seq1 = pF1KF0405.tfa, 1206 bp
seq2 = pF1KF0405/gi568815592f_10428912.tfa (gi568815592f:10428912_10726604), 297693 bp

>pF1KF0405 1206
>gi568815592f:10428912_10726604 (Chr6)

1-925  (100001-100925)   100% ->
926-1018  (192440-192532)   100% ->
1019-1206  (197506-197693)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGGCTCTTGGAAGCACTGTCTTTTTAGCGCGTCTCTTATCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGGCTCTTGGAAGCACTGTCTTTTTAGCGCGTCTCTTATCTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGATTTTTGTATTTGTTTACAATACTGAGTTATGGGAGAATAAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGATTTTTGTATTTGTTTACAATACTGAGTTATGGGAGAATAAACGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGAGGGCAGCTCTGTCCAATGCTTCACTGTTAGCAGAAGCCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGAGGGCAGCTCTGTCCAATGCTTCACTGTTAGCAGAAGCCTGTCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGATTTTTGAGGGGAAAGTTTTTTACCCAACAGAAAATGCATTGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGATTTTTGAGGGGAAAGTTTTTTACCCAACAGAAAATGCATTGAAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACCCTTGATGAAGCTACCTGCTATGAGTACATGGTTCGAAGCCACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACCCTTGATGAAGCTACCTGCTATGAGTACATGGTTCGAAGCCACTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAACAGAAACACTCTCTGAAGAAGAGGCTGGGTTCCCTTTAGCTTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAACAGAAACACTCTCTGAAGAAGAGGCTGGGTTCCCTTTAGCTTACACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGACCATCCACAAAGACTTCGGCACTTTTGAGAGGCTCTTCAGGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGACCATCCACAAAGACTTCGGCACTTTTGAGAGGCTCTTCAGGGCGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTATATGCCCCAAAATGTCTACTGTGTGCACCTGGATCAGAAGGCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTATATGCCCCAAAATGTCTACTGTGTGCACCTGGATCAGAAGGCGACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGCCTTTAAAGGTGCAGTGAAACAGTTACTCAGCTGCTTCCCAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGCCTTTAAAGGTGCAGTGAAACAGTTACTCAGCTGCTTCCCAAATGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTCTGGCTTCCAAGAAGGAGTCGGTTGTCTATGGGGGGATCTCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTCTGGCTTCCAAGAAGGAGTCGGTTGTCTATGGGGGGATCTCCAGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAGGCTGACCTGAACTGCCTGGAAGACCTTGTGGCCTCTGAAGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCAGGCTGACCTGAACTGCCTGGAAGACCTTGTGGCCTCTGAAGTTCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGAAGTATGTCATCAACACCTGCGGGCAAGACTTTCCCCTGAAAACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGAAGTATGTCATCAACACCTGCGGGCAAGACTTTCCCCTGAAAACCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGGAAATAGTTCAGTATCTGAAGGGATTTAAAGGGAAAAATATCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGGAAATAGTTCAGTATCTGAAGGGATTTAAAGGGAAAAATATCACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGGAGTGCTGCCTCCTGACCACGCTGTTGGACGGACTAAATACGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGGAGTGCTGCCTCCTGACCACGCTGTTGGACGGACTAAATACGTCCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGAACTGTTAAACCACAAAAATTCCTACGTGATTAAAACAACAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGAACTGTTAAACCACAAAAATTCCTACGTGATTAAAACAACAAAATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAAACTCCTCCTCCTCATGACATGGTGATTTACTTTGGCACGGCCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAAACTCCTCCTCCTCATGACATGGTGATTTACTTTGGCACGGCCTACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGCTCTCACAAGGGACTTTGCTAACTTCGTCCTCCAAGACCAGCTCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGCTCTCACAAGGGACTTTGCTAACTTCGTCCTCCAAGACCAGCTCGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGACTTACTCTCCTGGTCCAAGGACACCTACAGCCCCGACGAACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGACTTACTCTCCTGGTCCAAGGACACCTACAGCCCCGACGAACATTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGGTGACACTCAACAGGATTCCCG         GTGTTCCTGGCTCTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100901 TGGGTGACACTCAACAGGATTCCCGGTA...CAGGTGTTCCTGGCTCTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCCAAATGCATCCTGGACTGGAAACCTCAGAGCTATAAAGTGGAGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192456 GCCAAATGCATCCTGGACTGGAAACCTCAGAGCTATAAAGTGGAGTGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGAAGACAGACACGGAGGCTGCCACG         GCCACTATGTACAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 192506 TGGAAGACAGACACGGAGGCTGCCACGGTG...CAGGCCACTATGTACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGTATTTGTATCTATGGAAACGGAGACTTAAAGTGGCTGGTTAATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197520 GGTATTTGTATCTATGGAAACGGAGACTTAAAGTGGCTGGTTAATTCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAGCCTGTTTGCTAACAAGTTTGAGCTTAATACCTACCCCCTTACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197570 AAGCCTGTTTGCTAACAAGTTTGAGCTTAATACCTACCCCCTTACTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AATGCCTAGAACTGAGGCATCGCGAAAGAACCCTCAATCAGAGTGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197620 AATGCCTAGAACTGAGGCATCGCGAAAGAACCCTCAATCAGAGTGAAACT

   1200     .    :    .    :
   1183 GCGATACAACCCAGCTGGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||
 197670 GCGATACAACCCAGCTGGTATTTT