seq1 = pF1KF0006.tfa, 2247 bp
seq2 = pF1KF0006/gi568815576f_40301591.tfa (gi568815576f:40301591_40509756), 208166 bp

>pF1KF0006 2247
>gi568815576f:40301591_40509756 (Chr22)

1-90  (99996-100085)   96% ->
91-157  (100549-100615)   100% ->
158-366  (102657-102865)   100% ->
367-474  (102967-103074)   100% ->
475-618  (103551-103694)   100% ->
619-814  (104059-104254)   100% ->
815-960  (104488-104633)   100% ->
961-1185  (104848-105072)   100% ->
1186-1240  (105427-105481)   100% ->
1241-1368  (105611-105738)   100% ->
1369-1524  (105823-105978)   100% ->
1525-1579  (106199-106253)   100% ->
1580-1629  (106481-106530)   100% ->
1630-1782  (106687-106839)   100% ->
1783-1853  (107037-107107)   100% ->
1854-1902  (107204-107252)   100% ->
1903-1988  (107343-107428)   100% ->
1989-2111  (107660-107782)   100% ->
2112-2172  (107875-107935)   100% ->
2173-2247  (108092-108166)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGAAGCCATACACCTGCCTGTGGCCCTTTCTCAGCCCTGACTCC
         | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 GTTTTAGGAAGCCATACACCTGCCTGTGGCCCTTTCTCAGCCCTGACTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCATATGGCCCCAGGAGATCTTGGCCAAGTACACGCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100046 GAGCATATGGCCCCAGGAGATCTTGGCCAAGTACACGCAGGTA...TAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAAGAGTCAGCAGAGCAACCAGAGTTCTACTACGATGAGTTTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 AGGAAGAGTCAGCAGAGCAACCAGAGTTCTACTACGATGAGTTTGGTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTGTGTACAAGGAAG         AAGGTGATGAGCCTGGCTCCAGTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100600 CGTGTGTACAAGGAAGGTA...CAGAAGGTGATGAGCCTGGCTCCAGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGGCGAACTCCCCTCTGATGGAGGATGCTCCACAGAGGCTGCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102682 GCTGGCGAACTCCCCTCTGATGGAGGATGCTCCACAGAGGCTGCGGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCCCACCTGGAGTTCACCCATAACCACGATGTGGGGGATCTCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102732 AGGCCCACCTGGAGTTCACCCATAACCACGATGTGGGGGATCTCACCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAAGATTGCCGTCTCCCTACCCCGCTCTGAGAAGCTCCGCTCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102782 GACAAGATTGCCGTCTCCCTACCCCGCTCTGAGAAGCTCCGCTCCCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGGCCGGCATCCCACATGGCATGAGGCCACAG         CTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102832 GCTGGCCGGCATCCCACATGGCATGAGGCCACAGGTA...CAGCTGTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGGCTCTCTGGGGCCCTGCAGAAGAAGAGGAACTCTGAGCTGTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102974 TGCGGCTCTCTGGGGCCCTGCAGAAGAAGAGGAACTCTGAGCTGTCCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGCGAGATTGTGAAGAACAGCTCCAACGATGAGACCATCGCTGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103024 CGCGAGATTGTGAAGAACAGCTCCAACGATGAGACCATCGCTGCCAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 G         ATCGAGAAGGACCTGCTCCGCACCATGCCCAGCAACGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103074 GGTG...CAGATCGAGAAGGACCTGCTCCGCACCATGCCCAGCAACGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTTCGCCAGCATGGGTAGCATCGGGGTGCCCCGCCTGCGCAGGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 GCTTCGCCAGCATGGGTAGCATCGGGGTGCCCCGCCTGCGCAGGGTGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGGCCCTGGCCTGGCTCTACCCAGAGATCGGCTACTGCCAGGGCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103641 CGGGCCCTGGCCTGGCTCTACCCAGAGATCGGCTACTGCCAGGGCACCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATG         GTGGCCGCCTGCCTCCTGCTGTTCCTGGAGGAGGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103691 CATGGTG...CAGGTGGCCGCCTGCCTCCTGCTGTTCCTGGAGGAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACGCCTTCTGGATGATGTCTGCCATCATCGAGGACCTGCTCCCCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104096 ACGCCTTCTGGATGATGTCTGCCATCATCGAGGACCTGCTCCCCGCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACTTCAGCACCACCCTGCTGGGTGTCCAGACTGACCAGCGGGTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104146 TACTTCAGCACCACCCTGCTGGGTGTCCAGACTGACCAGCGGGTCCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCACCTCATTGTCCAGTACCTGCCTCGCCTGGACAAGCTGCTCCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104196 CCACCTCATTGTCCAGTACCTGCCTCGCCTGGACAAGCTGCTCCAGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGACATTG         AGCTGTCCCTGATCACACTGCACTGGTTCCTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104246 ATGACATTGGTA...CAGAGCTGTCCCTGATCACACTGCACTGGTTCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACGGCCTTCGCCAGCGTGGTGGACATCAAGCTGCTCCTGCGCATCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104520 ACGGCCTTCGCCAGCGTGGTGGACATCAAGCTGCTCCTGCGCATCTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGTTTTTCTACGAGGGCTCCCGGGTGCTGTTCCAGCTCACGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104570 CCTGTTTTTCTACGAGGGCTCCCGGGTGCTGTTCCAGCTCACGCTGGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGCTGCACCTCAAG         GAGGAAGAGCTGATCCAGTCAGAGAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104620 TGCTGCACCTCAAGGTG...CAGGAGGAAGAGCTGATCCAGTCAGAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCGGCCTCCATCTTCAACACGCTATCGGATATCCCGTCGCAGATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104875 TCGGCCTCCATCTTCAACACGCTATCGGATATCCCGTCGCAGATGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGCGGAGCTGCTTCTGGGGGTGGCCATGCGGCTGGCCGGCTCCCTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104925 CGCGGAGCTGCTTCTGGGGGTGGCCATGCGGCTGGCCGGCTCCCTCACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATGTGGCCGTGGAGACTCAGCGCCGCAAGCACCTGGCCTATCTCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104975 ATGTGGCCGTGGAGACTCAGCGCCGCAAGCACCTGGCCTATCTCATTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACCAGGGCCAGCTCCTGGGGGCCGGCACCCTCACCAACCTCTCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105025 GACCAGGGCCAGCTCCTGGGGGCCGGCACCCTCACCAACCTCTCTCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186        GTTGTTCGCCGCAGGACCCAGCGGAGGAAGTCCACCATCACTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105075 G...CAGGTTGTTCGCCGCAGGACCCAGCGGAGGAAGTCCACCATCACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTCTGCTCTTCG         GGGAGGATGACCTGGAGGCACTCAAGGCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105470 CTCTGCTCTTCGGTG...TAGGGGAGGATGACCTGGAGGCACTCAAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAGAACATCAAGCAGACGGAACTGGTGGCTGACCTCCGGGAAGCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105640 AAGAACATCAAGCAGACGGAACTGGTGGCTGACCTCCGGGAAGCCATCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCGCGTGGCACGCCACTTCCAGTGCACAGACCCCAAAAACTGCAGCGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105690 GCGCGTGGCACGCCACTTCCAGTGCACAGACCCCAAAAACTGCAGCGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369         GAGCTGACTCCAGACTATAGCATGGAGAGCCACCAGCGGGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105740 TG...CAGGAGCTGACTCCAGACTATAGCATGGAGAGCCACCAGCGGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CACGAGAACTACGTGGCGTGCTCACGCAGCCACCGGCGCCGAGCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105865 CACGAGAACTACGTGGCGTGCTCACGCAGCCACCGGCGCCGAGCCAAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCTGCTGGACTTTGAGCGGCACGACGACGACGAGCTGGGCTTCCGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105915 CCTGCTGGACTTTGAGCGGCACGACGACGACGAGCTGGGCTTCCGCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACGACATCATCACA         ATCGTGTCTCAGAAGGACGAGCACTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105965 ACGACATCATCACAGTG...CAGATCGTGTCTCAGAAGGACGAGCACTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TGGGTGGGGGAGCTCAACGGCCTGCGAG         GCTGGTTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106226 TGGGTGGGGGAGCTCAACGGCCTGCGAGGTG...CAGGCTGGTTTCCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAAGTTCGTGGAAGTCCTGGATGAGCGCAGCAAAGAG         TACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106494 CAAGTTCGTGGAAGTCCTGGATGAGCGCAGCAAAGAGGTG...CAGTACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCATCGCGGGGGATGACTCGGTGACGGAGGGGGTCACAGACCTCGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106691 CCATCGCGGGGGATGACTCGGTGACGGAGGGGGTCACAGACCTCGTGCGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGGACCCTCTGCCCGGCCCTTAAGGCCCTGTTCGAACATGGACTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106741 GGGACCCTCTGCCCGGCCCTTAAGGCCCTGTTCGAACATGGACTGAAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GCCATCCCTGCTTGGGGGCGCCTGCCACCCCTGGCTGTTTATCGAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106791 GCCATCCCTGCTTGGGGGCGCCTGCCACCCCTGGCTGTTTATCGAGGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783         GCTGCAGGCCGGGAGGTCGAGAGAGACTTTGCCTCCGTGTAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106841 TA...CAGGCTGCAGGCCGGGAGGTCGAGAGAGACTTTGCCTCCGTGTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TCCCGTCTGGTGCTCTGTAAGACCTTCAG         GTTGGATGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107079 TCCCGTCTGGTGCTCTGTAAGACCTTCAGGTA...CAGGTTGGATGAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TGGCAAAGTCCTGACCCCGGAGGAGCTGCTCTACCGG         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107216 TGGCAAAGTCCTGACCCCGGAGGAGCTGCTCTACCGGGTA...CAGGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TGCAGTCTGTGAACGTGACCCACGATGCAGTGCATGCACAAATGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107347 TGCAGTCTGTGAACGTGACCCACGATGCAGTGCATGCACAAATGGATGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AAGCTCCGCTCACTGATCTGCGTGGGGCTCAA         TGAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107397 AAGCTCCGCTCACTGATCTGCGTGGGGCTCAAGTG...CAGTGAGCAGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GCTGCACCTGTGGCTGGAGGTGCTCTGCTCCAGCCTGCCCACCGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107669 GCTGCACCTGTGGCTGGAGGTGCTCTGCTCCAGCCTGCCCACCGTGGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 AGTGGTACCAGCCCTGGTCCTTCCTGCGCAGCCCGGGCTGGGTCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107719 AGTGGTACCAGCCCTGGTCCTTCCTGCGCAGCCCGGGCTGGGTCCAGATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AAGTGTGAGCTCCG         AGTCCTCTGCTGCTTTGCCTTCAGCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107769 AAGTGTGAGCTCCGGTG...TAGAGTCCTCTGCTGCTTTGCCTTCAGCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CTCCCAGGACTGGGAGCTCCCTGCGAAGAGAGAG         GCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107902 CTCCCAGGACTGGGAGCTCCCTGCGAAGAGAGAGGTG...CAGGCGCAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 AGCCCCTGAAGGAGGGCGTCCGGGACATGCTGGTGAAGCACCACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108099 AGCCCCTGAAGGAGGGCGTCCGGGACATGCTGGTGAAGCACCACCTCTTC

   2400     .    :    .
   2230 AGCTGGGATGTGGACGGG
        ||||||||||||||||||
 108149 AGCTGGGATGTGGACGGG