seq1 = pF1KSDA0043.tfa, 2178 bp
seq2 = pF1KSDA0043/gi568815589r_133933666.tfa (gi568815589r:133933666_134153477), 219812 bp

>pF1KSDA0043 2178
>gi568815589r:133933666_134153477 (Chr9)

(complement)

1-213  (100001-100213)   100% ->
214-351  (101035-101172)   100% ->
352-499  (101769-101916)   100% ->
500-714  (102890-103104)   100% ->
715-1086  (105024-105395)   99% ->
1087-1215  (108057-108185)   100% ->
1216-1407  (111527-111718)   100% ->
1408-1643  (113209-113444)   100% ->
1644-1936  (117154-117446)   100% ->
1937-2065  (118649-118777)   100% ->
2066-2178  (119773-119885)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACCGCCACGACAGTCGCCCCCGCGGGGATCCCGGCGACCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACCGCCACGACAGTCGCCCCCGCGGGGATCCCGGCGACCCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGTGAACCCACCCCCCCCGGAGGTCTCCAACCCCAGCAAGCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGTGAACCCACCCCCCCCGGAGGTCTCCAACCCCAGCAAGCCCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGACCAACCAGCTGCAGTACATGCAGAATGTGGTGGTGAAGACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAGACCAACCAGCTGCAGTACATGCAGAATGTGGTGGTGAAGACGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGAAACACCAGTTCGCCTGGCCCTTCTACCAGCCCGTGGACGCAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGAAACACCAGTTCGCCTGGCCCTTCTACCAGCCCGTGGACGCAATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATTGAACCTGCCG         GATTATCATAAAATAATTAAAAACCCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATTGAACCTGCCGGTG...TAGGATTATCATAAAATAATTAAAAACCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGATATGGGGACTATTAAGAAGAGACTAGAAAATAATTATTATTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101063 TGGATATGGGGACTATTAAGAAGAGACTAGAAAATAATTATTATTGGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAAGCGAATGTATGCAGGACTTCAACACCATGTTTACAAATTGTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101113 GCAAGCGAATGTATGCAGGACTTCAACACCATGTTTACAAATTGTTACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTATAACAAG         CCCACAGATGACATAGTGCTAATGGCCCAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101163 TTATAACAAGGTA...CAGCCCACAGATGACATAGTGCTAATGGCCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTTAGAGAAAATTTTTCTACAAAAAGTGGCCCAGATGCCCCAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101800 CTTTAGAGAAAATTTTTCTACAAAAAGTGGCCCAGATGCCCCAAGAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTGAATTATTACCCCCTGCTCCAAAGGGCAAAGGTCGGAAGCCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101850 GTTGAATTATTACCCCCTGCTCCAAAGGGCAAAGGTCGGAAGCCGGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGAGCCCAGAGCGCAG         GTACACAGCAAGTGGCGGCCGTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101900 GGGAGCCCAGAGCGCAGGTA...AAGGTACACAGCAAGTGGCGGCCGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTCTGTCTCCCCAGCGACCCCCTTTCAGAGCGTGCCCCCCACCGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102914 CCTCTGTCTCCCCAGCGACCCCCTTTCAGAGCGTGCCCCCCACCGTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGACGCCCGTCATCGCTGCCACCCCTGTACCAACCATCACTGCAAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102964 CAGACGCCCGTCATCGCTGCCACCCCTGTACCAACCATCACTGCAAACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACGTCGGTCCCAGTCCCCCCAGCTGCCGCCCCACCTCCTCCTGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103014 CACGTCGGTCCCAGTCCCCCCAGCTGCCGCCCCACCTCCTCCTGCCACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCATCGTCCCCGTGGTCCCTCCTACGCCGCCTGTCGTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103064 CCATCGTCCCCGTGGTCCCTCCTACGCCGCCTGTCGTCAAGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAAAGGGCGTGAAGCGGAAAGCAGACACAACCACTCCCACGACGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105024 AAAAAGGGCGTGAAGCGGAAAGCAGACACAACCACTCCCACGACGTCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATCACTGCCAGCCGGAGTGAGTCGCCCCCGCCGTTGTCAGACCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105074 CATCACTGCCAGCCGGAGTGAGTCGCCCCCGCCGTTGTCAGACCCCAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGCCAAAGTGGTGGCCCGGCGGGAGAGTGGTGGCCGCCCCATCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105124 AGGCCAAAGTGGTGGCCCGGCGGGAGAGTGGTGGCCGCCCCATCAAGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCCAAGAAGGACCTGGAGGACGGCGAGGTGCCCCAGCACGCAGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105174 CCCAAGAAGGACCTGGAGGACGGCGAGGTGCCCCAGCACGCAGGCAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGGCAAGCTGTCGGAGCACCTGCGCTACTGCGACAGCATCCTCAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 105224 GGGCAAGCTGTCGGAGCACCTACGCTACTGCGACAGCATCCTCAGGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCTATCCAAGAAGCACGCGGCCTACGCCTGGCCCTTCTACAAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105274 TGCTATCCAAGAAGCACGCGGCCTACGCCTGGCCCTTCTACAAGCCAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GATGCCGAGGCCCTGGAGCTGCACGACTACCACGACATCATCAAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105324 GATGCCGAGGCCCTGGAGCTGCACGACTACCACGACATCATCAAGCACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GATGGACCTCAGCACCGTGAAA         AGGAAGATGGATGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105374 GATGGACCTCAGCACCGTGAAAGTA...CAGAGGAAGATGGATGGCCGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGTACCCAGACGCACAGGGCTTTGCTGCTGATGTCCGGCTGATGTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108076 AGTACCCAGACGCACAGGGCTTTGCTGCTGATGTCCGGCTGATGTTCTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AATTGCTACAAATACAATCCCCCAGACCACGAGGTTGTGGCCATGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108126 AATTGCTACAAATACAATCCCCCAGACCACGAGGTTGTGGCCATGGCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GAAGCTCCAG         GACGTGTTTGAGATGAGGTTTGCCAAGATGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108176 GAAGCTCCAGGTA...CAGGACGTGTTTGAGATGAGGTTTGCCAAGATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAGATGAGCCCGTGGAGGCACCGGCGCTGCCTGCCCCCGCGGCCCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111558 CAGATGAGCCCGTGGAGGCACCGGCGCTGCCTGCCCCCGCGGCCCCCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTGAGCAAGGGCGCTGAGAGCAGCCGTAGCAGTGAGGAGAGCTCTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111608 GTGAGCAAGGGCGCTGAGAGCAGCCGTAGCAGTGAGGAGAGCTCTTCGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTCAGGCAGCTCGGACTCGGAGGAGGAGCGGGCCACCAGGCTGGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111658 CTCAGGCAGCTCGGACTCGGAGGAGGAGCGGGCCACCAGGCTGGCGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGCAGGAGCAG         CTGAAGGCCGTGCACGAGCAGCTGGCCGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111708 TGCAGGAGCAGGTG...CAGCTGAAGGCCGTGCACGAGCAGCTGGCCGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGTCTCAGGCCCCAGTAAACAAACCAAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113239 CTGTCTCAGGCCCCAGTAAACAAACCAAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GAAGGAGAAGAAGAAGAAGGACAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113289 GAAGGAGAAGAAGAAGAAGGACAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGCACAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TGAAGGCCGAGGAAGAGAAGAAGGCCAAGGTGGCTCCGCCTGCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113339 TGAAGGCCGAGGAAGAGAAGAAGGCCAAGGTGGCTCCGCCTGCCAAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GCTCAGCAGAAGAAGGCTCCTGCCAAGAAGGCCAACAGCACGACCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113389 GCTCAGCAGAAGAAGGCTCCTGCCAAGAAGGCCAACAGCACGACCACGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CGGCAG         ACAGCTGAAGAAAGGCGGCAAGCAGGCATCTGCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113439 CGGCAGGTG...CAGACAGCTGAAGAAAGGCGGCAAGCAGGCATCTGCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CCTACGACTCAGAGGAAGAGGAGGAGGGCCTGCCCATGAGCTACGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117189 CCTACGACTCAGAGGAAGAGGAGGAGGGCCTGCCCATGAGCTACGATGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AAGCGCCAGCTTAGCCTGGACATCAACCGGCTGCCCGGGGAGAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117239 AAGCGCCAGCTTAGCCTGGACATCAACCGGCTGCCCGGGGAGAAGCTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CCGGGTAGTGCACATCATCCAATCTCGGGAGCCCTCGCTCAGGGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117289 CCGGGTAGTGCACATCATCCAATCTCGGGAGCCCTCGCTCAGGGACTCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 ACCCCGACGAGATAGAAATTGACTTTGAGACTCTGAAACCCACCACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117339 ACCCCGACGAGATAGAAATTGACTTTGAGACTCTGAAACCCACCACTTTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CGGGAACTGGAGAGATATGTCAAGTCTTGTTTACAGAAAAAGCAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117389 CGGGAACTGGAGAGATATGTCAAGTCTTGTTTACAGAAAAAGCAAAGGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 ACCGTTCT         CAGCAAGCGGGAAGAAACAGGCAGCCAAGTCGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117439 ACCGTTCTGTA...CAGCAGCAAGCGGGAAGAAACAGGCAGCCAAGTCGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AAGAGGAGCTAGCTCAGGAAAAGAAGAAGGAGCTGGAAAAGCGTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118682 AAGAGGAGCTAGCTCAGGAAAAGAAGAAGGAGCTGGAAAAGCGTCTGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GATGTCAGCGGGCAGCTGAGCAGCAGCAAGAAGCCCGCCCGGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118732 GATGTCAGCGGGCAGCTGAGCAGCAGCAAGAAGCCCGCCCGGAAAGGTA.

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066      AGAAGCCCGGCTCAGCACCCTCAGGGGGCCCGTCCAGGCTCAGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118782 ..CAGAGAAGCCCGGCTCAGCACCCTCAGGGGGCCCGTCCAGGCTCAGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GCAGCAGCTCCTCCGAGTCTGGGAGCAGCAGCTCCAGCGGGTCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119818 GCAGCAGCTCCTCCGAGTCTGGGAGCAGCAGCTCCAGCGGGTCCAGCTCT

   2250     .    :    .
   2161 GACAGCAGTGACTCAGAA
        ||||||||||||||||||
 119868 GACAGCAGTGACTCAGAA