seq1 = pF1KSDA0039.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KSDA0039/gi568815587f_74492659.tfa (gi568815587f:74492659_74740763), 248105 bp

>pF1KSDA0039 1398
>gi568815587f:74492659_74740763 (Chr11)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-116  (101403-101458)   100% ->
117-219  (112034-112136)   100% ->
220-259  (118841-118880)   100% ->
260-392  (120220-120352)   100% ->
393-660  (125879-126146)   100% ->
661-733  (127359-127431)   100% ->
734-899  (132750-132915)   100% ->
900-1006  (136559-136665)   100% ->
1007-1119  (141925-142037)   100% ->
1120-1198  (143539-143617)   100% ->
1199-1398  (147906-148105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACCAGCTTTATCTGGAAAATATAGACGAGTTCGTCACGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACCAGCTTTATCTGGAAAATATAGACGAGTTCGTCACGGACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACAAGATC         GTGACATACAAATGGCTGAGCTATACACTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACAAGATCGTG...CAGGTGACATACAAATGGCTGAGCTATACACTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGTTCATGTTAACCAGGCCAAACA         GATGCTGTATGATTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101434 GGGTTCATGTTAACCAGGCCAAACAGTA...TAGGATGCTGTATGATTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTGAAAGGAAACGAAAAGAAAATTCAGGAGCCCAACTGCATGTTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112050 GTTGAAAGGAAACGAAAAGAAAATTCAGGAGCCCAACTGCATGTTACCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTGGTGTCTGGCAGTCTCATTCAGAATGGACATTCC         TGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 112100 CTTGGTGTCTGGCAGTCTCATTCAGAATGGACATTCCGTA...CAGTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACAAGGTTGCAGTAGTGAGAGAAGATAAATTGGAAG         CAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118845 ACAAGGTTGCAGTAGTGAGAGAAGATAAATTGGAAGGTA...TAGCAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AAGTCCAAGCTAGCTGTGACTGCCAGCATCCATGTGTACAGCATCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120225 AAGTCCAAGCTAGCTGTGACTGCCAGCATCCATGTGTACAGCATCCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGCCATGCTAAAGGACAGTGGGCCTCTGTTCAATACTGACTATGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120275 AGCCATGCTAAAGGACAGTGGGCCTCTGTTCAATACTGACTATGACATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTAAAAGCAACTTGCAGAACTGCAGCAA         ATTTAGTGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120325 TTAAAAGCAACTTGCAGAACTGCAGCAAGTA...CAGATTTAGTGCTATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAATGTGCAGCTGCCGTCCCTAGAGCTCCTGCTGAATCCTCTTCGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125892 CAATGTGCAGCTGCCGTCCCTAGAGCTCCTGCTGAATCCTCTTCGTCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAAAAGTTTGAGCAGTCACATCTTCACATGTCAAGTGAGACACAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125942 CAAAAAGTTTGAGCAGTCACATCTTCACATGTCAAGTGAGACACAAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAATGAGCTGACCACCAATGGTCATGGCCCACCTGCATCCAAGCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125992 ACAATGAGCTGACCACCAATGGTCATGGCCCACCTGCATCCAAGCAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCCCAGCAGCCCAAAGGAATTATGGGAATGTTTGCCTCCAAAGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126042 TCCCAGCAGCCCAAAGGAATTATGGGAATGTTTGCCTCCAAAGCTGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAAACCCAAGAAACCAACAAGGAAACGAAAACAGAGGCTAAAGAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126092 TAAAACCCAAGAAACCAACAAGGAAACGAAAACAGAGGCTAAAGAAGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAAAT         GCATCTGCAGCAGGCAACAAGGCACCAGGGAAAGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126142 CAAATGTA...TAGGCATCTGCAGCAGGCAACAAGGCACCAGGGAAAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATATGATGAGCAACTTTTTTGGAAAAGCTGCTATGA         ATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127395 AATATGATGAGCAACTTTTTTGGAAAAGCTGCTATGAGTA...TAGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATTTAAAGTCAATTTGGACTCAGAACAAGCAGTGAAAGAAGAAAAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132754 ATTTAAAGTCAATTTGGACTCAGAACAAGCAGTGAAAGAAGAAAAAATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGAGCAGCCTACAGTGTCTGTCACGGAACCAAAGCTGGCAACTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132804 TGGAGCAGCCTACAGTGTCTGTCACGGAACCAAAGCTGGCAACTCCTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCCTGAAAAAATCCAGCAAAAAAGCAGAGCCTGTTAAGGTGCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132854 GGCCTGAAAAAATCCAGCAAAAAAGCAGAGCCTGTTAAGGTGCTGCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAAAAAAAAAG         GGGGAAGCGAGTAGCATTATCTGATGATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 132904 GGAAAAAAAAAGGTA...CAGGGGGAAGCGAGTAGCATTATCTGATGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGACAAAGGAAACTGAAAACATGAGGAAAAAGAGGAGAAGAATCAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136588 AGACAAAGGAAACTGAAAACATGAGGAAAAAGAGGAGAAGAATCAAACTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTGAATCTGATAGCAGTGAAGATGAAG         TCTTTCCAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 136638 CCTGAATCTGATAGCAGTGAAGATGAAGGTG...CAGTCTTTCCAGACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCTGGGGCTTATGAAGCTGAGTCACCATCCCCACCTCCTCCTCCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141938 TCCTGGGGCTTATGAAGCTGAGTCACCATCCCCACCTCCTCCTCCGTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CACCTCTTGAACCAGTGCCAAAGACTGAGCCTGAACCTCCTTCTGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141988 CACCTCTTGAACCAGTGCCAAAGACTGAGCCTGAACCTCCTTCTGTCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120          AGCTCAAGTGGAGAAAACAAAAGAAAACGAAAACGCGTACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142038 GTA...TAGAGCTCAAGTGGAGAAAACAAAAGAAAACGAAAACGCGTACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAAATCTAAAACTTACCTGGATGGGGAAGGCTGCATAG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 143580 AAAATCTAAAACTTACCTGGATGGGGAAGGCTGCATAGGTA...CAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CTGAAAAAGTCTACGAGAGTGAATCCTGCACAGATAGTGAAGAGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147909 CTGAAAAAGTCTACGAGAGTGAATCCTGCACAGATAGTGAAGAGGAGCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AACATGAAGACATCCTCAGTACACAGACCCCCTGCCATGACTGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147959 AACATGAAGACATCCTCAGTACACAGACCCCCTGCCATGACTGTGAAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAACCCAGAGAGGAACGAAAGGGCCCCAAGAAAGGGACTGCTGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148009 AGAACCCAGAGAGGAACGAAAGGGCCCCAAGAAAGGGACTGCTGCTCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1352 GCAAAGCCAACAGACAGGTGTCCATTACTGGCTTCTTCCAGAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148059 GCAAAGCCAACAGACAGGTGTCCATTACTGGCTTCTTCCAGAGGAAA