seq1 = pF1KSDA0020.tfa, 1524 bp
seq2 = pF1KSDA0020/gi568815589r_2704334.tfa (gi568815589r:2704334_2933434), 229101 bp

>pF1KSDA0020 1524
>gi568815589r:2704334_2933434 (Chr9)

(complement)

1-20  (99385-99404)   100% ->
21-96  (100003-100078)   100% ->
97-190  (102091-102184)   100% ->
191-257  (102407-102473)   100% ->
258-432  (103487-103661)   100% ->
433-536  (104657-104760)   100% ->
537-615  (106284-106362)   100% ->
616-714  (108620-108718)   100% ->
715-768  (109601-109654)   100% ->
769-849  (113337-113417)   100% ->
850-992  (121073-121215)   100% ->
993-1215  (121852-122074)   100% ->
1216-1303  (123004-123091)   100% ->
1304-1394  (125531-125621)   100% ->
1395-1524  (128972-129101)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGAGATTTTAAGAAG         AAAAGACTGTGACAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  99385 ATGTGGGAGATTTTAAGAAGGTA...TAGAAAAGACTGTGACAAAGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAGAGTAAAGTTAATGAGTGATTTGCAGAAGTTGATTCAAGGGAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 AAGAGTAAAGTTAATGAGTGATTTGCAGAAGTTGATTCAAGGGAAAATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACT         ATTGCATTTGCACACGATTCAACTCGTGTGATCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 AAACTGTA...CAGATTGCATTTGCACACGATTCAACTCGTGTGATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTTACATTCAGTATGGTAATGAAGAACAGAGAAAACAGGCTTTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102127 TGTTACATTCAGTATGGTAATGAAGAACAGAGAAAACAGGCTTTTGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTGCGAG         ATGATTTGGTTGAGTTAAGTAAAGCCAAATATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102177 ATTGCGAGGTA...CAGATGATTTGGTTGAGTTAAGTAAAGCCAAATATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CGAGAAATATTGTTAAGAAATTTCTCATGTATGG         AAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102440 CGAGAAATATTGTTAAGAAATTTCTCATGTATGGGTA...TAGAAGTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CCACAGATTGCAGAGATAATCAGAAGTTTTAAAGGCCACGTGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103494 CCACAGATTGCAGAGATAATCAGAAGTTTTAAAGGCCACGTGAGGAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCTGCGGCATGCGGAAGCATCAGCCATCGTGGAGTACGCATACAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103544 GCTGCGGCATGCGGAAGCATCAGCCATCGTGGAGTACGCATACAATGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGCCATTTTGGAGCAGAGGAACATGCTGACGGAAGAGCTCTATGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103594 AAGCCATTTTGGAGCAGAGGAACATGCTGACGGAAGAGCTCTATGGGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACATTTCAGCTTTACAAG         TCAGCAGATCACCGAACTCTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103644 ACATTTCAGCTTTACAAGGTG...CAGTCAGCAGATCACCGAACTCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAAGTGTTAGAGGTACAGCCAGAAAAATTAGAACTTATTATGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104680 CAAAGTGTTAGAGGTACAGCCAGAAAAATTAGAACTTATTATGGATGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAACAGATTCTAACTCCAATGGCCCAAAA         GGAAGCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104730 TGAAACAGATTCTAACTCCAATGGCCCAAAAGTA...CAGGGAAGCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATTAAGCACTCATTGGTGCATAAAGTATTCTTGGACTTTTTTACCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106294 ATTAAGCACTCATTGGTGCATAAAGTATTCTTGGACTTTTTTACCTATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACCCCCCAAACTCAGATCA         GAAATGATTGAAGCCATCCGCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106344 ACCCCCCAAACTCAGATCAGTA...TAGGAAATGATTGAAGCCATCCGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGCGGTGGTCTACCTGGCACACACACACGATGGCGCCAGAGTGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108642 AAGCGGTGGTCTACCTGGCACACACACACGATGGCGCCAGAGTGGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CACTGCCTGTGGCATGGCACGCCCAAG         GACAGGAAAGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108692 CACTGCCTGTGGCATGGCACGCCCAAGGTA...AAGGACAGGAAAGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGTGAAAACAATGAAGACTTATGTTGAAAAGGTGGCTAAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109615 TGTGAAAACAATGAAGACTTATGTTGAAAAGGTGGCTAATGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GCCAATACTCCCATTTGGTTTTACTGGCGGCATTTGATTGTATTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113338 GCCAATACTCCCATTTGGTTTTACTGGCGGCATTTGATTGTATTGATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ACTAAGCTTGTGAAGCAGATAATCATATCA         GAAATTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113388 ACTAAGCTTGTGAAGCAGATAATCATATCAGTA...TAGGAAATTATCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TTCATTGCCTAGCATAGTAAATGACAAATATGGAAGGAAGGTCCTATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121084 TTCATTGCCTAGCATAGTAAATGACAAATATGGAAGGAAGGTCCTATTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ACTTACTAAGCCCCAGAGATCCTGCACATACAGTACGAGAAATCATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121134 ACTTACTAAGCCCCAGAGATCCTGCACATACAGTACGAGAAATCATTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GTTCTGCAAAAAGGAGATGGAAATGCACACAG         TAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121184 GTTCTGCAAAAAGGAGATGGAAATGCACACAGGTA...CAGTAAGAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TACAGAGGTCCGCAGACGGGAGCTCCTAGAATCCATTTCTCCAGCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121861 TACAGAGGTCCGCAGACGGGAGCTCCTAGAATCCATTTCTCCAGCTTTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TAAGCTACCTGCAAGAACACGCCCAAGAAGTGGTGCTAGATAAGTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121911 TAAGCTACCTGCAAGAACACGCCCAAGAAGTGGTGCTAGATAAGTCTGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TGTGTGTTGGTGTCTGACATTCTGGGATCTGCCACTGGAGACGTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121961 TGTGTGTTGGTGTCTGACATTCTGGGATCTGCCACTGGAGACGTTCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TACCATGAATGCCATCGCCAGCTTGGCAGCAACAGGACTGCATCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122011 TACCATGAATGCCATCGCCAGCTTGGCAGCAACAGGACTGCATCCTGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GCAAGGACGGAGAG         CTTCACATTGCAGAACATCCTGCAGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122061 GCAAGGACGGAGAGGTA...TAGCTTCACATTGCAGAACATCCTGCAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CATCTAGTTCTGAAGTGGTTAATAGAGCAAGATAAAAAGATGAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123031 CATCTAGTTCTGAAGTGGTTAATAGAGCAAGATAAAAAGATGAAAGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGGGAGAGAAG         GTTGTTTTGCAAAAACACTTGTAGAGCATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123081 TGGGAGAGAAGGTA...CAGGTTGTTTTGCAAAAACACTTGTAGAGCATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TTGGTATGAAGAACCTGAAGTCCTGGGCTAGTGTAAATCGAGGTGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125561 TTGGTATGAAGAACCTGAAGTCCTGGGCTAGTGTAAATCGAGGTGCCATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ATTCTTTCTAG         CCTCCTCCAGAGTTGTGACCTGGAAGTTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125611 ATTCTTTCTAGGTA...CAGCCTCCTCCAGAGTTGTGACCTGGAAGTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AAACAAAGTCAAAGCTGCACTGAAAAGCTTGATTCCTACACTGGAAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 129002 AAACAAAGTCAAAGCTGCACTGAAAAGCTTGATTCCTACATTGGAAAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CCAAAAGCACCAGCAAAGGAATAGAAATTCTACTTGAAAAACTGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129052 CCAAAAGCACCAGCAAAGGAATAGAAATTCTACTTGAAAAACTGAGCACA