seq1 = pF1KSDA0035.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KSDA0035/gi568815588f_102052411.tfa (gi568815588f:102052411_102262266), 209856 bp

>pF1KSDA0035 2127
>gi568815588f:102052411_102262266 (Chr10)

1-120  (100001-100120)   99% ->
121-176  (104609-104664)   100% ->
177-316  (104779-104918)   100% ->
317-441  (105021-105145)   100% ->
442-607  (105639-105804)   100% ->
608-753  (106783-106928)   100% ->
754-889  (107023-107158)   100% ->
890-1018  (107486-107614)   100% ->
1019-1129  (107823-107933)   100% ->
1130-1771  (108042-108683)   99% ->
1772-1878  (109146-109252)   100% ->
1879-1971  (109423-109515)   100% ->
1972-2127  (109701-109856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGCCGGCATTCGCCGCGTGGTTCCCAGCGACCTGTATCCCCT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGCCGGCATTCGCCGCGTGGTTCCCAGCGACCTGTATCCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGCTCGGCTTCCTGCGCGATAACCAACTCTCAGAGGTGGCCAATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGCTCGGCTTCCTGCGCGATAACCAACTCTCAGAGGTGGCCAATAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCCAAAGCGACAGGAGCT         ACACAGCAGGATGCCAATGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TCGCCAAAGCGACAGGAGCTGTG...CAGACACAGCAGGATGCCAATGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTTCCCTCTTAGACATCTATAGCTTCTGGCTCAA         GTCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104630 TCTTCCCTCTTAGACATCTATAGCTTCTGGCTCAAGTA...CAGGTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGGTCCCAGAGCGAAAGTTACAGGCAAATGGACCAGTGGCTAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104785 CAAGGTCCCAGAGCGAAAGTTACAGGCAAATGGACCAGTGGCTAAGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAAGAAGAAGGCCTCATCCAGTGACAGTGAGGACAGCAGCGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104835 CTAAGAAGAAGGCCTCATCCAGTGACAGTGAGGACAGCAGCGAGGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGAAGTTCAAGGGCCTCCAGCAAAGAAGGCTG         CTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104885 GAGGAAGTTCAAGGGCCTCCAGCAAAGAAGGCTGGTA...CAGCTGTACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCCAAGCGAGTCGGTCTGCCTCCTGGGAAGGCTGCAGCCAAAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105028 TGCCAAGCGAGTCGGTCTGCCTCCTGGGAAGGCTGCAGCCAAAGCATCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGTAGCAGCAGTGAAGAGTCCAGTGATGATGATGATGAGGAGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105078 AGAGTAGCAGCAGTGAAGAGTCCAGTGATGATGATGATGAGGAGGACCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAAACAGCCTGTCCAG         AAGGGAGTTAAGCCCCAAGCCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105128 AAGAAACAGCCTGTCCAGGTT...CAGAAGGGAGTTAAGCCCCAAGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCAGCCAAAGCTCCTCCTAAGAAGGCCAAGAGCTCTGATTCTGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105662 GGCAGCCAAAGCTCCTCCTAAGAAGGCCAAGAGCTCTGATTCTGATTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTCAAGCTCCGAGGATGAGCCACCAAAGAACCAGAAGCCAAAGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105712 ACTCAAGCTCCGAGGATGAGCCACCAAAGAACCAGAAGCCAAAGATAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGTGACAGTTAAAGCTCAGACTAAAGCCCCTCCCAAACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105762 CCTGTGACAGTTAAAGCTCAGACTAAAGCCCCTCCCAAACCAGGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608   CTCGAGCAGCACCTAAAATAGCCAATGGTAAAGCAGCCAGTAGCAGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106781 AGCTCGAGCAGCACCTAAAATAGCCAATGGTAAAGCAGCCAGTAGCAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGTGATGACTCAGAGGAGGAGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106831 GTAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGTGATGACTCAGAGGAGGAGAAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAGCCACCCCCAAGAAGGTCTGGACCATAACTTCTGTCAGGGCAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106881 GCAGCCACCCCCAAGAAGGTCTGGACCATAACTTCTGTCAGGGCAGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754        ACTGTACCTAAAAAGCAAGTTGTGGCCAAGGCCCCAGTGAAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106931 G...CAGACTGTACCTAAAAAGCAAGTTGTGGCCAAGGCCCCAGTGAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGCTACCACCCCTACCCGGAAGAGTTCTAGCAGTGAGGATTCCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107066 CAGCTACCACCCCTACCCGGAAGAGTTCTAGCAGTGAGGATTCCTCCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACGAGGAAGAGGAGCAAAAAAAACCCATGAAAAATAAACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107116 GACGAGGAAGAGGAGCAAAAAAAACCCATGAAAAATAAACCAGGTG...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   GTCCCTACAGTTCAGTCCCCCCGCCTTCTGCTCCCCCACCAAAGAAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107484 AGGTCCCTACAGTTCAGTCCCCCCGCCTTCTGCTCCCCCACCAAAGAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCTGGGAACCCAGCCTCCCAAGAAGGCTGTGGAGAAGCAGCAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107534 CTCTGGGAACCCAGCCTCCCAAGAAGGCTGTGGAGAAGCAGCAGCCTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAAGCAGTGAAGACAGCAGTGATGAGTCTG         ATTCAAGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107584 GAAAGCAGTGAAGACAGCAGTGATGAGTCTGGTG...CAGATTCAAGTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAGAAGAGAAGAAACCCCCAACTAAGGCAGTAGTCTCTAAAGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107833 TGAAGAAGAGAAGAAACCCCCAACTAAGGCAGTAGTCTCTAAAGCAACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTAAACCACCTCCAGCAAAGAAAGCAGCAGAGAGCTCTTCAGACAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107883 CTAAACCACCTCCAGCAAAGAAAGCAGCAGAGAGCTCTTCAGACAGCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 G         ACTCTGACAGCTCTGAGGATGATGAAGCTCCTTCTAAGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107933 GGTA...TAGACTCTGACAGCTCTGAGGATGATGAAGCTCCTTCTAAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGCTGGTACCACCAAGAATTCTTCAAATAAGCCAGCTGTCACCACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108082 AGCTGGTACCACCAAGAATTCTTCAAATAAGCCAGCTGTCACCACCAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACCTGCAGTGAAGCCAGCTGCAGCCCCCAAGCAACCTGTGGGCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108132 CACCTGCAGTGAAGCCAGCTGCAGCCCCCAAGCAACCTGTGGGCGGTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGAAGCTTCTGACGAGAAAGGCTGACAGCAGCTCCAGTGAGGAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108182 CAGAAGCTTCTGACGAGAAAGGCTGACAGCAGCTCCAGTGAGGAAGAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGCTCCAGTGAGGAGGAGAAGACAAAGAAGATGGTGGCCACCACTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108232 CAGCTCCAGTGAGGAGGAGAAGACAAAGAAGATGGTGGCCACCACTAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCAAGGCGACTGCCAAAGCAGCTCTACCTCTGCCTGCCAAGCAGGCTCCT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 108282 CCAAGGCGACTGCCAAAGCAGCTCTATCTCTGCCTGCCAAGCAGGCTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGGGTAGTAGGGACAGCAGCTCTGATTCAGACAGCTCCAGCAGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108332 CAGGGTAGTAGGGACAGCAGCTCTGATTCAGACAGCTCCAGCAGTGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGAGGAAGAGAAGACATCTAAGTCTGCAGTTAAGAAGAAGCCACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108382 GGAGGAAGAGAAGACATCTAAGTCTGCAGTTAAGAAGAAGCCACAGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TAGCAGGAGGTGCAGCCCCTTCCAAGCCAGCCTCTGCAAAGAAAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108432 TAGCAGGAGGTGCAGCCCCTTCCAAGCCAGCCTCTGCAAAGAAAGGAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCTGAGAGCAGCAACAGTTCTTCTTCTGATGACTCCAGTGAGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108482 GCTGAGAGCAGCAACAGTTCTTCTTCTGATGACTCCAGTGAGGAAGAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGAGAAGCTCAAGGGCAAGGGCTCTCCAAGACCACAAGCCCCCAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108532 AGAGAAGCTCAAGGGCAAGGGCTCTCCAAGACCACAAGCCCCCAAGGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATGGCACCTCTGCACTGACTGCCCAGAATGGAAAAGCAGCTAAGAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108582 ATGGCACCTCTGCACTGACTGCCCAGAATGGAAAAGCAGCTAAGAACAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAGGAGGAGGAAGAAGAAAAGAAAAAGGCGGCAGTGGTAGTTTCCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108632 GAGGAGGAGGAAGAAGAAAAGAAAAAGGCGGCAGTGGTAGTTTCCAAATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AG         GTTCATTAAAGAAGCGGAAGCAGAATGAGGCTGCCAAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108682 AGGTC...TAGGTTCATTAAAGAAGCGGAAGCAGAATGAGGCTGCCAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGGCAGAGACTCCTCAGGCCAAGAAGATAAAGCTTCAGACCCCTAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109185 AGGCAGAGACTCCTCAGGCCAAGAAGATAAAGCTTCAGACCCCTAACACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TTTCCAAAAAGGAAGAAA         GGAGAAAAAAGGGCATCATCCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109235 TTTCCAAAAAGGAAGAAAGTA...TAGGGAGAAAAAAGGGCATCATCCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 ATTCCGAAGGGTCAGGGAGGAGGAAATTGAGGTGGATTCACGAGTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109446 ATTCCGAAGGGTCAGGGAGGAGGAAATTGAGGTGGATTCACGAGTTGCGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ACAACTCCTTTGATGCCAAG         CGAGGTGCAGCCGGAGACTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109496 ACAACTCCTTTGATGCCAAGGTG...CAGCGAGGTGCAGCCGGAGACTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GGAGAGCGAGCCAATCAGGTTTTGAAGTTCACCAAAGGCAAGTCCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109722 GGAGAGCGAGCCAATCAGGTTTTGAAGTTCACCAAAGGCAAGTCCTTTCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GCATGAGAAAACCAAGAAGAAGCGGGGCAGCTACCGGGGAGGCTCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109772 GCATGAGAAAACCAAGAAGAAGCGGGGCAGCTACCGGGGAGGCTCAATCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2093 CTGTCCAGGTCAATTCTATTAAGTTTGACAGCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109822 CTGTCCAGGTCAATTCTATTAAGTTTGACAGCGAG