seq1 = pF1KE9695.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KE9695/gi568815582f_57637244.tfa (gi568815582f:57637244_57856943), 219700 bp

>pF1KE9695 1965
>gi568815582f:57637244_57856943 (Chr16)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-171  (104444-104574)   100% ->
172-289  (107151-107268)   100% ->
290-390  (113584-113684)   100% ->
391-432  (114018-114059)   100% ->
433-516  (114398-114481)   100% ->
517-632  (114697-114812)   100% ->
633-704  (115287-115358)   100% ->
705-855  (115535-115685)   99% ->
856-1046  (115834-116024)   100% ->
1047-1177  (116146-116276)   100% ->
1178-1228  (116702-116752)   100% ->
1229-1296  (117687-117754)   100% ->
1297-1416  (117876-117995)   100% ->
1417-1566  (118102-118251)   100% ->
1567-1643  (118598-118674)   100% ->
1644-1718  (118749-118823)   100% ->
1719-1835  (119113-119229)   100% ->
1836-1965  (119571-119700)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCCCTGTGGTCACCAAGACAGCCTGGAAGTTGC         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGCCACCCCTGTGGTCACCAAGACAGCCTGGAAGTTGCGTG...TAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAGATCGTCGCGCATGCCAGCAACGTGTCCTCACTGGTGCTGGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104445 AGAGATCGTCGCGCATGCCAGCAACGTGTCCTCACTGGTGCTGGGCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCCGGGCGGCTGCTGGCTACAGGCGGGGATGACTGCCGCGTCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104495 CCTCCGGGCGGCTGCTGGCTACAGGCGGGGATGACTGCCGCGTCAACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGTCCATCAACAAGCCCAACTGCATCATG         AGCCTGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104545 TGGTCCATCAACAAGCCCAACTGCATCATGGTG...CAGAGCCTGACGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACACATCCCCAGTGGAGAGCGTCCGCCTCAACACCCCCGAGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107162 CCACACATCCCCAGTGGAGAGCGTCCGCCTCAACACCCCCGAGGAGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCGTGGCCGGCTCTCAGTCGGGCTCCATCCGTGTCTGGGACCTGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107212 TCGTGGCCGGCTCTCAGTCGGGCTCCATCCGTGTCTGGGACCTGGAAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAAAA         TTCTTCGCACACTCATGGGACACAAAGCCAACAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107262 GCCAAAAGTA...TAGTTCTTCGCACACTCATGGGACACAAAGCCAACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGCAGCCTGGATTTCCACCCGTACGGCGAGTTTGTAGCCTCTGGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113618 CTGCAGCCTGGATTTCCACCCGTACGGCGAGTTTGTAGCCTCTGGTTCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGACACAAACATCAAG         CTCTGGGACATCAGGAGGAAAGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113668 AGGACACAAACATCAAGGTG...CAGCTCTGGGACATCAGGAGGAAAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGTGTCTTCCGATACAGG         GGGCACAGCCAGGCCGTGCGGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114042 TGTGTCTTCCGATACAGGGTA...CAGGGGCACAGCCAGGCCGTGCGGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTCCGGTTCAGCCCCGATGGGAAGTGGTTGGCGTCGGCCGCAGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114421 TCTCCGGTTCAGCCCCGATGGGAAGTGGTTGGCGTCGGCCGCAGATGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACACCGTGAAG         CTCTGGGATCTCACTGCCGGCAAGATGATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114471 ACACCGTGAAGGTA...CAGCTCTGGGATCTCACTGCCGGCAAGATGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCTGAGTTCCCTGGTCACACGGGGCCTGTCAACGTGGTCGAGTTTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114727 TCTGAGTTCCCTGGTCACACGGGGCCTGTCAACGTGGTCGAGTTTCACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAACGAGTACCTCCTGGCCTCCGGCAGCTCTGACAG         GACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114777 CAACGAGTACCTCCTGGCCTCCGGCAGCTCTGACAGGTG...CAGGACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCCGCTTCTGGGACCTGGAGAAGTTCCAGGTGGTGAGCTGCATCGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115292 TCCGCTTCTGGGACCTGGAGAAGTTCCAGGTGGTGAGCTGCATCGAAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGCCTGGGCCCGTCAG         GAGCGTCCTCTTCAACCCAGATGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||| ||
 115342 GAGCCTGGGCCCGTCAGGTA...CAGGAGCGTCCTCTTCAACCCAGACGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CTGCTGCCTGTACAGCGGCTGCCAGGACTCACTGCGTGTCTACGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115559 CTGCTGCCTGTACAGCGGCTGCCAGGACTCACTGCGTGTCTACGGCTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AACCTGAGCGGTGCTTTGATGTGGTCCTCGTCAACTGGGGCAAGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115609 AACCTGAGCGGTGCTTTGATGTGGTCCTCGTCAACTGGGGCAAGGTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACCTGGCCATCTGCAATGACCAGTTG         ATAGGTGTGGCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115659 GACCTGGCCATCTGCAATGACCAGTTGGTG...CAGATAGGTGTGGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTCCCAGAGCAACGTCTCCTCCTACGTGGTGGATCTGACGCGTGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115848 CTCCCAGAGCAACGTCTCCTCCTACGTGGTGGATCTGACGCGTGTCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGACTGGCACGGTGGCCCGGGACCCTGTGCAGGACCACCGGCCCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115898 GGACTGGCACGGTGGCCCGGGACCCTGTGCAGGACCACCGGCCCCTGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGCCACTGCCCAACCCCAGCGCCCCCCTCCGGCGCATCTATGAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115948 CAGCCACTGCCCAACCCCAGCGCCCCCCTCCGGCGCATCTATGAGCGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGCACAACCTGCAGCAAGCCTCAGAG         GGTGAAGCAGAACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115998 CAGCACAACCTGCAGCAAGCCTCAGAGGTG...CAGGGTGAAGCAGAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGAGAGCGAGCGCCGCAGCCCCAGCAGCGAGGATGACCGGGACGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116160 CAGAGAGCGAGCGCCGCAGCCCCAGCAGCGAGGATGACCGGGACGAGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGTCCCGCGCGGAGATCCAGAACGCCGAGGACTACAACGAGATCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116210 GAGTCCCGCGCGGAGATCCAGAACGCCGAGGACTACAACGAGATCTTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCCCAAGAACAGCATCA         GTCGGACGCCACCCCGGAGAAGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116260 GCCCAAGAACAGCATCAGTG...CAGGTCGGACGCCACCCCGGAGAAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGCCCTTCCCTGCACCCCCAGAGGACG         ACGCAGCCACAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116726 AGCCCTTCCCTGCACCCCCAGAGGACGGTG...CAGACGCAGCCACAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGGAGGCAGCAAAGCCCAGCCCTGCCATGGATGTGCAGTTCCCGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117701 AAGGAGGCAGCAAAGCCCAGCCCTGCCATGGATGTGCAGTTCCCGGTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AAAT         CTGGAGGTCCTGCCCCGGCCCCCAGTGGTTGCTTCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117751 AAATGTA...CAGCTGGAGGTCCTGCCCCGGCCCCCAGTGGTTGCTTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CACCTGCACCCAAGGCTGAGCCTGCCATCATCCCTGCCACCCGGAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117913 CACCTGCACCCAAGGCTGAGCCTGCCATCATCCCTGCCACCCGGAACGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCCATCGGGCTGAAGGCCTCCGACTTCCTGCCC         GCCGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117963 CCCATCGGGCTGAAGGCCTCCGACTTCCTGCCCGTG...CAGGCCGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GATCCCCCAGCAGGCCGAGCTGGTGGACGAGGATGCCATGTCACAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118110 GATCCCCCAGCAGGCCGAGCTGGTGGACGAGGATGCCATGTCACAGATCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GCAAAGGCCACGACACCATGTGTGTGGTGCTCACCAGCCGCCACAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118160 GCAAAGGCCACGACACCATGTGTGTGGTGCTCACCAGCCGCCACAAGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTGGACACTGTGCGGGCTGTGTGGACCATGGGCGACATCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118210 CTGGACACTGTGCGGGCTGTGTGGACCATGGGCGACATCAAGGCA...CA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1567  ACGTCGGTGGACTCCGCTGTGGCCATCAACGACCTGTCGGTGGTGGTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118597 GACGTCGGTGGACTCCGCTGTGGCCATCAACGACCTGTCGGTGGTGGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 ACCTCCTGAACATCGTCAACCAGAAAGC         CTCCCTGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118647 ACCTCCTGAACATCGTCAACCAGAAAGCGTA...TAGCTCCCTGTGGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CTGGACCTGTGCACCACCGTCCTGCCACAGATTGAGAAGCTTCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118762 CTGGACCTGTGCACCACCGTCCTGCCACAGATTGAGAAGCTTCTGCAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CAAGTATGAGAG         CTACGTCCAGACGGGCTGCACCTCCCTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 118812 CAAGTATGAGAGGTG...AAGCTACGTCCAGACGGGCTGCACCTCCCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 AGCTGATCCTGCAGCGGTTTCTGCCCCTCATCACAGACATGCTGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119142 AGCTGATCCTGCAGCGGTTTCTGCCCCTCATCACAGACATGCTGGCGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 CCACCCTCTGTGGGTGTGGATATCAGCAGGGAGGAGAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119192 CCACCCTCTGTGGGTGTGGATATCAGCAGGGAGGAGAGGTG...CAGGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 GCATAAGTGCCGGCTCTGCTACAAGCAGCTTAAGAGCATCAGCGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119574 GCATAAGTGCCGGCTCTGCTACAAGCAGCTTAAGAGCATCAGCGGCCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TCAAGAGCAAGTCAGGCCTGAGCGGCCGCCATGGCAGTACCTTCCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119624 TCAAGAGCAAGTCAGGCCTGAGCGGCCGCCATGGCAGTACCTTCCGCGAG

   2100     .    :    .    :    .
   1939 CTGCACCTGCTCATGGCCAGTCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 119674 CTGCACCTGCTCATGGCCAGTCTGGAC