCACGTGGGCCTGCGAGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127375 CTTTTTCAATAAGGGCATTTATGATATCCACGTGGGCCTGCGAGGCGTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CGCTTCTGGAATGGGAGACAGAGGTGGAAATGGACAA         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127425 CGCTTCTGGAATGGGAGACAGAGGTGGAAATGGACAAGTA...CAGGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 AGAGCCAGCGACATCATGGAGCCCAACCTGACCTACGTCTACCCGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128842 AGAGCCAGCGACATCATGGAGCCCAACCTGACCTACGTCTACCCGCACAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCGCATCCAGTCTCTGGTGAGCATCCTGCGCACCACGGTCCACCATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128892 CCGCATCCAGTCTCTGGTGAGCATCCTGCGCACCACGGTCCACCATGCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TCCCGGTGGTCACAGAGAACCGCGGTAACGAGAAGGAGTTCATGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128942 TCCCGGTGGTCACAGAGAACCGCGGTAACGAGAAGGAGTTCATGAAGGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AACCAGCTCATCAGCAACAACATCAAGTTCAAG         AAATCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128992 AACCAGCTCATCAGCAACAACATCAAGTTCAAGGTA...CAGAAATCCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CATCCTCACCCGGGCTGGCGAGCAGCGCAAACGGAGCCAGTCCATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129878 CATCCTCACCCGGGCTGGCGAGCAGCGCAAACGGAGCCAGTCCATGAAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CCTACCCATCCAGCGAGCTACGGAACATGTGTGATGAGCACATCGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129928 CCTACCCATCCAGCGAGCTACGGAACATGTGTGATGAGCACATCGCCTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GAGGAGCCAGCCGAGAAGGAGGACCTCCTGCAGCAGATGCTGGAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129978 GAGGAGCCAGCCGAGAAGGAGGACCTCCTGCAGCAGATGCTGGAAAGGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139          ATACACTCCCTACCCCAACCTATACCCTGACCAGTCCCCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130028 GTG...CAGATACACTCCCTACCCCAACCTATACCCTGACCAGTCCCCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 GTGAAGACTGGACCATGGAGGAGCGGTTCCGCCCTCTGACCTTCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130255 GTGAAGACTGGACCATGGAGGAGCGGTTCCGCCCTCTGACCTTCCACGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 CTGATCCTTCGGTCGCAGCTTGTCACCCTGCTTGTCCGAGGAGTTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130305 CTGATCCTTCGGTCGCAGCTTGTCACCCTGCTTGTCCGAGGAGTTTGTTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 CTCTGAAAGCCAGTCG         AGCGCCAGCCAGCCGCGCCTCTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130355 CTCTGAAAGCCAGTCGGTA...CAGAGCGCCAGCCAGCCGCGCCTCTCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 ATGCCGAGATGGCCGAGGACTACCCGCGGTACCCCGACATCCACGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131231 ATGCCGAGATGGCCGAGGACTACCCGCGGTACCCCGACATCCACGACCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 GACCTGACGCTGCTCAACCCGCGCATGATCGTG         GATGTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 131281 GACCTGACGCTGCTCAACCCGCGCATGATCGTGGTG...CAGGATGTCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 CCCATACATGAACCCTTCGCCTTTCACCGTCTCGCCCAACACCCACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131414 CCCATACATGAACCCTTCGCCTTTCACCGTCTCGCCCAACACCCACGTCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 CCCAAGTCTTCAACCTGTTCAGAACGATGGGCCTGCGCCACCTGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131464 CCCAAGTCTTCAACCTGTTCAGAACGATGGGCCTGCGCCACCTGCCCGTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 GTGAACGCTGTGGGAGAG         ATCGTGGGGATCATCACACGGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 131514 GTGAACGCTGTGGGAGAGGTG...TAGATCGTGGGGATCATCACACGGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 CAACCTCACCTATGAATTTCTGCAGGCCCGGCTGAGGCAGCACTACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133037 CAACCTCACCTATGAATTTCTGCAGGCCCGGCTGAGGCAGCACTACCAGA

   2800     .
   2603 CCATC
        |||||
 133087 CCATC