seq1 = pF1KE9685.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE9685/gi568815592r_149497506.tfa (gi568815592r:149497506_149738547), 241042 bp

>pF1KE9685 933
>gi568815592r:149497506_149738547 (Chr6)

(complement)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-320  (105632-105789)   100% ->
321-501  (115265-115445)   100% ->
502-660  (136796-136954)   100% ->
661-787  (140198-140324)   100% ->
788-933  (140907-141051)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCTTCTTATGATTAGTGAGAATGTAAAATTGGCTCGTGAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCTTCTTATGATTAGTGAGAATGTAAAATTGGCTCGTGAATATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTGCTGGGAAACTATGACTCTGCGATGGTCTATTATCAGGGAGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTGCTGGGAAACTATGACTCTGCGATGGTCTATTATCAGGGAGTTCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAAATGAACAAGTATCTGTACTCAGTCAAAGATACATACCTCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCAAATGAACAAGTATCTGTACTCAGTCAAAGATACATACCTCCAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAATGGCAACAG         GTTTGGCAGGAAATAAATGTGGAAGCTAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAATGGCAACAGGTG...CAGGTTTGGCAGGAAATAAATGTGGAAGCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACATGTTAAAGATATCATGAAAACACTAGAGAGCTTTAAACTGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105661 ACATGTTAAAGATATCATGAAAACACTAGAGAGCTTTAAACTGGACAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCCTTGAAAGCGGCACAGCATGACCTTCCAGCTTCTGAGGGAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105711 CTCCCTTGAAAGCGGCACAGCATGACCTTCCAGCTTCTGAGGGAGAAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGTCCATGCCTGTACCTGTTGAACGAAG         ACCCTCACCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105761 TGGTCCATGCCTGTACCTGTTGAACGAAGGTA...TAGACCCTCACCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCTAGAAAACGCCAATCTTCTCAGTACAGTGACCCTAAATCACATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115277 ACCTAGAAAACGCCAATCTTCTCAGTACAGTGACCCTAAATCACATGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCGTCCAAGTACAACTGTCAGAGTTCACCGTTCATCTGCACAGAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115327 ATCGTCCAAGTACAACTGTCAGAGTTCACCGTTCATCTGCACAGAATGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACAATGACAGAGGGAAAGCTGTTCGTTGTCGTGAAAAGAAAGAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115377 CACAATGACAGAGGGAAAGCTGTTCGTTGTCGTGAAAAGAAAGAACAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAAAGGAAGAGAGGAAAAG         GGAGTACTGATGGTCGGCCCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115427 TAAAGGAAGAGAGGAAAAGGTA...CAGGGAGTACTGATGGTCGGCCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGGCACGGGGAAGACGCTCCTTGCTAAAGCAGTAGCTACAGAATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136818 CTGGCACGGGGAAGACGCTCCTTGCTAAAGCAGTAGCTACAGAATGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACAACATTCTTCAATGTCTCTTCATCAACTTTGACTTCCAAATACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136868 ACAACATTCTTCAATGTCTCTTCATCAACTTTGACTTCCAAATACAGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAATCTGAGAAGCTTGTTCGTCTTCTGTTTGAAATG         GCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 136918 AGAATCTGAGAAGCTTGTTCGTCTTCTGTTTGAAATGGTG...TAGGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GATTTTATTCTCCAGCCACCATATTTATTGATGAGATAGACTCCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140202 GATTTTATTCTCCAGCCACCATATTTATTGATGAGATAGACTCCATCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGTCGCCGAGGGACTTCTGAAGAACATGAAGCAAGCAGAAGGGTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140252 AGTCGCCGAGGGACTTCTGAAGAACATGAAGCAAGCAGAAGGGTGAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAGCTGCTGGTTCAGATGGATG         GTGTTGGAGGTACTTCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 140302 GGAGCTGCTGGTTCAGATGGATGGTA...TAGGTGTTGGAGGTACTTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAAATGATGACCCTTCCAAAATGGTTATGGTTCTGGCAGCTACTAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140925 AAAATGATGACCCTTCCAAAATGGTTATGGTTCTGGCAGCTACTAATTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCCTGGGATATAGATGAGGCTTTAAGACGACGCCTTGAGAAACGAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140975 CCCTGGGATATAGATGAGGCTTTAAGACGACGCCTTGAGAAACGAATCTA

    950     .    :    .    :    .
    906 TATTCCTTTGCCGTCAGGGATGCGTCCT
        |||||||||||||||||| ||-| ||||
 141025 TATTCCTTTGCCGTCAGGTAT CTTCCT