seq1 = pF1KE9691.tfa, 1815 bp
seq2 = pF1KE9691/gi568815593f_169488417.tfa (gi568815593f:169488417_169704204), 215788 bp

>pF1KE9691 1815
>gi568815593f:169488417_169704204 (Chr5)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-336  (102632-102808)   100% ->
337-531  (104938-105132)   100% ->
532-681  (105729-105878)   100% ->
682-780  (105978-106076)   100% ->
781-891  (106155-106265)   99% ->
892-1032  (108145-108285)   100% ->
1033-1136  (110060-110163)   100% ->
1137-1324  (110556-110743)   100% ->
1325-1670  (112864-113209)   99% ->
1671-1815  (115644-115788)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCAGATATAATCACAAATCTTCGATGCAGGCTCAAAGAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCAGATATAATCACAAATCTTCGATGCAGGCTCAAAGAGGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGAGCGACTAAAAGCTGCACAGTATGGTTTACAACTAGTAGAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGAGCGACTAAAAGCTGCACAGTATGGTTTACAACTAGTAGAGAGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAATGAATTACAGAATCAATTGGATAAATGTCGTAATGAAATGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAATGAATTACAGAATCAATTGGATAAATGTCGTAATGAAATGATGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGACTGAG         AGTTATGAACAAGAAAAATATACCCTTCAAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGACTGAGGTA...CAGAGTTATGAACAAGAAAAATATACCCTTCAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGTTGAACTCAAGAGTCGAATGTTAGAAAGTTTGAGCTGCGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102664 AGAAGTTGAACTCAAGAGTCGAATGTTAGAAAGTTTGAGCTGCGAATGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCTATTAAACAACAACAAAAAATGCACCTGGAGAAATTGGAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102714 AAGCTATTAAACAACAACAAAAAATGCACCTGGAGAAATTGGAAGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTAAGCAGAAGCCATGGACAGGAAGTGAATGAACTAAAAACTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102764 CTAAGCAGAAGCCATGGACAGGAAGTGAATGAACTAAAAACTAAGGTT..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     ATAGAAAAACTGAAAGTGGAATTAGATGAAGCCAGGCTTAGTGAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102814 .TAGATAGAAAAACTGAAAGTGGAATTAGATGAAGCCAGGCTTAGTGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCAGCTGAAGCACCAAGTAGATCATCAGAAGGAACTCCTCTCTTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104984 AGCAGCTGAAGCACCAAGTAGATCATCAGAAGGAACTCCTCTCTTGTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAGAGGAACTGCGCGTAATGTCTGAACGTGTGCAGGAAAGCATGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 TCAGAGGAACTGCGCGTAATGTCTGAACGTGTGCAGGAAAGCATGTCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAGATGCTGGCTCTTCAAATTGAGCTGACAGAAATGGAGAGTATGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105084 AGAGATGCTGGCTCTTCAAATTGAGCTGACAGAAATGGAGAGTATGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         ACCACCCTCAAAGAAGAAGTGAATGAACTACAATACAGACAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 TA...TAGACCACCCTCAAAGAAGAAGTGAATGAACTACAATACAGACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAACAGCTAGAACTTCTTATTACTAACCTAATGCGCCAGGTAGACCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105771 GAACAGCTAGAACTTCTTATTACTAACCTAATGCGCCAGGTAGACCGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAAAGAGGAAAAAGAGGAGCGAGAGAAAGAAGCAGTTTCTTACTATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105821 TAAAGAGGAAAAAGAGGAGCGAGAGAAAGAAGCAGTTTCTTACTATAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCTAGAG         AAAGCTCGTGTAGCAAATCAAGATCTTCAGGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105871 CCCTAGAGGTA...TAGAAAGCTCGTGTAGCAAATCAAGATCTTCAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGTTGGACCAGGCACTCCAGCAAGCCTTGGATCCCAATAGTAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106011 CAGTTGGACCAGGCACTCCAGCAAGCCTTGGATCCCAATAGTAAAGGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTCTTTGTTTGCAGAG         GTGGAAGATCGAAGGGCAGCAATGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106061 CTCTTTGTTTGCAGAGGTA...TAGGTGGAAGATCGAAGGGCAGCAATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACGTCAGCTTATCAGTATGAAAGTCAAGTATCAGTCACTAAAGAAGCAA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106180 AACGTCAGCTCATCAGTATGAAAGTCAAGTATCAGTCACTAAAGAAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGTATTTAACAGAGAACAGATGCAGAGAATGAAG         TTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106230 AATGTATTTAACAGAGAACAGATGCAGAGAATGAAGGTA...TAGTTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATTGCCACGTTGCTACAGATGAAAGGGTCTCAAACTGAATTTGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108150 AATTGCCACGTTGCTACAGATGAAAGGGTCTCAAACTGAATTTGAGCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGAACGGTTGCTTGCCATGTTGGAGCAGAAGAATGGTGAAATAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108200 AGGAACGGTTGCTTGCCATGTTGGAGCAGAAGAATGGTGAAATAAAACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTTTTAGGTGAAATTAGAAATCTGGAGAAATTTAAG         AATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108250 CTTTTAGGTGAAATTAGAAATCTGGAGAAATTTAAGGTA...AAGAATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATATGACAGTATGGAATCTAAGCCTTCAGTCGACTCTGGTACTCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110065 ATATGACAGTATGGAATCTAAGCCTTCAGTCGACTCTGGTACTCTGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATAACACCTATTATACAGATTTACTTCAGATGAAGCTGGATAACTTAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110115 ATAACACCTATTATACAGATTTACTTCAGATGAAGCTGGATAACTTAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137         CAAAGAAATTGAAAGCACTAAAGGTGAATTGTCCATACAGCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110165 TA...TAGCAAAGAAATTGAAAGCACTAAAGGTGAATTGTCCATACAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AATGAAAGCATTATTTGAGAGCCAGCGGGCTCTAGATATTGAGCGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110598 AATGAAAGCATTATTTGAGAGCCAGCGGGCTCTAGATATTGAGCGAAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTTTTGCAAATGAAAGATGCCTCCAGCTTTCAGAAAGTGAAAATATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110648 TTTTTGCAAATGAAAGATGCCTCCAGCTTTCAGAAAGTGAAAATATGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGAGAGCTAAACTAGATGAATTGAAACTAAAATATGAACCTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110698 CTGAGAGCTAAACTAGATGAATTGAAACTAAAATATGAACCTGAAGGTA.

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325      AGACAGTTGAAGTGCCTGTACTGAAAAAGAGGCGTGAGGTGCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110748 ..CAGAGACAGTTGAAGTGCCTGTACTGAAAAAGAGGCGTGAGGTGCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGTGGATATAACCACCGCTAAAGATGCATGTGTCAACAACAGTGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112909 CTGTGGATATAACCACCGCTAAAGATGCATGTGTCAACAACAGTGCTCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGGGGAGAAGTTTATCGATTACCGCCTCAGAAAGAGGAGACACAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112959 GGGGGAGAAGTTTATCGATTACCGCCTCAGAAAGAGGAGACACAGTCCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCCTAACAGTTTAGAAGATAACAACTTGCAATTAGAAAAATCAGTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113009 CCCTAACAGTTTAGAAGATAACAACTTGCAATTAGAAAAATCAGTTTCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TACACACACCAGTAGTCAGTCTCTCTCCTCACAAAAATCTGCCCGTGGAT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113059 TATACACACCAGTAGTCAGTCTCTCTCCTCACAAAAATCTGCCCGTGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ATGCAGCTGAAGAAGGAAAAGAAATGTGTGAAACTCATAGGAGTTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113109 ATGCAGCTGAAGAAGGAAAAGAAATGTGTGAAACTCATAGGAGTTCCCGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGACGCTGAGGCCTTAAGTGAAAGAAGTGGAAACACCCCTAACTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113159 TGACGCTGAGGCCTTAAGTGAAAGAAGTGGAAACACCCCTAACTCTCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 G         GTTAGCTGCTGAATCAAAGCTTCAAACAGAAGTTAAAGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113209 GGTC...TAGGTTAGCTGCTGAATCAAAGCTTCAAACAGAAGTTAAAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGAAAAGAAACTTCAAGCAAATTGGAAAAAGAAACTTGTAAGAAATCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 115684 GGAAAAGAAACTTCAAGCAAATTGGAAAAAGAAACTTGTAAGAAATTACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CCCTATTCTATATGTGTCTTCTAAATCTACTCCAGAGACCCAGTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115734 CCCTATTCTATATGTGTCTTCTAAATCTACTCCAGAGACCCAGTGCCCTC

   1900     .
   1811 AACAG
        |||||
 115784 AACAG