seq1 = pF1KE9659.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KE9659/gi568815579r_58451652.tfa (gi568815579r:58451652_58654212), 165965 bp

>pF1KE9659 666
>gi568815579r:58451652_58654212 (Chr19)

(complement)

1-168  (63405-63572)   100% ->
169-348  (65179-65358)   100% ->
349-479  (65432-65562)   100% ->
480-541  (65650-65711)   100% ->
542-666  (65841-65965)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTATTGTTCGGGCGCCGGAAGACGCCAGAGGAGCTACTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63405 ATGGACCTATTGTTCGGGCGCCGGAAGACGCCAGAGGAGCTACTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACCAGAGGGCCCTGAACCGTGCCATGCGGGAGCTGGACCGCGAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63455 GAACCAGAGGGCCCTGAACCGTGCCATGCGGGAGCTGGACCGCGAGCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAACTAGAGACCCAGGAGAAGAAAATCATTGCAGACATTAAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63505 AGAAACTAGAGACCCAGGAGAAGAAAATCATTGCAGACATTAAGAAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAAGCAAGGCCAGATG         GATGCTGTTCGCATCATGGCAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  63555 GCCAAGCAAGGCCAGATGGTG...CAGGATGCTGTTCGCATCATGGCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACTTGGTGCGCACCCGGCGCTATGTGCGCAAGTTTGTATTGATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65202 AGACTTGGTGCGCACCCGGCGCTATGTGCGCAAGTTTGTATTGATGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAACATCCAGGCTGTGTCCCTCAAGATCCAGACACTCAAGTCCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65252 CCAACATCCAGGCTGTGTCCCTCAAGATCCAGACACTCAAGTCCAACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCGATGGCACAAGCCATGAAGGGTGTCACCAAGGCCATGGGCACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65302 TCGATGGCACAAGCCATGAAGGGTGTCACCAAGGCCATGGGCACCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGACAG         CTGAAGTTGCCCCAGATCCAGAAGATCATGATGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65352 CAGACAGGTG...CAGCTGAAGTTGCCCCAGATCCAGAAGATCATGATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTTTGAGCGGCAGGCAGAGATCATGGATATGAAGGAGGAGATGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65466 AGTTTGAGCGGCAGGCAGAGATCATGGATATGAAGGAGGAGATGATGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGCCATTGATGATGCCATGGGTGATGAGGAAGATGAAGAGGAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
  65516 GATGCCATTGATGATGCCATGGGTGATGAGGAAGATGAAGAGGAGAGGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480       TGATGCTGTGGTGTCCCAGGTTCTGGATGAGCTGGGACTTAGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65566 ...TAGTGATGCTGTGGTGTCCCAGGTTCTGGATGAGCTGGGACTTAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAACAGATGAGCTGTCGA         ACCTCCCCTCAACTGGGGGCTCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  65694 TAACAGATGAGCTGTCGAGTG...CAGACCTCCCCTCAACTGGGGGCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTAGTGTGGCTGCTGGTGGGAAAAAAGCAGAGGCCGCAGCCTCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65864 CTTAGTGTGGCTGCTGGTGGGAAAAAAGCAGAGGCCGCAGCCTCAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCTGATGCTGATGCAGACCTGGAGGAACGGCTTAAGAACCTGCGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65914 AGCTGATGCTGATGCAGACCTGGAGGAACGGCTTAAGAACCTGCGGAGGG

    700 
    665 AC
        ||
  65964 AC