seq1 = pF1KSDA0014.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KSDA0014/gi568815590f_144419726.tfa (gi568815590f:144419726_144621475), 201750 bp

>pF1KSDA0014 1479
>gi568815590f:144419726_144621475 (Chr8)

1-329  (100001-100329)   99% ->
330-914  (100513-101097)   100% ->
915-1479  (101186-101750)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACACGCTTGTGTTCTTGAGCACACGGCAGGTGCTGCAGTGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACACGCTTGTGTTCTTGAGCACACGGCAGGTGCTGCAGTGCCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGCCTGCCAGGCCCTGCCCCTGCTGCCACGCGAACTCTTCCCCCTGC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTGCCTGCCAGGCCCTGCCCTTGCTGCCACGCGAACTCTTCCCCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTCAAGGTGGCCTTCATGGACAAGAAGACAGTGGTACTGCGCGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTCAAGGTGGCCTTCATGGACAAGAAGACAGTGGTACTGCGCGAGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTACACACGTGGCCCTTCCCGCTGCTCAGTTTCCAGCAGCTGCTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTACACACGTGGCCCTTCCCGCTGCTCAGTTTCCAGCAGCTGCTACAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGTGCCCACTGCAGCCGTGCCCTCCTGCAGGAGCGGCCTAGCACTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTGTGCCCACTGCAGCCGTGCCCTCCTGCAGGAGCGGCCTAGCACTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCATGCAGGCTGTTATCCTGGGGCTGACTGCCCGGCTCCACACCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCATGCAGGCTGTTATCCTGGGGCTGACTGCCCGGCTCCACACCTCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTGGGGCCAGCACACAGCCCCTCTGCAG         GAAGCATGCGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100301 CCTGGGGCCAGCACACAGCCCCTCTGCAGGTA...CAGGAAGCATGCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGGGTGCTGGACATGACGGGCCTCTTGGATGATGGTGTGGAACAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100525 GCGGGTGCTGGACATGACGGGCCTCTTGGATGATGGTGTGGAACAGGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGCACCATGAGCATGTGGGACTGTACTGCTGCCGTAGCTCGCACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100575 CTGGCACCATGAGCATGTGGGACTGTACTGCTGCCGTAGCTCGCACATGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTGCCCAGCAGCAGGGTGGGGCCGCAGAGCCTGGGCCAGCCCCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100625 ATTGCCCAGCAGCAGGGTGGGGCCGCAGAGCCTGGGCCAGCCCCCATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTGGAGGTGCGCGTGGACCTGCGGGTGAACCGGGCCTCCTATGCGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100675 CGTGGAGGTGCGCGTGGACCTGCGGGTGAACCGGGCCTCCTATGCGTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCGGGAGGCACTCCGAAGCAGCGTGGGCAGCCCGCTGCGGCTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100725 TGCGGGAGGCACTCCGAAGCAGCGTGGGCAGCCCGCTGCGGCTCTGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGGGACCTGCGAGCTGAGGACCTGCCCATGCGCAACACTGTGGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 CGGGACCTGCGAGCTGAGGACCTGCCCATGCGCAACACTGTGGCCCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCAGCTTCTGGATGCAGGCTGCCTGCGCCGCGTGGACCTGCGCTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100825 GCAGCTTCTGGATGCAGGCTGCCTGCGCCGCGTGGACCTGCGCTTCAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATCTGGGCCTGCGCGGCCTGTCTGTGATCATCCCACACGTGGCCCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 ATCTGGGCCTGCGCGGCCTGTCTGTGATCATCCCACACGTGGCCCGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGCACCTGGCCAGCCTGCGGCTCCACTATGTGCATGGGGATTCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100925 CAGCACCTGGCCAGCCTGCGGCTCCACTATGTGCATGGGGATTCAAGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCCTCCGTGGATGGCGAGGACAACTTCCGCTACTTCCTTGCCCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100975 GCCCTCCGTGGATGGCGAGGACAACTTCCGCTACTTCCTTGCCCAGATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCCGCTTCACCTGTCTGCGTGAGCTCAGCATGGGCTCCTCTCTCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101025 GCCGCTTCACCTGTCTGCGTGAGCTCAGCATGGGCTCCTCTCTCCTTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGGAGGCTGGACCAGCTGCTCAG         CACCCTGCAGAGCCCCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101075 GGGAGGCTGGACCAGCTGCTCAGGTG...TAGCACCCTGCAGAGCCCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGAGAGCCTGGAGTTGGCCTTCTGTGCTCTGCTGCCTGAGGACCTACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101204 GGAGAGCCTGGAGTTGGCCTTCTGTGCTCTGCTGCCTGAGGACCTACGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCCTGGCACGGAGCCCACATGCTGCCCACCTCAAGAAGTTGGACCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101254 TCCTGGCACGGAGCCCACATGCTGCCCACCTCAAGAAGTTGGACCTGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGTAACGACCTGTCTGGCAGCCAGCTGGCACCCTTCCAGGGTCTGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101304 GGTAACGACCTGTCTGGCAGCCAGCTGGCACCCTTCCAGGGTCTGTTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGCATCAGCAGCCACACTGTTGCATCTGGAGCTGACTGAGTGTCAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101354 GGCATCAGCAGCCACACTGTTGCATCTGGAGCTGACTGAGTGTCAGCTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CAGACACCCAGCTGTTGGCCACACTACCCATCCTGACTCAGTGCGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 CAGACACCCAGCTGTTGGCCACACTACCCATCCTGACTCAGTGCGCCAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CTCCGGTACCTTGGCCTCTATGGCAACCCACTGTCCATGGCGGGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101454 CTCCGGTACCTTGGCCTCTATGGCAACCCACTGTCCATGGCGGGCCTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGAGCTGCTGCGGGACTCAGTGGCACAGGCTGAGCTGCGTACTGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101504 GGAGCTGCTGCGGGACTCAGTGGCACAGGCTGAGCTGCGTACTGTGGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACCCCTTCCCTGTGGACTGCTATGAGGGCTTGCCCTGGCCGCCGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101554 ACCCCTTCCCTGTGGACTGCTATGAGGGCTTGCCCTGGCCGCCGCCTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCTGTCCTGCTGGAGGCCTCCATCAATGAGGAGAAGTTTGCCCGCGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101604 TCTGTCCTGCTGGAGGCCTCCATCAATGAGGAGAAGTTTGCCCGCGTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AGCTGAGTTGCACCAGCTGCTTCTAGCCTCAGGCCGTGCCCATGTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101654 AGCTGAGTTGCACCAGCTGCTTCTAGCCTCAGGCCGTGCCCATGTGCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1433 GGACCACGGACATCTACGGGCGACTGGCTGCGGACTACTTCAGCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101704 GGACCACGGACATCTACGGGCGACTGGCTGCGGACTACTTCAGCCTA