seq1 = pF1KF0052.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KF0052/gi568815586f_118276692.tfa (gi568815586f:118276692_118514430), 237739 bp

>pF1KF0052 984
>gi568815586f:118276692_118514430 (Chr12)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-212  (103471-103540)   100% ->
213-268  (107321-107376)   100% ->
269-340  (109423-109494)   100% ->
341-360  (113236-113255)   100% ->
361-517  (114435-114591)   100% ->
518-613  (123968-124063)   100% ->
614-675  (125068-125129)   100% ->
676-697  (125292-125313)   100% ->
698-803  (126721-126826)   100% ->
804-888  (134382-134466)   100% ->
889-984  (137644-137739)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGCCGCGGGGCTGCTGGCCCCGGCCCCGGCCCAGGCTGGAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGCCGCGGGGCTGCTGGCCCCGGCCCCGGCCCAGGCTGGAGCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGCCCCCGAGTACTACCCCGAGGAGGATGAAGAGCTGGAGAGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGGCCCCCGAGTACTACCCCGAGGAGGATGAAGAGCTGGAGAGCGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACGACGAGCGCAGCTGTCGGGGCCGCGAGTCGGACGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 AGGACGACGAGCGCAGCTGTCGGGGCCGCGAGTCGGACGAAGGTG...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  ACACTGAGGATGCTAGTGAAACTGACCTGGCAAAGCATGATGAAGAAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103470 GACACTGAGGATGCTAGTGAAACTGACCTGGCAAAGCATGATGAAGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATGTAGAAATGAAGGAACA         GATGTATCAGGACAAACTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103520 CTATGTAGAAATGAAGGAACAGTG...TAGGATGTATCAGGACAAACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTCTCTCAAGAGGCAGTTGCAACAACTGCAAGAAG         GTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107341 CTTCTCTCAAGAGGCAGTTGCAACAACTGCAAGAAGGTT...CAGGTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTACAGGAATATCAGAAGAGAATGAAAAAACTAGATCAGCAGTACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109428 TTACAGGAATATCAGAAGAGAATGAAAAAACTAGATCAGCAGTACAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGGATACGGAATGCAG         AACTCTTCCTCCAGCTGGAA    
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||>>>.
 109478 GAGGATACGGAATGCAGGTA...CAGAACTCTTCCTCCAGCTGGAAGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361      ACTGAACAAGTGGAACGAAATTACATTAAAGAAAAGAAGGCAGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113260 ..CAGACTGAACAAGTGGAACGAAATTACATTAAAGAAAAGAAGGCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTGAAAGAATTTGAAGACAAGAAGGTTGAGCTGAAAGAGAACCTGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114480 GTGAAAGAATTTGAAGACAAGAAGGTTGAGCTGAAAGAGAACCTGATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGAGCTAGAAGAAAAGAAGAAAATGATTGAAAATGAAAAGCTGACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114530 TGAGCTAGAAGAAAAGAAGAAAATGATTGAAAATGAAAAGCTGACAATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AACTGACTGGAG         ATTCTATGGAGGTGAAACCTATCATGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114580 AACTGACTGGAGGTA...CAGATTCTATGGAGGTGAAACCTATCATGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGAAAGTTGCGGAGGCGACCAAATGATCCCGTCCCCATCCCAGACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123997 AGAAAGTTGCGGAGGCGACCAAATGATCCCGTCCCCATCCCAGACAAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAGGAAACCTGCTCCAG         CCCAGCTAAACTATTTGTTAACAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 124047 GAGGAAACCTGCTCCAGATA...CACCCCAGCTAAACTATTTGTTAACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGAACAGATCATGGAGGATCTGAGAACATTAAATAAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 125092 ATGAACAGATCATGGAGGATCTGAGAACATTAAATAAGGTA...CAGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAGTCACCCAAGAGACCAG         CATCTCCATCCTCTCCTGAGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 125295 AAGTCACCCAAGAGACCAGGTG...CAGCATCTCCATCCTCTCCTGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CTTGCCTGCAACACCCGCGGAATCTCCAGCCCAGAGGTTCGAAGCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126743 CTTGCCTGCAACACCCGCGGAATCTCCAGCCCAGAGGTTCGAAGCTCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TAGAAGATGGCAAACTGTACTATGACAAAAGATG         GTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126793 TAGAAGATGGCAAACTGTACTATGACAAAAGATGGTA...CAGGTACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AAGAGCCAGGCCATCTATCTGGAGTCAAAGGACAACCAGAAACTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134389 AAGAGCCAGGCCATCTATCTGGAGTCAAAGGACAACCAGAAACTGAGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGTGATCAGTTCTGTAGGAGCCAATGAG         ATCTGGGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134439 CGTGATCAGTTCTGTAGGAGCCAATGAGGTG...CAGATCTGGGTGAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AGACAAGTGACAGCACCAAGATGAGGATCTACCTGGGCCAGCTTCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137657 AGACAAGTGACAGCACCAAGATGAGGATCTACCTGGGCCAGCTTCAGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :
    952 GGGCTCTTCGTGATCCGCCGGCGCTCAGCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 137707 GGGCTCTTCGTGATCCGCCGGCGCTCAGCTGCT