seq1 = pF1KE9694.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE9694/gi568815583f_40282836.tfa (gi568815583f:40282836_40493594), 210759 bp

>pF1KE9694 948
>gi568815583f:40282836_40493594 (Chr15)

1-209  (100001-100209)   99% ->
210-304  (100393-100487)   97% ->
305-437  (103527-103659)   100% ->
438-485  (104324-104371)   100% ->
486-591  (106671-106776)   100% ->
592-685  (107001-107094)   100% ->
686-747  (108658-108719)   98% ->
748-822  (109114-109188)   100% ->
823-948  (110634-110759)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTCCCGAAGCCCCGCCCCTGGACAGAGTTTTCCGTACAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTCCCGAAGCCCCGCCCCTGGACAGAGTTTTCCGTACAACATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTCTACAGAGTGCGATTCCCACCCACTTCCGCCTAGCTACCGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTCTACAGAGTGCGATTCCCACCCACTTCCGCCTAGCTACCGGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTATTTGAAACCCAGGAGGCCGACTTAGCCGGTGGCACGACAGTTGCT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTATTTGAAACCCAGGCGGCCGACTTAGCCGGTGGCACGACAGTTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGGGAATCTTTTAAACGAGAGCGAGAAGGACTGCGGGCAGGACCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGGGAATCTTTTAAACGAGAGCGAGAAGGACTGCGGGCAGGACCGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCTCCTGG         GGTTCAGCCGTGCCTCCTCGTTACGATGACCA
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||| |||||||||||||||||
 100201 GGCTCCTGGGTT...CAGGGTTCAGCCGTGCCGCCTCGTTACGATGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTGGTTAAGACAGTGTATAGCCTGCAGCCCTCCTCTGCGCTGAGCGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100425 GTGTGGTTAAGACAGTGTATAGCCTGCAGCCCCCCTCTGCGCTGAGCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCCAGCCGGCAG         ACACACAAACTCGGGCCACTTCTAAGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100475 GGCCAGCCGGCAGGTG...CAGACACACAAACTCGGGCCACTTCTAAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTCTTACCTGTTAGGTCCAAAGAAGTCGATGTTTCCAAACAGCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103555 TCTCTTACCTGTTAGGTCCAAAGAAGTCGATGTTTCCAAACAGCTTCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGGAGGTCCAGAGAATGATGTTACAAAAATCACCAAACTGAGACGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103605 CAGGAGGTCCAGAGAATGATGTTACAAAAATCACCAAACTGAGACGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATGG         GCAAATGAAAGCTACTGACACTGCCACCAGAAGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103655 AATGGGTG...TAGGCAAATGAAAGCTACTGACACTGCCACCAGAAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTCAGAAAAGG         CTACAAACCACTGAGTAAGCAAAAATCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104360 TGTCAGAAAAGGGTG...CAGCTACAAACCACTGAGTAAGCAAAAATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGAAGAGCTCAAGGACAAGAACCAGCTGTTAGAAGCCGTCAACAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106700 AGGAAGAGCTCAAGGACAAGAACCAGCTGTTAGAAGCCGTCAACAAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGCACCAGAAGTTGACTGAAACTCAG         GGAGAGCTGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106750 TTGCACCAGAAGTTGACTGAAACTCAGGTA...TAGGGAGAGCTGAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGACCCAGAAGGTAGAGCTGCTGGAGAAGTTTCGGGACAACTGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 CCTGACCCAGAAGGTAGAGCTGCTGGAGAAGTTTCGGGACAACTGTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAATTTTGGAGAGCAAGGGCCTTGATCCAG         CTTTAGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| ||
 107065 CAATTTTGGAGAGCAAGGGCCTTGATCCAGGTA...CAGCTTTAGGCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGACCCTGGCATCACGACAAGAATCCACTACTGATCACATGGACTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108669 GAGACCCTGGCATCACGACAAGAATCCACTACTGATCACATGGACTCTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         TTGCTGTTAGAAACTTTGCAAGAGGAGCTGAAGCTTTTTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108719 GGTG...TAGTTGCTGTTAGAAACTTTGCAAGAGGAGCTGAAGCTTTTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACGAAACAGCCAAAAAGCAGATGGAGGAGTTACAG         GCCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109154 ACGAAACAGCCAAAAAGCAGATGGAGGAGTTACAGGTG...CAGGCCTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGGTAAAGCTGGAGATGAAAGAGGAAAGAGTCCGATTCCTAGAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110640 AAGGTAAAGCTGGAGATGAAAGAGGAAAGAGTCCGATTCCTAGAACAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AACCTTATGTAACAATCAAGTAAATGATTTAACAACAGCCCTTAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110690 AACCTTATGTAACAATCAAGTAAATGATTTAACAACAGCCCTTAAGGAAA

   1000     .    :    .    :
    929 TGGAGCAGCTATTAGAAATG
        ||||||||||||||||||||
 110740 TGGAGCAGCTATTAGAAATG