seq1 = pF1KSDA0025.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KSDA0025/gi568815582f_56832245.tfa (gi568815582f:56832245_57043287), 211043 bp

>pF1KSDA0025 1173
>gi568815582f:56832245_57043287 (Chr16)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-225  (102991-103068)   100% ->
226-300  (103157-103231)   100% ->
301-431  (104443-104573)   100% ->
432-554  (106993-107115)   100% ->
555-905  (107651-108001)   100% ->
906-1011  (109888-109993)   100% ->
1012-1173  (110882-111043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCCGAGACCGAACCCGAGCCCGTCACGCTCCTGGTGAAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCCGAGACCGAACCCGAGCCCGTCACGCTCCTGGTGAAGAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCAGCGCCACCGCGACTTGGAGCTGAGTGGCGACCGCGGCTGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCAGCGCCACCGCGACTTGGAGCTGAGTGGCGACCGCGGCTGGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCCACCTCAAGGCCCACCTGAGCCGCGTCTACCCCGAGCGTCCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 TGGGCCACCTCAAGGCCCACCTGAGCCGCGTCTACCCCGAGCGTCCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       CGTCCAGAGGACCAGAGGTTAATTTATTCTGGGAAGCTGTTGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGCGTCCAGAGGACCAGAGGTTAATTTATTCTGGGAAGCTGTTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATCACCAATGTCTCAGGGACTTGCTTCCAAAG         CAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103035 GGATCACCAATGTCTCAGGGACTTGCTTCCAAAGGTA...TAGCAGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACGGCATGTTTTGCATCTGGTGTGCAATGTGAAGAGTCCTTCAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103164 AACGGCATGTTTTGCATCTGGTGTGCAATGTGAAGAGTCCTTCAAAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAAATCAACGCCAAG         GTGGCTGAATCCACAGAGGAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103214 CCAGAAATCAACGCCAAGGTG...TAGGTGGCTGAATCCACAGAGGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTGGTTCTAATCGGGGACAGTATCCTGAGGATTCCTCAAGTGATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 TGCTGGTTCTAATCGGGGACAGTATCCTGAGGATTCCTCAAGTGATGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAGGCAAAGGGAAGTTCTTCGGAACCTTTCTTCCCCTGGATGGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 TAAGGCAAAGGGAAGTTCTTCGGAACCTTTCTTCCCCTGGATGGGAAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCTCAAG         GCCTGAAGCTGCCCAGCAGGCATTCCAAGGCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104566 ATCTCAAGGTG...TAGGCCTGAAGCTGCCCAGCAGGCATTCCAAGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGTCCTGGTTTCTCCGGTTACACACCCTATGGGTGGCTTCAGCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107026 GGGTCCTGGTTTCTCCGGTTACACACCCTATGGGTGGCTTCAGCTTTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGTTCCAGCAGATATATGCACGACAGTACTACATGCAATA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107076 GGTTCCAGCAGATATATGCACGACAGTACTACATGCAATAGTG...TAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTAGCAGCCACTGCTGCATCAGGGGCTTTTGTTCCACCACCAAGTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107652 TTAGCAGCCACTGCTGCATCAGGGGCTTTTGTTCCACCACCAAGTGCACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAGATACCTGTGGTCTCTGCACCTGCTCCAGCCCCTATTCACAACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107702 AGAGATACCTGTGGTCTCTGCACCTGCTCCAGCCCCTATTCACAACCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCCAGCTGAAAACCAGCCTGCCAATCAGAATGCTGCTCCTCAAGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107752 TTCCAGCTGAAAACCAGCCTGCCAATCAGAATGCTGCTCCTCAAGTGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTAATCCTGGAGCCAATCAAAATTTGCGGATGAATGCACAAGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107802 GTTAATCCTGGAGCCAATCAAAATTTGCGGATGAATGCACAAGGTGGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATTGTGGAAGAAGATGATGAAATAAATCGAGATTGGTTGGATTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107852 TATTGTGGAAGAAGATGATGAAATAAATCGAGATTGGTTGGATTGGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATTCAGCAGCTACATTTTCTGTTTTTCTCAGTATCCTCTACTTCTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107902 ATTCAGCAGCTACATTTTCTGTTTTTCTCAGTATCCTCTACTTCTACTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCCCTGAGCAGATTCCTCATGGTCATGGGGGCCACCGTTGTTATGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107952 TCCCTGAGCAGATTCCTCATGGTCATGGGGGCCACCGTTGTTATGTACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906          GCATCACGTTGGGTGGTTTCCATTTAGACCGAGGCCGGTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108002 GTA...AAGGCATCACGTTGGGTGGTTTCCATTTAGACCGAGGCCGGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAACTTCCCAAATGATGGTCCTCCTCCTGACGTTGTAAATCAGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109929 AGAACTTCCCAAATGATGGTCCTCCTCCTGACGTTGTAAATCAGGACCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AACAATAACTTACAG         GAAGGCACTGATCCTGAAACTGAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109979 AACAATAACTTACAGGTA...TAGGAAGGCACTGATCCTGAAACTGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCCAACCACCTCCCTCCAGACAGGGATGTACTAGATGGCGAGCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110908 CCCCAACCACCTCCCTCCAGACAGGGATGTACTAGATGGCGAGCAGACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCCCCTCCTTTATGAGCACAGCATGGCTTGTCTTCAAGACTTTCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110958 GCCCCTCCTTTATGAGCACAGCATGGCTTGTCTTCAAGACTTTCTTTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1138 TCTCTTCTTCCAGAAGGCCCCCCAGCCATCGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111008 TCTCTTCTTCCAGAAGGCCCCCCAGCCATCGCAAAC