seq1 = pF1KSDA0033.tfa, 873 bp
seq2 = pF1KSDA0033/gi568815587r_9183427.tfa (gi568815587r:9183427_9414441), 231015 bp

>pF1KSDA0033 873
>gi568815587r:9183427_9414441 (Chr11)

(complement)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-239  (114741-114858)   100% ->
240-368  (119055-119183)   100% ->
369-462  (125907-126000)   100% ->
463-567  (126636-126740)   100% ->
568-706  (127849-127987)   100% ->
707-873  (130849-131015)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAAGGCAGAGTCGCCGAACGATCGCAGTTGGGCGCTCACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAAAGGCAGAGTCGCCGAACGATCGCAGTTGGGCGCTCACCACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCCCCGTGGGGGACGGGGCAGCGGGGACGCGGGGTCTCGCGGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCCCCGTGGGGGACGGGGCAGCGGGGACGCGGGGTCTCGCGGCGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCAGAGACCACCAGAAGG         AAAAATCCTGGGTAGAAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 GCAGCAGAGACCACCAGAAGGGTG...CAGAAAAATCCTGGGTAGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGATCAGCAAGAATGTCACTCCTTATATTGGTGTCCATTTTCTTATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114761 GGATCAGCAAGAATGTCACTCCTTATATTGGTGTCCATTTTCTTATCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCTTTTGTTATGTTTTTGGTATATAAAAATTTTCCTCAGCTTAGTGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114811 AGCTTTTGTTATGTTTTTGGTATATAAAAATTTTCCTCAGCTTAGTGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        AGAAGAAAGAGTGAATATGAAGGTTCCCAGAGATATGGATGAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114861 A...CAGAGAAGAAAGAGTGAATATGAAGGTTCCCAGAGATATGGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAAGGCTCTAGGAAAAGTTTTATCCAAATACAAGGACACCTTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119098 GCCAAGGCTCTAGGAAAAGTTTTATCCAAATACAAGGACACCTTTTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAAGTACTTGTAGCTTATTTTGCTACATATATTTT         CTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119148 TCAAGTACTTGTAGCTTATTTTGCTACATATATTTTGTA...CAGCTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAACATTTGCTATTCCAGGCTCTATATTTCTCAGTATACTCTCAGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125912 AAACATTTGCTATTCCAGGCTCTATATTTCTCAGTATACTCTCAGGGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTTATCCCTTTCCACTAGCCTTATTTCTTGTTTGTTTG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125962 CTTTATCCCTTTCCACTAGCCTTATTTCTTGTTTGTTTGGTA...CAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCTGGACTTGGTGCCTCTTTCTGTTATATGCTTTCCTATTTAGTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126638 TTCTGGACTTGGTGCCTCTTTCTGTTATATGCTTTCCTATTTAGTTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACCAGTTGTATACAAATACCTAACAGAGAAAGCAGTAAAATGGTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126688 GACCAGTTGTATACAAATACCTAACAGAGAAAGCAGTAAAATGGTCACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAG         GTTGAACGTCATAGAGAACATCTCATTAACTACATTAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126738 CAGGTA...CAGGTTGAACGTCATAGAGAACATCTCATTAACTACATTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTTTTGAGAATAACACCATTTCTGCCTAATTGGTTTATTAATATCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127887 ATTTTTGAGAATAACACCATTTCTGCCTAATTGGTTTATTAATATCACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTCCTGTGATAAACGTGCCATTGAAAGTTTTTTTTATTGGTACTTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127937 CTCCTGTGATAAACGTGCCATTGAAAGTTTTTTTTATTGGTACTTTTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 G         GTGTTGCACCTCCTTCTTTTGTAGCCATTAAGGCAGGAAC
        |>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127987 GGTA...CAGGTGTCGCACCTCCTTCTTTTGTAGCCATTAAGGCAGGAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACACTGTATCAACTTACAACAGCAGGAGAAGCTGTTTCCTGGAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130889 AACACTGTATCAACTTACAACAGCAGGAGAAGCTGTTTCCTGGAACTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TATTTATTCTGATGATCTTGGCTGTTCTTTCTATTCTGCCAGCCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130939 TATTTATTCTGATGATCTTGGCTGTTCTTTCTATTCTGCCAGCCATCTTC

    900     .    :    .    :    .
    847 CAAAAAAAACTAAAGCAGAAATTTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 130989 CAAAAAAAACTAAAGCAGAAATTTGAG