seq1 = pF1KF0316.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KF0316/gi568815597r_89085257.tfa (gi568815597r:89085257_89298834), 213578 bp

>pF1KF0316 1920
>gi568815597r:89085257_89298834 (Chr1)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-235  (101531-101725)   100% ->
236-363  (103411-103538)   100% ->
364-473  (105423-105532)   100% ->
474-670  (105735-105931)   100% ->
671-916  (107329-107574)   100% ->
917-1197  (108517-108797)   100% ->
1198-1410  (110041-110253)   100% ->
1411-1513  (111733-111835)   100% ->
1514-1707  (112309-112502)   95% ->
1708-1920  (113366-113578)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGAGAGAACTCTTCACGCTGCAGTGCCCACACCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGGTGAGAGAACTCTTCACGCTGCAGTGCCCACACCAGGTA...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTATCCAGAATCTGAATCCATCATGATGGCCCCCATTTGTCTAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101532 TTATCCAGAATCTGAATCCATCATGATGGCCCCCATTTGTCTAGTGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCAGGAAGAGCAGCTGACAGTGAATTCAAAGGCATTAGAGATTCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101582 ACCAGGAAGAGCAGCTGACAGTGAATTCAAAGGCATTAGAGATTCTTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATTTCTCAGCCCGTGGTGGTGGTGGCCATTGTAGGGCTATACCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101632 AAGATTTCTCAGCCCGTGGTGGTGGTGGCCATTGTAGGGCTATACCGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGAAAATCCTATCTCATGAATCGTCTTGCAGGAAAGCGCAATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101682 AGGAAAATCCTATCTCATGAATCGTCTTGCAGGAAAGCGCAATGGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    GCTTCCCTCTGGGCTCCACGGTGCAGTCTGAAACTAAGGGCATCTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103408 CAGGCTTCCCTCTGGGCTCCACGGTGCAGTCTGAAACTAAGGGCATCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTGGTGTGTGCCCCACCTCTCTAAGCCAAACCACACCCTGGTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103458 ATGTGGTGTGTGCCCCACCTCTCTAAGCCAAACCACACCCTGGTCCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACACCGAGGGCCTGGGCGATGTAGAAAAG         AGTAACCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103508 GGACACCGAGGGCCTGGGCGATGTAGAAAAGGTA...TAGAGTAACCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAATGACTCGTGGATCTTTGCCCTGGCTGTGCTTCTAAGCAGCAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105433 AGAATGACTCGTGGATCTTTGCCCTGGCTGTGCTTCTAAGCAGCAGCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCTATAACAGCGTGAGCACCATCAACCACCAGGCCCTGGAGCAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105483 GTCTATAACAGCGTGAGCACCATCAACCACCAGGCCCTGGAGCAGCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          CTATGTGACTGAGCTAGCAGAGCTAATCAGGGCAAAATCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105533 GTA...CAGCTATGTGACTGAGCTAGCAGAGCTAATCAGGGCAAAATCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCCCAGACCTGATGAAGCTGAGGACTCCAGCGAGTTTGCGAGTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105776 GCCCCAGACCTGATGAAGCTGAGGACTCCAGCGAGTTTGCGAGTTTCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGACTTTATTTGGACTGTTCGGGATTTTACCCTGGAGCTAAAGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105826 CCAGACTTTATTTGGACTGTTCGGGATTTTACCCTGGAGCTAAAGTTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGAAACCCCATCACAGAAGATGAGTACCTGGAGAATGCCTTGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105876 TGGAAACCCCATCACAGAAGATGAGTACCTGGAGAATGCCTTGAAGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCCAG         GCAAGAATCCCAAAATTCAAAATTCAAACATGCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105926 TTCCAGGTA...CAGGCAAGAATCCCAAAATTCAAAATTCAAACATGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGAGTGTATCAGGCATTTCTTCCGAAAACGGAAGTGCTTTGTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107364 AGAGAGTGTATCAGGCATTTCTTCCGAAAACGGAAGTGCTTTGTCTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGGCCTACAAATGACAAGCAATATTTAAATCATATGGACGAAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107414 CCGGCCTACAAATGACAAGCAATATTTAAATCATATGGACGAAGTGCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGAAAATCTGGAAAGGCATTTCCTTATGCAATCAGACAACTTCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107464 AAGAAAATCTGGAAAGGCATTTCCTTATGCAATCAGACAACTTCTGTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TATATCTTCACCCATGCAAAGACCAAGACCCTGAGAGAGGGAATCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107514 TATATCTTCACCCATGCAAAGACCAAGACCCTGAGAGAGGGAATCATTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACTGGAAAGC         GGCTGGGGACTCTGGTGGTGACTTATGTAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107564 CACTGGAAAGCGTG...CAGGGCTGGGGACTCTGGTGGTGACTTATGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGCCATCAACAGTGGAGCAGTACCTTGTCTGGAGAATGCAGTGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108547 ATGCCATCAACAGTGGAGCAGTACCTTGTCTGGAGAATGCAGTGACAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGCCCAGCTTGAGAACCCAGCGGCTGTGCAGAGGGCAGCCGACCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108597 CTGGCCCAGCTTGAGAACCCAGCGGCTGTGCAGAGGGCAGCCGACCACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAGCCAGCAGATGGCCCAGCAACTGAGGCTCCCCACAGACACGCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108647 TAGCCAGCAGATGGCCCAGCAACTGAGGCTCCCCACAGACACGCTCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCTGCTGGACGTGCATGCAGCCTGTGAGAGGGAAGCCATTGCAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108697 AGCTGCTGGACGTGCATGCAGCCTGTGAGAGGGAAGCCATTGCAGTCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATGGAGCACTCCTTCAAGGATGAAAACCATGAATTCCAGAAGAAGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108747 ATGGAGCACTCCTTCAAGGATGAAAACCATGAATTCCAGAAGAAGCTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 G         GACACCATAGAGAAAAAGAAGGGAGACTTTGTGCTGCAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108797 GGTA...CAGGACACCATAGAGAAAAAGAAGGGAGACTTTGTGCTGCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATGAAGAGGCATCTGCCAAATATTGCCAGGCTGAGCTTAAGCGGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110081 ATGAAGAGGCATCTGCCAAATATTGCCAGGCTGAGCTTAAGCGGCTTTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGCACCTGACAGAAAGCATTTTGAGAGGAATTTTCTCTGTTCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110131 GAGCACCTGACAGAAAGCATTTTGAGAGGAATTTTCTCTGTTCCTGGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACACAATCTCTACTTAGAAGAAAAGAAACAGGTTGAGTGGGACTATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110181 ACACAATCTCTACTTAGAAGAAAAGAAACAGGTTGAGTGGGACTATAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TAGTGCCCAGAAAAGGAGTTAAG         GCAAACGAGGTCCTCCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110231 TAGTGCCCAGAAAAGGAGTTAAGGTG...CAGGCAAACGAGGTCCTCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AACTTCCTGCAGTCACAGGTGGTTGTAGAGGAATCCATCCTGCAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111751 AACTTCCTGCAGTCACAGGTGGTTGTAGAGGAATCCATCCTGCAGTCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CAAAGCCCTCACTGCTGGAGAGAAGGCCATAGCAG         CGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111801 CAAAGCCCTCACTGCTGGAGAGAAGGCCATAGCAGGTA...TAGCGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGGCCATGAAGGAAGCAGCTGAGAAGGAACAGGAGCTGCTAAGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112315 GGGCCATGAAGGAAGCAGCTGAGAAGGAACAGGAGCTGCTAAGAGAAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CAGAAGGAGCAGCAGCAAATGATGGAGGCTCAAGAGAGAAGCTTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112365 CAGAAGGAGCAGCAGCAAATGATGGAGGCTCAAGAGAGAAGCTTCCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AAACATAGCTCAACTCAAGAAGAAGATGGA GAGGGAAAGGGAAAACCTT
        | |||| || ||| |  |||||||| ||||-||||-||||||||||||||
 112415 ATACATGGCCCAAATGGAGAAGAAGTTGGAGGAGG AAAGGGAAAACCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669 CTCAGAGAGCATGAAAGGCTGCTAAAACACAAGCTGAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112464 CTCAGAGAGCATGAAAGGCTGCTAAAACACAAGCTGAAGGTG...TAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1710 ACAAGAAGAAATGCTTAAGGAAGAATTTCAAAAGAAATCTGAGCAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113368 ACAAGAAGAAATGCTTAAGGAAGAATTTCAAAAGAAATCTGAGCAGTTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1760 ATAAAGAGATTAATCAACTGAAAGAAAAAATTGAAAGCACTAAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113418 ATAAAGAGATTAATCAACTGAAAGAAAAAATTGAAAGCACTAAAAATGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1810 CAGTTAAGGCTCTTAAAGATCCTTGACATGGCTAGCAACATAATGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113468 CAGTTAAGGCTCTTAAAGATCCTTGACATGGCTAGCAACATAATGATTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1860 CACTCTACCTGGGGCTTCCAAGCTACTTGGAGTAGGGACAAAATATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113518 CACTCTACCTGGGGCTTCCAAGCTACTTGGAGTAGGGACAAAATATCTTG

   2000     .    :
   1910 GCTCACGTATT
        |||||||||||
 113568 GCTCACGTATT