seq1 = pF1KSDA0016.tfa, 435 bp
seq2 = pF1KSDA0016/gi568815597r_235012067.tfa (gi568815597r:235012067_235228715), 216649 bp

>pF1KSDA0016 435
>gi568815597r:235012067_235228715 (Chr1)

(complement)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-168  (106344-106390)   100% ->
169-250  (108817-108898)   100% ->
251-393  (114806-114948)   100% ->
394-435  (116608-116649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGGTCGGAACAGCGCCATCGCCGCCGGTGTATGCGGGGCCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGGTCGGAACAGCGCCATCGCCGCCGGTGTATGCGGGGCCCTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGGGTACTGCATCTACTTCGACCGCAAAAGACGAAGTGACCCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTGGGTACTGCATCTACTTCGACCGCAAAAGACGAAGTGACCCCAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGAACAGGCTTCGAGAAC         GAAGAAAGAAACAGAAGCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGAACAGGCTTCGAGAACGTG...CAGGAAGAAAGAAACAGAAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAAGGAGAGAGCTGGGCTTTCCAAG         TTACCTGACCTTAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106364 GCCAAGGAGAGAGCTGGGCTTTCCAAGGTA...CAGTTACCTGACCTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGATGCTGAAGCTGTTCAGAAGTTCTTCCTTGAAGAAATACAGCTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108831 AGATGCTGAAGCTGTTCAGAAGTTCTTCCTTGAAGAAATACAGCTTGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAGTTACTAGCTCAAG         GTGAATATGAGAAGGGCGTAGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108881 AAGAGTTACTAGCTCAAGGTA...CAGGTGAATATGAGAAGGGCGTAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CATCTGACAAATGCAATTGCTGTGTGTGGACAGCCACAGCAGTTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114829 CATCTGACAAATGCAATTGCTGTGTGTGGACAGCCACAGCAGTTACTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCTTACAGCAAACTCTTCCACCACCAGTGTTCCAGATGCTTCTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114879 GGTCTTACAGCAAACTCTTCCACCACCAGTGTTCCAGATGCTTCTGACTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTCCCAACAATTAGTCAG         AGAATTGTAAGTGCTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114929 AGCTCCCAACAATTAGTCAGGTA...CAGAGAATTGTAAGTGCTCAGAGC

    450     .    :    .    :
    415 TTGGCTGAAGATGATGTGGAA
        |||||||||||||||||||||
 116629 TTGGCTGAAGATGATGTGGAA