seq1 = pF1KE9664.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE9664/gi568815597f_163226052.tfa (gi568815597f:163226052_163455466), 229415 bp

>pF1KE9664 1392
>gi568815597f:163226052_163455466 (Chr1)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-198  (101437-101511)   100% ->
199-275  (102177-102253)   100% ->
276-337  (102795-102856)   100% ->
338-435  (110700-110797)   100% ->
436-509  (111969-112042)   100% ->
510-606  (113330-113426)   100% ->
607-669  (114313-114375)   100% ->
670-807  (117682-117819)   100% ->
808-948  (119627-119767)   100% ->
949-1124  (121712-121887)   100% ->
1125-1260  (122894-123029)   100% ->
1261-1392  (129284-129415)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTTTGTCTTTCCCCAGATATAATGTAGCTGAGATTGTGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTTTGTCTTTCCCCAGATATAATGTAGCTGAGATTGTGATTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATTCGCAATAAGATCTTAACAGGAGCTGATGGTAAAAACCTCACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATTCGCAATAAGATCTTAACAGGAGCTGATGGTAAAAACCTCACCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGATCTTTATCCAAATCCAAAG         CCTGAAGTCTTGCACATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 ATGATCTTTATCCAAATCCAAAGGTA...TAGCCTGAAGTCTTGCACATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCTACATGAGAGCCTTACAAATAGTATATGGAATTCGACTGGAACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101455 ATCTACATGAGAGCCTTACAAATAGTATATGGAATTCGACTGGAACATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTACATG         ATGCCAGTGAACTCTGAAGTCATGTATCCACATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101505 TTACATGGTG...TAGATGCCAGTGAACTCTGAAGTCATGTATCCACATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAATGGAAGGCTTCTTACCATTCAGCAATTTAGTTACTCATCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102211 TAATGGAAGGCTTCTTACCATTCAGCAATTTAGTTACTCATCTGTG...A

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276   GGACTCATTTTTGCCTATCTGCCGGGTGAATGACTTTGAGACTGCTGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102793 AGGGACTCATTTTTGCCTATCTGCCGGGTGAATGACTTTGAGACTGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TATTCTATGTCCAA         AAGCAAAACGGACAAGTCGGTTTTTAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102843 TATTCTATGTCCAAGTA...TAGAAGCAAAACGGACAAGTCGGTTTTTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGGCATTATCAACTTTATTCACTTCAGAGAAGCATGCCGTGAAACGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110727 GTGGCATTATCAACTTTATTCACTTCAGAGAAGCATGCCGTGAAACGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGGAATTTCTTTGGCAATAT         AAATCCTCTGCGGACAAAAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110777 ATGGAATTTCTTTGGCAATATGTA...TAGAAATCCTCTGCGGACAAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCAACAGTTAAACGCCGCACACCAGGAGGCATTAATGAAACTGGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111989 GCAACAGTTAAACGCCGCACACCAGGAGGCATTAATGAAACTGGAGAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGA         TTCTGTTCCAGTTGAAGAGCAAGAAGAGTTCAAGCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112039 TTGAGTA...AAGTTCTGTTCCAGTTGAAGAGCAAGAAGAGTTCAAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTTCAGATGGAATTCAGGAGCTACAACAATCACTAAATCAGGATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113367 CTTTCAGATGGAATTCAGGAGCTACAACAATCACTAAATCAGGATTTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCAAAAAACG         ATAGTGCTGCAAGAGGGAAATTCCCAAAAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113417 TCAAAAAACGGTA...TAGATAGTGCTGCAAGAGGGAAATTCCCAAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGTCAAATATTTCAGAGAAAACCAAGCGTTTG         AATGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114344 AGTCAAATATTTCAGAGAAAACCAAGCGTTTGGTA...CAGAATGAACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAATTGTCGGTGGTTTCTTTGAAAGAAATACAAGAGAGTTTGAAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117691 AAATTGTCGGTGGTTTCTTTGAAAGAAATACAAGAGAGTTTGAAAACAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AATTGTGGATTCTCCAGAGAAGTTAAAGAATTATAAAGAAAAAATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117741 AATTGTGGATTCTCCAGAGAAGTTAAAGAATTATAAAGAAAAAATGAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATACGGTCCAGAAGCTTAAAAATGCCAGA         CAAGAAGTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117791 ATACGGTCCAGAAGCTTAAAAATGCCAGAGTG...AAGCAAGAAGTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GAGAAATATGAAATCTATGGAGACTCAGTTGACTGCCTGCCTTCATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119639 GAGAAATATGAAATCTATGGAGACTCAGTTGACTGCCTGCCTTCATGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GTTGGAAGTGCAGTTATATCAAAAGAAAATACAGGACCTTTCAGATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119689 GTTGGAAGTGCAGTTATATCAAAAGAAAATACAGGACCTTTCAGATAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGGAAAAATTAGCCAGTATCTTAAAGGAG         AGCCTGAACTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119739 GGGAAAAATTAGCCAGTATCTTAAAGGAGGTT...CAGAGCCTGAACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GAGGACCAAATTGAGAGTGATGAGTCAGAACTGAAGAAATTGAAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121724 GAGGACCAAATTGAGAGTGATGAGTCAGAACTGAAGAAATTGAAGACTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGAAAATTCGTTCAAAAGACTGATGATTGTGAAGAAGGAAAAACTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121774 AGAAAATTCGTTCAAAAGACTGATGATTGTGAAGAAGGAAAAACTTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGCACAATTCAAAATAAATAAGAAGCATGAAGATGTTAAGCAATACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121824 CAGCACAATTCAAAATAAATAAGAAGCATGAAGATGTTAAGCAATACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CGCACAGTAATTGA         GGATTGCAATAAAGTTCAAGAAAAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121874 CGCACAGTAATTGAGTA...CAGGGATTGCAATAAAGTTCAAGAAAAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGGTGCTGTCTATGAACGAGTAACCACAATTAATCAAGAAATCCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122921 AGGTGCTGTCTATGAACGAGTAACCACAATTAATCAAGAAATCCAAAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTAAACTTGGAATTCAACAACTAAAAGATGCTGCTGAAAGGGAGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122971 TTAAACTTGGAATTCAACAACTAAAAGATGCTGCTGAAAGGGAGAAACTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGTCCCAG         GAAATATTTCTAAACTTGAAAACTGCTTTGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123021 AAGTCCCAGGTG...TAGGAAATATTTCTAAACTTGAAAACTGCTTTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAAATACCACGACGGTATTGAAAAGGCAGCAGAGGACTCCTATGCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129316 GAAATACCACGACGGTATTGAAAAGGCAGCAGAGGACTCCTATGCTAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TAGATGAGAAGACAGCTGAACTGAAGAGGAAGATGTTCAAAATGTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129366 TAGATGAGAAGACAGCTGAACTGAAGAGGAAGATGTTCAAAATGTCAACC