seq1 = pF1KSDA0007.tfa, 2031 bp
seq2 = pF1KSDA0007/gi568815596f_28794699.tfa (gi568815596f:28794699_29046776), 252078 bp

>pF1KSDA0007 2031
>gi568815596f:28794699_29046776 (Chr2)

1-225  (100001-100225)   100% ->
226-363  (107289-107426)   100% ->
364-485  (111762-111883)   100% ->
486-606  (117892-118012)   99% ->
607-746  (119371-119510)   100% ->
747-849  (123195-123297)   100% ->
850-914  (128221-128285)   100% ->
915-1086  (130284-130455)   100% ->
1087-1173  (131770-131856)   100% ->
1174-1305  (132871-133002)   100% ->
1306-1437  (134881-135012)   100% ->
1438-1524  (140823-140909)   100% ->
1525-1556  (142224-142255)   100% ->
1557-1620  (143233-143296)   100% ->
1621-1734  (146763-146876)   100% ->
1735-1804  (147614-147683)   100% ->
1805-1854  (151752-151801)   100% ->
1855-2031  (151902-152078)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGGCGGCGGCGGTAGCTGCGACCCCCTGGCCCCTGCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGGCGGCGGCGGTAGCTGCGACCCCCTGGCCCCTGCTGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTTGCGCCTTCTCCCCGCACAGCCAGGCCTACTTCGCTTTGGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTTGCGCCTTCTCCCCGCACAGCCAGGCCTACTTCGCTTTGGCCTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGACGGTCACTTACGAGTATGGGAGACGGCCAACAACCGGCTGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGACGGTCACTTACGAGTATGGGAGACGGCCAACAACCGGCTGCACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGTACGTGCCTTCCGCGCACCTCAGTGGTACCTGCACCTGTCTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGTACGTGCCTTCCGCGCACCTCAGTGGTACCTGCACCTGTCTGGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGCCAGCGCGGCTGCAGGCCAAG         GAAAGTCCCCAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100201 GGCGCCAGCGCGGCTGCAGGCCAAGGTA...CAGGAAAGTCCCCAGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAAAGGAAATCAGAAGCTGTAGGAATGAGTAACCAGACTGACTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107305 AAAAAAGGAAATCAGAAGCTGTAGGAATGAGTAACCAGACTGACTTATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTCTTGGCACAGCAGTTGGTAGCATTTTATTATACAGCACAGTAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107355 GCTCTTGGCACAGCAGTTGGTAGCATTTTATTATACAGCACAGTAAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAGTTACACAGTAAATTAATA         AGTGGTGGACATGACAACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107405 AGAGTTACACAGTAAATTAATAGTA...CAGAGTGGTGGACATGACAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGTCAACTGCATACAGTGGCATCAAGACAGTGGCTGTTTATATAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111781 GAGTCAACTGCATACAGTGGCATCAAGACAGTGGCTGTTTATATAGTTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAGATGATAAACATATTGTGGAATGGAACGTACAGACATGCAAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111831 TCAGATGATAAACATATTGTGGAATGGAACGTACAGACATGCAAAGTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTG         CAAATGGAAAGGGGACAATAGCAGTGTCAGTTCCCTAT
        |||>>>...>>>|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 111881 GTGGTG...TAGCAAATGGAAAGGCGACAATAGCAGTGTCAGTTCCCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTATCAGCCCAGATGGAAAGATGTTGCTTTCAGCTGGTCGAACAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117930 GTATCAGCCCAGATGGAAAGATGTTGCTTTCAGCTGGTCGAACAATCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTATGGGTTTTGGAGACCAAAGAAGTCTACAGG         CATTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117980 CTATGGGTTTTGGAGACCAAAGAAGTCTACAGGGTG...TAGCATTTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGACATGCAACGCCAGTTTCGTCACTGATGTTCACTACCATCAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119379 AGGACATGCAACGCCAGTTTCGTCACTGATGTTCACTACCATCAGACCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTAATGAGAGCCAGCCCTTTGATGGAATTACAGGTCTTTATTTCTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119429 CTAATGAGAGCCAGCCCTTTGATGGAATTACAGGTCTTTATTTCTTATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAGCAGTACATGACCGGTTACTTAATGTCTG         GCAGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119479 GGAGCAGTACATGACCGGTTACTTAATGTCTGGTA...TAGGCAGGTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCAGAAAACAAAGAAAAGAGTGCAGTGATGTCATTTACAGTTACCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123204 ATCAGAAAACAAAGAAAAGAGTGCAGTGATGTCATTTACAGTTACCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACCTGTCTATATTGACTTAACTTTGTCAGAAAACAAAGAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123254 AACCTGTCTATATTGACTTAACTTTGTCAGAAAACAAAGAAGAGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850    CCTGTCAAGTTGGCTGTTGTTTGCAGAGATGGTCAAGTCCATCTTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128218 TAGCCTGTCAAGTTGGCTGTTGTTTGCAGAGATGGTCAAGTCCATCTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAACACATATTAAATGG         GTACTGCAAAAAGCCTTTGACTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128268 TGAACACATATTAAATGGGTA...CAGGTACTGCAAAAAGCCTTTGACTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAAACTGCACAATTCAGATAGCAACACCTGGGAAAGGCAAGAAGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130307 CAAACTGCACAATTCAGATAGCAACACCTGGGAAAGGCAAGAAGTCAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCAAAACCCATCCCTATTCTAGCTGCTGGTTTTTGCTCAGACAAAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130357 CCAAAACCCATCCCTATTCTAGCTGCTGGTTTTTGCTCAGACAAAATGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATTGTTGCTTGTATATGGCAGTTGGTTTCAGCCTACTATTGAGCGAGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 130407 ATTGTTGCTTGTATATGGCAGTTGGTTTCAGCCTACTATTGAGCGAGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087         GCTTTAAACTCCAGAGAACCTCATATGTGTTTAGTAAGAGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130457 TA...CAGGCTTTAAACTCCAGAGAACCTCATATGTGTTTAGTAAGAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATTTCAAACTGCTGGGCCCCCAAAGTAGAAACAGCTATAACAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 131812 ATTTCAAACTGCTGGGCCCCCAAAGTAGAAACAGCTATAACAAAGGTG..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174     GTGAGGACACCAGTGATGAATTCTGAAGCAAAAGTTCTGGTGCCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131862 .CAGGTGAGGACACCAGTGATGAATTCTGAAGCAAAAGTTCTGGTGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGATTCCTGGTCATCATGCAGCTATCAAGCCCGCTCCTCCACAAACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132917 GGATTCCTGGTCATCATGCAGCTATCAAGCCCGCTCCTCCACAAACCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAAGTAGAGAGCAAGAGGAAGTCAGGGGGAAATGAG         GTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 132967 CAAGTAGAGAGCAAGAGGAAGTCAGGGGGAAATGAGGTA...TAGGTTAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATTGAAGAACGTCTGGGAGCAATGGATATAGACACACACAAAAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134886 CATTGAAGAACGTCTGGGAGCAATGGATATAGACACACACAAAAAAGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGGAAGACCTCCAGACGAATAGCTTTCCAGTTCTTCTTACCCAGGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134936 AGGAAGACCTCCAGACGAATAGCTTTCCAGTTCTTCTTACCCAGGGCTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAAAGTAACGATTTTGAAATGCTAAAT         AAAGTACTTCAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 134986 GAAAGTAACGATTTTGAAATGCTAAATGTA...CAGAAAGTACTTCAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TAGGAATGTAAACCTTATAAAGAAGACTGTATTAAGGATGCCCCTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140837 TAGGAATGTAAACCTTATAAAGAAGACTGTATTAAGGATGCCCCTGCATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTATTATTCCGTTGTTACAAGAG         CTTACAAAGAGGTTACAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 140887 CTATTATTCCGTTGTTACAAGAGGTA...TAGCTTACAAAGAGGTTACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGACATCCTAATAG         TGCTGTGCTAATGGTTCAGTGGCTAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 142242 GGACATCCTAATAGGTA...CAGTGCTGTGCTAATGGTTCAGTGGCTAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 ATGTGTGTTAACAGTTCATGCATCATACCTGTCCACG         TTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 143260 ATGTGTGTTAACAGTTCATGCATCATACCTGTCCACGGTG...TAGTTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTGACCTGGTACCCCAGCTGGGGACACTCTACCAGTTAATGGAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146767 CTGACCTGGTACCCCAGCTGGGGACACTCTACCAGTTAATGGAAAGCAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTCAAAACTTTTCAGAAACTTTCACACCTTCATGGAAAGCTTATTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146817 GTCAAAACTTTTCAGAAACTTTCACACCTTCATGGAAAGCTTATTCTTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AATTACACAA         GTAACAGCATCAGAGAAGACAAAGGGAGCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 146867 AATTACACAAGTG...CAGGTAACAGCATCAGAGAAGACAAAGGGAGCAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CTTCCCCTGGACAGAAGGCAAAGTTGGTGTATGAAGAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 147645 CTTCCCCTGGACAGAAGGCAAAGTTGGTGTATGAAGAAGGTA...CAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TCTTCTGAAGAGGAGTCTGATGATGAAATAGCAGATAAGGATTCTGAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 151754 TCTTCTGAAGAGGAGTCTGATGATGAAATAGCAGATAAGGATTCTGAAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1855        GATAATTGGGATGAAGATGAGGAGGAGAGTGAAAGTGAAAAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151804 G...TAGGATAATTGGGATGAAGATGAGGAGGAGAGTGAAAGTGAAAAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 ATGAGGACGTTGAAGAGGAAGATGAGGATGCCGAAGGAAAAGATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151945 ATGAGGACGTTGAAGAGGAAGATGAGGATGCCGAAGGAAAAGATGAAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AATGGCGAGGACAGAGATACAGCAAGTGAAAAAGAATTAAATGGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151995 AATGGCGAGGACAGAGATACAGCAAGTGAAAAAGAATTAAATGGAGATTC

   2150     .    :    .    :    .    :
   1998 TGACTTAGATCCTGAAAATGAAAGTGAAGAAGAA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 152045 TGATTTAGATCCTGAAAATGAAAGTGAAGAAGAA