seq1 = pF1KF0007.tfa, 2070 bp
seq2 = pF1KF0007/gi568815593r_141541501.tfa (gi568815593r:141541501_141751117), 209617 bp

>pF1KF0007 2070
>gi568815593r:141541501_141751117 (Chr5)

(complement)

1-21  (99750-99770)   100% ->
22-119  (100001-100098)   100% ->
120-165  (100714-100759)   100% ->
166-233  (101164-101231)   100% ->
234-375  (101582-101723)   100% ->
376-512  (101810-101946)   100% ->
513-576  (102098-102161)   100% ->
577-705  (103022-103150)   100% ->
706-828  (103598-103720)   100% ->
829-924  (103888-103983)   100% ->
925-1044  (104396-104515)   100% ->
1045-1149  (104927-105031)   100% ->
1150-1311  (105186-105347)   100% ->
1312-1440  (105970-106098)   100% ->
1441-1524  (106176-106259)   100% ->
1525-1642  (106428-106545)   100% ->
1643-1863  (106680-106900)   100% ->
1864-1951  (108030-108117)   100% ->
1952-2007  (109361-109416)   100% ->
2008-2070  (109555-109617)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCGCCGCCCCGAAAA         GTGAAGCCGGCCCAGGAGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  99750 ATGCAGCCGCCGCCCCGAAAAGTG...CAGGTGAAGCCGGCCCAGGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGCTTCGCTTCCTGGAACAGCTGAGCATCCTTCAGACCTGGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 GAAGCTTCGCTTCCTGGAACAGCTGAGCATCCTTCAGACCTGGCAGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGAGGCGGATCTGCTGGAGGACATCAG         ATCCTACAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100071 GGGAGGCGGATCTGCTGGAGGACATCAGGTA...CAGATCCTACAGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGAGGGCAGCCATTGAACGGGAGTATGGGCAG         GCACTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100727 CAGAGGGCAGCCATTGAACGGGAGTATGGGCAGGTA...CAGGCACTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GAAACTGGCTGGCCCATTCCTGAAGAGGGAAGGGCACCGGAGCGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101172 GAAACTGGCTGGCCCATTCCTGAAGAGGGAAGGGCACCGGAGCGGTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGACAGCAG         GGGCAGGACAGTGTTCGGTGCCTGGCGCTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101222 TGGACAGCAGGTG...GAGGGGCAGGACAGTGTTCGGTGCCTGGCGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CTGCTGGATGCCACCGTGGCTGGGGGCCAAACCCGACTCCAGGCGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101613 CTGCTGGATGCCACCGTGGCTGGGGGCCAAACCCGACTCCAGGCGTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCGATACCGTGACCTAGCAGGGGGTACAGGGCGGAGCGCCAAGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101663 CCGATACCGTGACCTAGCAGGGGGTACAGGGCGGAGCGCCAAGGAGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTTAGGAAG         GGAACAGAGAACCTCCAGAGGGCGCAGGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101713 TGCTTAGGAAGGTA...TAGGGAACAGAGAACCTCCAGAGGGCGCAGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAGGTGCTGCAGTCTGTCCGGGAGCTGAGCCGAAGTCGGAAGCTGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101840 GAGGTGCTGCAGTCTGTCCGGGAGCTGAGCCGAAGTCGGAAGCTGTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCAGCGGGAACGTGTGTGGGCCTTGGCACAGGAGAAGGCGGCTGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101890 GCAGCGGGAACGTGTGTGGGCCTTGGCACAGGAGAAGGCGGCTGATGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGCCAG         GCTAAACCGAAGTGACCATGGGATCTTCCACTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101940 AGGCCAGGTG...CAGGCTAAACCGAAGTGACCATGGGATCTTCCACTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CGGACCAGTCTCCAGAAACTGAGCACCAAG         CTGTCCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102132 CGGACCAGTCTCCAGAAACTGAGCACCAAGGTT...TAGCTGTCCGCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTCAGCCCAGTACTCCCAGCAGCTGCAAGCAGCCCGCAATGAGTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 GTCAGCCCAGTACTCCCAGCAGCTGCAAGCAGCCCGCAATGAGTACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTAACTTGGTGGCTACCAATGCCCACCTCGACCATTACTACCAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 TTAACTTGGTGGCTACCAATGCCCACCTCGACCATTACTACCAGGAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTGCCAGCTCTGCTCAAG         GCCCTGGTCAGTGAGCTGTCAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103133 CTGCCAGCTCTGCTCAAGGCC...TAGGCCCTGGTCAGTGAGCTGTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCACTTGAGGGACCCCCTGACCTCCCTGAGCCACACTGAGCTGGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103621 GCACTTGAGGGACCCCCTGACCTCCCTGAGCCACACTGAGCTGGAAGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CAGAGGTCATCCTGGAGCATGCCCACCGCGGGGAGCAGACAACCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103671 CAGAGGTCATCCTGGAGCATGCCCACCGCGGGGAGCAGACAACCTCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829          GTAAGCTGGGAGCAAGACCTGAAGCTGTTTCTTCAGGAGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103721 GTG...TAGGTAAGCTGGGAGCAAGACCTGAAGCTGTTTCTTCAGGAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGGTGTATTTTCCCCCACCCCACCTCAGCAGTTTCAGCCAGCAGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103929 TGGTGTATTTTCCCCCACCCCACCTCAGCAGTTTCAGCCAGCAGGGACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATCAG         GTGTGTGTCCTGGAGTGGGGAGCAGAAGGCGTGGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103979 ATCAGGTG...CAGGTGTGTGTCCTGGAGTGGGGAGCAGAAGGCGTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GGCAAGAGTGGCCTGGAGAAAGAGGTTCAGCGCTTGACCAGCCGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104432 GGCAAGAGTGGCCTGGAGAAAGAGGTTCAGCGCTTGACCAGCCGAGCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCGTGACTACAAGATCCAGAACCATGGGCATCGG         GTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104482 CCGTGACTACAAGATCCAGAACCATGGGCATCGGGTG...CAGGTACTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AACGACTGGAGCAGAGGCGGCAGCAGGCTTCAGAGCGGGAGGCTCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104934 AACGACTGGAGCAGAGGCGGCAGCAGGCTTCAGAGCGGGAGGCTCCAAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATAGAACAGAGGTTACAGGAAGTGCGAGAGAGCATCCGCCGGGCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104984 ATAGAACAGAGGTTACAGGAAGTGCGAGAGAGCATCCGCCGGGCACAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150        GTGAGCCAGGTGAAGGGGGCTGCCCGGCTGGCCCTGCTGCAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 G...CAGGTGAGCCAGGTGAAGGGGGCTGCCCGGCTGGCCCTGCTGCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GGGCTGGCTTAGATGTGGAGCGCTGGCTGAAGCCAGCCATGACCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105229 GGGCTGGCTTAGATGTGGAGCGCTGGCTGAAGCCAGCCATGACCCAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CAGGATGAGGTGGAGCAGGAGCGGCGGCTCAGTGAGGCTCGGCTGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105279 CAGGATGAGGTGGAGCAGGAGCGGCGGCTCAGTGAGGCTCGGCTGTCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAGGGACCTCTCTCCAACC         GCTGAGGATGCTGAGCTTTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105329 GAGGGACCTCTCTCCAACCGTG...TAGGCTGAGGATGCTGAGCTTTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ACTTTGAGGAATGTGAGGAGACGGGAGAGCTCTTTGAGGAGCCTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 ACTTTGAGGAATGTGAGGAGACGGGAGAGCTCTTTGAGGAGCCTGCCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CAAGCCCTGGCCACGAGGGCCCTCCCCTGCCCTGCACACGTGGTATTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 CAAGCCCTGGCCACGAGGGCCCTCCCCTGCCCTGCACACGTGGTATTTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTATCAG         GCAGGGCGTGAGGATGAGCTGACAATCACGGAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106092 CTATCAGGTA...CAGGCAGGGCGTGAGGATGAGCTGACAATCACGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GTGAGTGGCTGGAGGTCATAGAGGAGGGAGATGCTGACGAATGGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106210 GTGAGTGGCTGGAGGTCATAGAGGAGGGAGATGCTGACGAATGGGTCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525          GCTCGGAACCAGCACGGCGAGGTAGGCTTTGTCCCTGAGCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106260 GTG...CAGGCTCGGAACCAGCACGGCGAGGTAGGCTTTGTCCCTGAGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 ATATCTCAACTTCCCGGACCTCTCCCTCCCAGAGAGCAGCCAAGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106469 ATATCTCAACTTCCCGGACCTCTCCCTCCCAGAGAGCAGCCAAGACAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 ACAATCCCTGCGGGGCAGAGCCCACAG         CATTCCTGGCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106519 ACAATCCCTGCGGGGCAGAGCCCACAGGTA...TAGCATTCCTGGCACAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GCCCTGTACAGCTACACCGGACAGAGTGCAGAGGAGCTGAGCTTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106694 GCCCTGTACAGCTACACCGGACAGAGTGCAGAGGAGCTGAGCTTCCCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 GGGGGCACTCATCCGTCTGCTGCCCCGGGCCCAAGATGGAGTAGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106744 GGGGGCACTCATCCGTCTGCTGCCCCGGGCCCAAGATGGAGTAGATGACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GCTTCTGGAGGGGAGAATTTGGGGGCCGTGTTGGGGTCTTCCCCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106794 GCTTCTGGAGGGGAGAATTTGGGGGCCGTGTTGGGGTCTTCCCCTCCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CTGGTGGAAGAGCTGCTTGGCCCCCCAGGGCCACCTGAACTCTCTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106844 CTGGTGGAAGAGCTGCTTGGCCCCCCAGGGCCACCTGAACTCTCTGACCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TGAACAG         ATGCTGCCGTCCCCTTCTCCTCCCAGCTTCTCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106894 TGAACAGGTG...CAGATGCTGCCGTCCCCTTCTCCTCCCAGCTTCTCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CACCTGCACCTACCTCTGTGTTGGATGGGCCCCCTGCACCTGTCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108064 CACCTGCACCTACCTCTGTGTTGGATGGGCCCCCTGCACCTGTCCTGCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GGGG         ACAAAGCCCTGGACTTCCCTGGGTTCCTGGACATGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108114 GGGGGTG...CAGACAAAGCCCTGGACTTCCCTGGGTTCCTGGACATGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GGCACCTCGACTCAGGCCG         ATGCGTCCACCACCTCCCCCGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109398 GGCACCTCGACTCAGGCCGGTA...CAGATGCGTCCACCACCTCCCCCGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CGGCTAAAGCCCCGGATCCTGGCCACCCAGATCCCCTCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109577 CGGCTAAAGCCCCGGATCCTGGCCACCCAGATCCCCTCACC