seq1 = pF1KSDA0031.tfa, 2916 bp
seq2 = pF1KSDA0031/gi568815581r_44751277.tfa (gi568815581r:44751277_44994521), 243245 bp

>pF1KSDA0031 2916
>gi568815581r:44751277_44994521 (Chr17)

(complement)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-271  (107772-107937)   100% ->
272-350  (109188-109266)   100% ->
351-426  (110798-110873)   100% ->
427-492  (111364-111429)   100% ->
493-528  (112800-112835)   100% ->
529-619  (113878-113968)   100% ->
620-702  (114884-114966)   100% ->
703-869  (118422-118588)   100% ->
870-994  (121952-122076)   100% ->
995-1058  (126172-126235)   100% ->
1059-1149  (126625-126715)   100% ->
1150-1285  (129457-129592)   100% ->
1286-1413  (130740-130867)   100% ->
1414-1607  (131616-131809)   100% ->
1608-1719  (133979-134090)   100% ->
1720-1860  (134477-134617)   100% ->
1861-1962  (135341-135442)   100% ->
1963-2045  (137365-137447)   100% ->
2046-2132  (139518-139604)   100% ->
2133-2259  (139840-139966)   100% ->
2260-2347  (140166-140253)   100% ->
2348-2466  (140887-141005)   100% ->
2467-2561  (141132-141226)   100% ->
2562-2715  (141960-142113)   100% ->
2716-2823  (142705-142812)   100% ->
2824-2916  (143153-143245)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATACCGACTTATATGATGAGTTTGGGAATTATATTGGACCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATACCGACTTATATGATGAGTTTGGGAATTATATTGGACCAGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATTCTGATGAAGATGATGATGAATTGGGTAGAGAGACCAAAGATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATTCTGATGAAGATGATGATGAATTGGGTAGAGAGACCAAAGATCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAG         ATGGATGATGATGACGACGACGATGACGTAGGAGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGAGGTA...CAGATGGATGATGATGACGACGACGATGACGTAGGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGACGATGACCACCCTGGGATGGAGGTGGTGCTGCATGAGGACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107808 CATGACGATGACCACCCTGGGATGGAGGTGGTGCTGCATGAGGACAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTACTACCCAACAGCCGAGGAGGTGTATGGTCCTGAGGTGGAGACCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107858 GTACTACCCAACAGCCGAGGAGGTGTATGGTCCTGAGGTGGAGACCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCAAGAGGAAGACACTCAGCCTCTCACAG         AACCCATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107908 TTCAAGAGGAAGACACTCAGCCTCTCACAGGTA...TAGAACCCATTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCCAGTGAAAACCAAGAAATTCACTCTGATGGAGCAGACATTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109199 AAGCCAGTGAAAACCAAGAAATTCACTCTGATGGAGCAGACATTACCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACGGTGTATGAGATGGA         TTTCTTGGCGGATCTGATGGATA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109249 TACGGTGTATGAGATGGAGTA...CAGTTTCTTGGCGGATCTGATGGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTCAGAGCTCATCAGAAATGTGACCCTTTGTGGACATCTCCACCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110821 ACTCAGAGCTCATCAGAAATGTGACCCTTTGTGGACATCTCCACCATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAG         ACATGTTTTGTGGATTGTTTAATTGAACAGACTCACCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110871 AAGGTA...TAGACATGTTTTGTGGATTGTTTAATTGAACAGACTCACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAAATCAGAAAGCGCTATGACCAAGAT         CTGTGCTATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111402 GGAAATCAGAAAGCGCTATGACCAAGATGTA...CAGCTGTGCTATACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACATCCTCTTCACAGAGCAAGAG         AGAGGTGTAGGCATCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112813 ACATCCTCTTCACAGAGCAAGAGGTA...CAGAGAGGTGTAGGCATCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGCACTCCTGTGACAGTGGTCTTGCCAGACACCAAAGGAAAATCTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113896 AGCACTCCTGTGACAGTGGTCTTGCCAGACACCAAAGGAAAATCTTATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTTCAATATCATGGACACTCCAG         GACATGTGAATTTCTCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 113946 CTTCAATATCATGGACACTCCAGGTA...CAGGACATGTGAATTTCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGAGGTCACAGCTGGCTTGCGCATCTCAGATGGAGTGGTCCTTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114902 ATGAGGTCACAGCTGGCTTGCGCATCTCAGATGGAGTGGTCCTTTTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATGCTGCTGAGGGG         GTGATGCTGAACACAGAGCGGCTGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114952 GATGCTGCTGAGGGGGTG...CAGGTGATGCTGAACACAGAGCGGCTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAAGCATGCGGTGCAGGAGAGGCTGGCAGTCACTGTGTGCATCAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118448 CAAGCATGCGGTGCAGGAGAGGCTGGCAGTCACTGTGTGCATCAACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGACCGGCTGATCCTGGAGCTGAAGCTGCCTCCAACTGATGCTTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118498 TTGACCGGCTGATCCTGGAGCTGAAGCTGCCTCCAACTGATGCTTATTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGCTGCGCCACATTGTGGATGAGGTCAATGGATTAATAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118548 AAGCTGCGCCACATTGTGGATGAGGTCAATGGATTAATAAGGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CATGTATTCCACTGATGAGAACCTGATCCTTTCCCCACTCCTGGGTAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121952 CATGTATTCCACTGATGAGAACCTGATCCTTTCCCCACTCCTGGGTAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCTGCTTCTCCAGCTCCCAGTACAGCATCTGCTTCACGCTGGGCTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122002 TCTGCTTCTCCAGCTCCCAGTACAGCATCTGCTTCACGCTGGGCTCCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCCAAGATCTATGCCGACACCTTTG         GTGACATTAATTACCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122052 GCCAAGATCTATGCCGACACCTTTGGTA...TAGGTGACATTAATTACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGAATTTGCTAAAAGACTCTGGGGTGACATCTACTTCAACCCTAAGAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126188 AGAATTTGCTAAAAGACTCTGGGGTGACATCTACTTCAACCCTAAGACGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059        GCGAAAGTTCACCAAAAAGGCCCCAACTAGCAGCTCCCAGAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126238 A...TAGGCGAAAGTTCACCAAAAAGGCCCCAACTAGCAGCTCCCAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AGTTTCGTGGAGTTTATCTTGGAGCCTCTTTATAAGATCCTCGCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126668 AGTTTCGTGGAGTTTATCTTGGAGCCTCTTTATAAGATCCTCGCCCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150        GTTGTAGGTGACGTGGACACCAGCCTCCCACGGACCCTAGACG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126718 G...CAGGTTGTAGGTGACGTGGACACCAGCCTCCCACGGACCCTAGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGCTTGGCATCCACCTGACGAAGGAGGAGCTGAAGCTGAACATCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129500 AGCTTGGCATCCACCTGACGAAGGAGGAGCTGAAGCTGAACATCCGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TTGCTCAGGCTGGTCTGCAAAAAGTTCTTTGGCGAGTTCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129550 TTGCTCAGGCTGGTCTGCAAAAAGTTCTTTGGCGAGTTCACAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286   GCTTTGTGGACATGTGTGTGCAGCATATCCCTTCTCCAAAGGTGGGCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130738 AGGCTTTGTGGACATGTGTGTGCAGCATATCCCTTCTCCAAAGGTGGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCAAGCCCAAGATTGAGCACACCTACACCGGTGGTGTGGACTCCGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130788 CCAAGCCCAAGATTGAGCACACCTACACCGGTGGTGTGGACTCCGACCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GGCGAGGCTATGAGTGACTGTGACCCTGAT         GGCCCCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 130838 GGCGAGGCTATGAGTGACTGTGACCCTGATGTA...CAGGGCCCCCTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GTGCCACACTACTAAGATGTACAGCACAGATGATGGAGTCCAGTTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131627 GTGCCACACTACTAAGATGTACAGCACAGATGATGGAGTCCAGTTTCACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CCTTTGGCCGGGTGCTGAGTGGCACCATTCATGCTGGGCAGCCTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131677 CCTTTGGCCGGGTGCTGAGTGGCACCATTCATGCTGGGCAGCCTGTGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTACTGGGGGAGAACTACACCCTGGAGGATGAGGAAGACTCCCAGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131727 GTACTGGGGGAGAACTACACCCTGGAGGATGAGGAAGACTCCCAGATATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CACCGTGGGCCGCCTTTGGATCTCTGTGGCCAG         GTACCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 131777 CACCGTGGGCCGCCTTTGGATCTCTGTGGCCAGGTA...CAGGTACCACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TCGAGGTGAACCGTGTTCCTGCTGGCAACTGGGTTCTGATTGAAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133987 TCGAGGTGAACCGTGTTCCTGCTGGCAACTGGGTTCTGATTGAAGGTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GATCAACCAATTGTGAAGACAGCAACCATAACCGAACCCCGAGGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134037 GATCAACCAATTGTGAAGACAGCAACCATAACCGAACCCCGAGGCAATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GGAG         GCTCAGATTTTCCGACCCTTGAAGTTCAATACCACAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134087 GGAGGTA...CAGGCTCAGATTTTCCGACCCTTGAAGTTCAATACCACAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CTGTTATCAAGATTGCTGTGGAGCCAGTCAACCCCTCAGAGCTGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134514 CTGTTATCAAGATTGCTGTGGAGCCAGTCAACCCCTCAGAGCTGCCCAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 ATGCTTGATGGCCTGCGCAAGGTCAACAAGAGCTATCCATCCCTCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134564 ATGCTTGATGGCCTGCGCAAGGTCAACAAGAGCTATCCATCCCTCACCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CAAG         GTGGAGGAGTCTGGCGAGCATGTGATCCTGGGCACTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134614 CAAGGTA...CAGGTGGAGGAGTCTGGCGAGCATGTGATCCTGGGCACTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GGGAGCTCTACCTGGACTGTGTGATGCATGATTTGCGGAAGATGTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135378 GGGAGCTCTACCTGGACTGTGTGATGCATGATTTGCGGAAGATGTACTCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GAGATAGACATCAAG         GTGGCTGACCCAGTTGTCACGTTTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 135428 GAGATAGACATCAAGGTA...CAGGTGGCTGACCCAGTTGTCACGTTTTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 TGAGACGGTGGTGGAAACATCCTCCCTCAAGTGCTTTGCTGAAACGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137391 TGAGACGGTGGTGGAAACATCCTCCCTCAAGTGCTTTGCTGAAACGCCTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 ATAAGAA         GAACAAGATCACCATGATTGCTGAGCCTCTTGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137441 ATAAGAAGTA...CAGGAACAAGATCACCATGATTGCTGAGCCTCTTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 AAGGGCCTGGCAGAGGACATAGAGAATGAGGTGGTCCAGATTACGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139552 AAGGGCCTGGCAGAGGACATAGAGAATGAGGTGGTCCAGATTACGTGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 CAG         GAAGAAGCTGGGAGAGTTCTTCCAGACCAAGTACGATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139602 CAGGTG...CAGGAAGAAGCTGGGAGAGTTCTTCCAGACCAAGTACGATT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 GGGATCTGCTGGCTGCCCGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGATGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139878 GGGATCTGCTGGCTGCCCGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGATGCGACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 GGCCCCAACATTCTGGTGGATGATACTCTGCCCTCTGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139928 GGCCCCAACATTCTGGTGGATGATACTCTGCCCTCTGAGGTA...TAGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 GGACAAGGCTCTTCTTGGTTCAGTGAAGGACAGCATCGTTCAAGGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140168 GGACAAGGCTCTTCTTGGTTCAGTGAAGGACAGCATCGTTCAAGGTTTCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 AGTGGGGAACCAGGGAGGGCCCCCTCTGTGATGAAT         TGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 140218 AGTGGGGAACCAGGGAGGGCCCCCTCTGTGATGAATGTA...CAGTGATT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 CGGAATGTCAAGTTTAAGATCCTGGATGCGGTGGTTGCCCAGGAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140892 CGGAATGTCAAGTTTAAGATCCTGGATGCGGTGGTTGCCCAGGAGCCCCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 GCACCGGGGCGGGGGCCAGATCATCCCCACAGCCAGGAGAGTCGTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140942 GCACCGGGGCGGGGGCCAGATCATCCCCACAGCCAGGAGAGTCGTCTACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 CTGCCTTCCTCATG         GCTACTCCTCGTCTGATGGAGCCTTAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 140992 CTGCCTTCCTCATGGTA...CAGGCTACTCCTCGTCTGATGGAGCCTTAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2494 TACTTTGTAGAGGTCCAGGCCCCTGCAGATTGCGTCTCTGCAGTTTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141159 TACTTTGTAGAGGTCCAGGCCCCTGCAGATTGCGTCTCTGCAGTTTATAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2544 CGTCCTGGCCAGGCGCAG         GGGGCACGTGACTCAGGATGCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 141209 CGTCCTGGCCAGGCGCAGGTG...CAGGGGGCACGTGACTCAGGATGCAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2585 CCATCCCAGGCTCCCCTCTGTACACCATCAAAGCTTTTATCCCGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141983 CCATCCCAGGCTCCCCTCTGTACACCATCAAAGCTTTTATCCCGGCCATC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2635 GACTCTTTTGGCTTTGAGACTGATCTCCGGACTCACACCCAGGGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142033 GACTCTTTTGGCTTTGAGACTGATCTCCGGACTCACACCCAGGGACAAGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2685 CTTTTCTCTGTCTGTCTTCCACCACTGGCAG         ATTGTGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 142083 CTTTTCTCTGTCTGTCTTCCACCACTGGCAGGTG...TAGATTGTGCCTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2726 GTGATCCCCTGGACAAGAGCATTGTCATCCGCCCCTTGGAGCCACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142715 GTGATCCCCTGGACAAGAGCATTGTCATCCGCCCCTTGGAGCCACAGCCA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2776 GCTCCTCACCTGGCCCGGGAATTCATGATCAAAACCCGCCGTAGGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 142765 GCTCCTCACCTGGCCCGGGAATTCATGATCAAAACCCGCCGTAGGAAGGT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2824        GGCCTCAGTGAAGATGTGAGCATCAGCAAATTCTTCGATGATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142815 A...CAGGGCCTCAGTGAAGATGTGAGCATCAGCAAATTCTTCGATGATC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2867 CTATGTTGCTGGAACTTGCCAAACAGGATGTTGTGCTCAATTACCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143196 CTATGTTGCTGGAACTTGCCAAACAGGATGTTGTGCTCAATTACCCCATG