seq1 = pF1KF0414.tfa, 3174 bp
seq2 = pF1KF0414/gi568815597f_2379922.tfa (gi568815597f:2379922_2603083), 223162 bp

>pF1KF0414 3174
>gi568815597f:2379922_2603083 (Chr1)

1-57  (100001-100058)   96% ->
58-186  (100263-100391)   100% ->
187-357  (104527-104697)   100% ->
358-451  (106986-107079)   100% ->
452-655  (107252-107455)   100% ->
656-776  (107677-107797)   100% ->
777-948  (109286-109457)   100% ->
949-1056  (109839-109946)   100% ->
1057-1200  (111271-111414)   100% ->
1201-1293  (114935-115027)   100% ->
1294-1376  (115567-115649)   100% ->
1377-1474  (116686-116783)   100% ->
1475-1657  (116907-117089)   100% ->
1658-1765  (117581-117688)   100% ->
1766-1890  (118602-118726)   100% ->
1891-1975  (118823-118907)   100% ->
1976-2122  (119163-119309)   99% ->
2123-2202  (119720-119799)   100% ->
2203-3174  (122191-123162)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCATCAGCGACGAGGACAGCCTGGCTCGCCGCCAGCGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCATCAGCGACGAGGACAGCCTGGCTCGCCGCCAGCGCACCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCA G         TGGCTGAAGCAGACGTTTGACGAGGCCGACAAG
        ||||||- >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCAATATC...AAGTGGCTGAAGCAGACGTTTGACGAGGCCGACAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 AACGGGGATGGCAGCCTGAGCATTGGCGAGGTCCTGCAGCTGCTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100296 AACGGGGATGGCAGCCTGAGCATTGGCGAGGTCCTGCAGCTGCTGCACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GCTCAACGTGAACCTGCCCCGGCAGAGGGTGAAGCAGATGTTCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100346 GCTCAACGTGAACCTGCCCCGGCAGAGGGTGAAGCAGATGTTCAGGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187      GAAGCGGACACGGATGACCACCAAGGGACGCTGGGTTTTGAAGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100396 ..CAGGAAGCGGACACGGATGACCACCAAGGGACGCTGGGTTTTGAAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 TTCTGTGCCTTCTACAAGATGATGTCCACCCGCCGGGACCTCTACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 TTCTGTGCCTTCTACAAGATGATGTCCACCCGCCGGGACCTCTACCTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CATGCTGACCTACAGCAACCACAAGGACCACCTGGATGCCGCCAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104622 CATGCTGACCTACAGCAACCACAAGGACCACCTGGATGCCGCCAGCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AGCGCTTCCTGCAGGTGGAGCAGAAG         ATGGCGGGTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104672 AGCGCTTCCTGCAGGTGGAGCAGAAGGTG...TAGATGGCGGGTGTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 CTCGAGAGCTGCCAGGACATCATCGAGCAGTTTGAGCCATGCCCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107001 CTCGAGAGCTGCCAGGACATCATCGAGCAGTTTGAGCCATGCCCAGAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 CAAGAGTAAGGGGCTGCTGGGCATTGATG         GCTTCACCAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107051 CAAGAGTAAGGGGCTGCTGGGCATTGATGGTG...CAGGCTTCACCAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 ACACCAGGAGCCCTGCTGGTGACATCTTCAACCCTGAGCACCACCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107264 ACACCAGGAGCCCTGCTGGTGACATCTTCAACCCTGAGCACCACCATGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 CACCAGGACATGACGCAGCCGCTGAGCCACTACTTCATCACCTCGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107314 CACCAGGACATGACGCAGCCGCTGAGCCACTACTTCATCACCTCGTCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 CAACACCTACCTCGTGGGTGACCAGCTCATGTCCCAGTCACGGGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107364 CAACACCTACCTCGTGGGTGACCAGCTCATGTCCCAGTCACGGGTGGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 TGTATGCTTGGGTCCTGCAGGCTGGCTGCCGCTGCGTGGAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107414 TGTATGCTTGGGTCCTGCAGGCTGGCTGCCGCTGCGTGGAGGGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656  TGGACTGCTGGGATGGGCCCGACGGGGAGCCCATTGTGCACCATGGCTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107676 GTGGACTGCTGGGATGGGCCCGACGGGGAGCCCATTGTGCACCATGGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 CACTCTGACTTCCAAGATCCTCTTCAAAGACGTCATTGAAACCATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107726 CACTCTGACTTCCAAGATCCTCTTCAAAGACGTCATTGAAACCATCAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 AATATGCCTTCATCAAGAATGA         GTACCCAGTGATCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107776 AATATGCCTTCATCAAGAATGAGTG...CAGGTACCCAGTGATCCTGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 ATCGAAAACCACTGCAGTGTCATCCAGCAGAAGAAAATGGCCCAGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109305 ATCGAAAACCACTGCAGTGTCATCCAGCAGAAGAAAATGGCCCAGTATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 GACTGACATCCTTGGGGACAAGCTGGACCTGTCATCAGTGAGCAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109355 GACTGACATCCTTGGGGACAAGCTGGACCTGTCATCAGTGAGCAGTGAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 ATGCCACCACACTCCCCTCTCCACAGATGCTCAAGGGCAAGATCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109405 ATGCCACCACACTCCCCTCTCCACAGATGCTCAAGGGCAAGATCCTCGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 AAG         GGGAAGAAGCTCCCAGCCAACATCAGCGAGGATGCGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109455 AAGGTG...CAGGGGAAGAAGCTCCCAGCCAACATCAGCGAGGATGCGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 GGAAGGCGAGGTGTCTGATGAGGACAGTGCTGATGAGATTGACGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109877 GGAAGGCGAGGTGTCTGATGAGGACAGTGCTGATGAGATTGACGATGACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 GCAAGCTCCTCAATGGGGAT         GCATCCACCAATCGAAAGCGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109927 GCAAGCTCCTCAATGGGGATGTG...CAGGCATCCACCAATCGAAAGCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 GTAGAAAACACTGCTAAGAGGAAACTGGATTCCCTCATCAAAGAGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111292 GTAGAAAACACTGCTAAGAGGAAACTGGATTCCCTCATCAAAGAGTCGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 GATTCGGGACTGTGAGGACCCCAACAACTTCTCCGTCTCCACACTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111342 GATTCGGGACTGTGAGGACCCCAACAACTTCTCCGTCTCCACACTGTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 CATCTGGAAAGCTCGGACGCAAG         AGCAAGGCTGAAGAGGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111392 CATCTGGAAAGCTCGGACGCAAGGTA...CAGAGCAAGGCTGAAGAGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219 GTGGAGTCTGGGGAGGATGCCGGGGCCAGCAGACGCAATGGCCGCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114953 GTGGAGTCTGGGGAGGATGCCGGGGCCAGCAGACGCAATGGCCGCCTCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269 CGTGGGAAGCTTCTCCAGGCGCAAG         AAGAAGGGCAGCAAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115003 CGTGGGAAGCTTCTCCAGGCGCAAGGTC...CAGAAGAAGGGCAGCAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 TGAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGAGATGAGGGTCAGGACTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115583 TGAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGAGATGAGGGTCAGGACTCCCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360 GGAGGCCAGAGCCGAGG         GGCGACCCGGCAGAAGAAGACCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115633 GGAGGCCAGAGCCGAGGGTA...CAGGGCGACCCGGCAGAAGAAGACCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GAAGCTGTCCCGGGCCCTCTCTGACCTGGTGAAGTACACCAAGTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116710 GAAGCTGTCCCGGGCCCTCTCTGACCTGGTGAAGTACACCAAGTCCGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCACCCACGACATAGAGATGGAGG         CGGCGTCCAGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116760 CCACCCACGACATAGAGATGGAGGGTG...CAGCGGCGTCCAGCTGGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GTGTCGTCCTTCAGCGAGACCAAGGCCCACCAGATTCTGCAGCAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116924 GTGTCGTCCTTCAGCGAGACCAAGGCCCACCAGATTCTGCAGCAGAAGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GGCGCAGTACCTACGCTTCAACCAGCAGCAGCTCTCCCGCATCTACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116974 GGCGCAGTACCTACGCTTCAACCAGCAGCAGCTCTCCCGCATCTACCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CCTCCTACCGTGTGGACTCCAGCAACTACAACCCGCAGCCCTTCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117024 CCTCCTACCGTGTGGACTCCAGCAACTACAACCCGCAGCCCTTCTGGAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GCCGGCTGCCAAATGG         TTGCCCTGAACTACCAGTCAGAGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117074 GCCGGCTGCCAAATGGGTG...CAGTTGCCCTGAACTACCAGTCAGAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GCGGATGCTGCAGCTGAACCGAGCCAAGTTCAGCGCCAACGGTGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117606 GCGGATGCTGCAGCTGAACCGAGCCAAGTTCAGCGCCAACGGTGGCTGCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GCTACGTACTCAAGCCTGGGTGCATGTGCCAGG         GCGTGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117656 GCTACGTACTCAAGCCTGGGTGCATGTGCCAGGGTG...CAGGCGTGTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 AACCCCAACTCGGAGGACCCCCTGCCCGGGCAGCTCAAGAAGCAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118610 AACCCCAACTCGGAGGACCCCCTGCCCGGGCAGCTCAAGAAGCAGCTGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 GCTCCGGATCATCAGTGGCCAGCAGCTTCCCAAGCCGCGCGACTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118660 GCTCCGGATCATCAGTGGCCAGCAGCTTCCCAAGCCGCGCGACTCCATGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 TGGGGGACCGTGGGGAG         ATCATCGACCCCTTTGTGGAGGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118710 TGGGGGACCGTGGGGAGGTG...CAGATCATCGACCCCTTTGTGGAGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GAGATCATTGGGCTCCCTGTGGACTGCAGCAGGGAGCAGACCCGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118847 GAGATCATTGGGCTCCCTGTGGACTGCAGCAGGGAGCAGACCCGCGTGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 GGACGACAACG         GGTTCAACCCCACCTGGGAGGAGACCCTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118897 GGACGACAACGGTG...CAGGGTTCAACCCCACCTGGGAGGAGACCCTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TTTTCATGGTGCACATGCCGGAGATCGCGCTGGTCCGCTTCCTCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119193 TTTTCATGGTGCACATGCCGGAGATCGCGCTGGTCCGCTTCCTCGTCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 GACCACGATCCCATTGGGCGTGACTTCATTGGCCAGAGGACGCTGGCCTT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119243 GACCACGATCCCATCGGGCGTGACTTCATTGGCCAGAGGACGCTGGCCTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 CAGCAGCATGATGCCAG         GCTACAGACACGTGTACCTAGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119293 CAGCAGCATGATGCCAGGTG...CAGGCTACAGACACGTGTACCTAGAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 GGATGGAAGAGGCCTCCATCTTCGTGCATGTGGCTGTCAGTGACATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119744 GGATGGAAGAGGCCTCCATCTTCGTGCATGTGGCTGTCAGTGACATCAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 GGTAAG         GTCAAGCAGGTTCTGGGCCTAAAAGGCCTCTTCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 119794 GGTAAGGTG...CAGGTCAAGCAGGCTCTGGGCCTAAAAGGCCTCTTCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 CCGAGGCCCAAAGCCCGGCTCGCTGGACAGTCATGCTGCTGGGCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122226 CCGAGGCCCAAAGCCCGGCTCGCTGGACAGTCATGCTGCTGGGCGGCCCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 CGGCCCGGCCCTCCGTTAGCCAGCGGATCCTGCGGCGCACGGCCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122276 CGGCCCGGCCCTCCGTTAGCCAGCGGATCCTGCGGCGCACGGCCAGCGCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 CCGACCAAGAGCCAGAAGCCGGGCCGCAGGGGCTTCCCGGAGCTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122326 CCGACCAAGAGCCAGAAGCCGGGCCGCAGGGGCTTCCCGGAGCTGGTCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2388 GGGTACACGGGACACAGGCTCCAAGGGGGTGGCAGACGATGTGGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122376 GGGTACACGGGACACAGGCTCCAAGGGGGTGGCAGACGATGTGGTGCCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2438 CCGGGCCCGGACCTGCTCCGGAAGCCCCAGCCCAGGAGGGGCCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122426 CCGGGCCCGGACCTGCTCCGGAAGCCCCAGCCCAGGAGGGGCCCGGCAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 GGCAGCCCCCGAGGTAAGGCGCCAGCTGCGGTGGCAGAGAAGAGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122476 GGCAGCCCCCGAGGTAAGGCGCCAGCTGCGGTGGCAGAGAAGAGCCCTGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 GCGAGTGCGGCCCCTGCGTGTCCTGGACGGCCCCGGGCCTGCTGGGATGG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122526 GCGAGTGCGGCCCCCGCGTGTCCTGGACGGCCCCGGGCCTGCTGGGATGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2588 CCGCCACATGCATGAAGTGTGTGGTGGGATCCTGCGCCGGCGTGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122576 CCGCCACATGCATGAAGTGTGTGGTGGGATCCTGCGCCGGCGTGAACACC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2638 GGGGGCCTGCAGAGGGAGCGGCCACCCAGCCCGGGGCCTGCAAGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122626 GGGGGCCTGCAGAGGGAGCGGCCACCCAGCCCGGGGCCTGCAAGCAGGCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2688 GGCAGCCATTCGCCAGCAGCCCCGGGCCCGGGCTGACTCACTGGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122676 GGCAGCCATTCGCCAGCAGCCCCGGGCCCGGGCTGACTCACTGGGGGCCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2738 CCTGCTGTGGCCTGGACCCTCACGCTATCCCGGGGAGAAGCAGAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122726 CCTGCTGTGGCCTGGACCCTCACGCTATCCCGGGGAGAAGCAGAGAGGCC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2788 CCCAAGGGTCCTGGGGCCTGGAGGCAGGGTCCAGGCGGTAGCGGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122776 CCCAAGGGTCCTGGGGCCTGGAGGCAGGGTCCAGGCGGTAGCGGCTCCAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2838 GTCCTCGGACTCCAGCAGCCCAGACAGCCCGGGCATCCCCGAAAGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122826 GTCCTCGGACTCCAGCAGCCCAGACAGCCCGGGCATCCCCGAAAGGTCCC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2888 CCCGCTGGCCTGAGGGTGCCTGCAGGCAACCGGGGGCCCTGCAGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122876 CCCGCTGGCCTGAGGGTGCCTGCAGGCAACCGGGGGCCCTGCAGGGAGAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2938 ATGAGTGCCTTGTTTGCTCAAAAGCTGGAGGAGATCAGGAGTAAATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122926 ATGAGTGCCTTGTTTGCTCAAAAGCTGGAGGAGATCAGGAGTAAATCCCC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2988 CATGTTCTCCGCCGGTAAGCCCCTCTTGCCCTGCGTGGTCCTCCCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122976 CATGTTCTCCGCCGGTAAGCCCCTCTTGCCCTGCGTGGTCCTCCCGCACG

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3038 CCCCTGGCATGGCTGGGCCTGGGTCACCTGCTGCTGCTTCTGCGTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123026 CCCCTGGCATGGCTGGGCCTGGGTCACCTGCTGCTGCTTCTGCGTGGACG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3088 GTGTCGCCTCGTGTGCTCGTGCTCGTGGCTCTGTATCCGTGGCACTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123076 GTGTCGCCTCGTGTGCTCGTGCTCGTGGCTCTGTATCCGTGGCACTGTCT

   3300     .    :    .    :    .    :    .
   3138 CCGTGGCACTCTGCTCCCTTGGCTTGCCTGTGGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123126 CCGTGGCACTCTGCTCCCTTGGCTTGCCTGTGGCCCA