seq1 = pF1KE9676.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KE9676/gi568815589f_92225999.tfa (gi568815589f:92225999_92713146), 487148 bp

>pF1KE9676 864
>gi568815589f:92225999_92713146 (Chr9)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-289  (106172-106353)   100% ->
290-378  (111543-111631)   100% ->
379-467  (119701-119789)   100% ->
468-564  (153765-153861)   98% ->
565-644  (385316-385395)   100% ->
645-736  (386525-386616)   100% ->
737-864  (387021-387148)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCAGAGCTGGCAGAGGTGCGCGCCTTGCAAGCTGAGATCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCAGAGCTGGCAGAGGTGCGCGCCTTGCAAGCTGAGATCGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCGGCGAGCGTGTGAGGACCCACCGGCGCCCTGGGAAGAGAAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCGGCGAGCGTGTGAGGACCCACCGGCGCCCTGGGAAGAGAAGTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGTCCA         AAAATCTTTTCAAGCCATACACCAATTCAATTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGTCCAGTA...TAGAAAATCTTTTCAAGCCATACACCAATTCAATTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGGATGGAAGTCTTCAAAAGATCTGAAAAATCAGCTTGGACATTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106206 GAAGGATGGAAGTCTTCAAAAGATCTGAAAAATCAGCTTGGACATTTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAGAACTTTCATTTCTAAGTACGCTTACTGGCATCAATATAAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106256 ATCAGAACTTTCATTTCTAAGTACGCTTACTGGCATCAATATAAGAAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTCCAAGCAGACAGAAGACCTAACAAGCACTGAGATGACAGAAAAGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106306 ACTCCAAGCAGACAGAAGACCTAACAAGCACTGAGATGACAGAAAAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        GTATTAGAAAAGTTCTACAGAGACACAGATTATCAGGAAATTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106356 A...CAGGTATTAGAAAAGTTCTACAGAGACACAGATTATCAGGAAATTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCACATGGTTACATTTCAACTTGAATTTCAGATTCTGGAAATTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111586 CCACATGGTTACATTTCAACTTGAATTTCAGATTCTGGAAATTCAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      AATAAGGAGAGATTATCTTCTGCTGTTACTGACCTCAACATAATA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111636 ..TAGAATAAGGAGAGATTATCTTCTGCTGTTACTGACCTCAACATAATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGAGCCCACAGAATGCTCAGAATTAAGTGAATTTGTGTCTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119746 ATGGAGCCCACAGAATGCTCAGAATTAAGTGAATTTGTGTCTAGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468    AGCAGAAGAGAGAAAAGATCTGTTCATGTTTTTCCGAAGCCTGCATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153762 CAGAGCAGAAGAGAGAAAAGATCTGTTCATGTTTTTCCGAAGCCTGCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTTTTGTGGAGTGGTTTGAATATCGTAAGCGCACGTTCAAACATCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 153812 TTTTTGTGGAGTGGTTTGAATATCGTAAGCGCACGTTTAAACATCTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565          GAAAAGTACCCAGATGCCGTGTACCTCTCGGAGGGGCCCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153862 GTA...CAGGAAAAGTACCCAGATGCCGTGTACCTCTCGGAGGGGCCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCTGCTCCATGGGGATCCGCAGCGCCAGCCGGCCAGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 385357 CTCCTGCTCCATGGGGATCCGCAGCGCCAGCCGGCCAGGGTG...CAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGAATTAGTCATTGTTTGGAGGATACAAATAGATGAAGATGGGAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386527 TTGAATTAGTCATTGTTTGGAGGATACAAATAGATGAAGATGGGAAGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTCCAAAGCTGGATCTTCTCACCAAAGTCCCACAGCGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 386577 TTTCCAAAGCTGGATCTTCTCACCAAAGTCCCACAGCGAGGTA...TAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTGGAGCTGGACAAGAACAGAGCCATAGAAACTGCTCCTCTCAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387022 CCTGGAGCTGGACAAGAACAGAGCCATAGAAACTGCTCCTCTCAGCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAACCCTGGTAGGACTGCTTGGAATCGAAGCTGCTCTGGAAAGCCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387072 GAACCCTGGTAGGACTGCTTGGAATCGAAGCTGCTCTGGAAAGCCTGATA

    900     .    :    .    :    .
    838 AAATCGCTTTGTGCAGAGGAGAACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 387122 AAATCGCTTTGTGCAGAGGAGAACAAC