seq1 = pF1KE9655.tfa, 384 bp
seq2 = pF1KE9655/gi568815594r_99848465.tfa (gi568815594r:99848465_100049741), 201277 bp

>pF1KE9655 384
>gi568815594r:99848465_100049741 (Chr4)

(complement)

1-81  (100000-100079)   98% ->
82-195  (100356-100469)   100% ->
196-325  (100802-100931)   100% ->
326-384  (101219-101277)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGCGGTAAGGCTGGAAAGGACTCCGGAAAGGCCAAGACAAAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCTGGCGGTAAGGCTGGAAAGGACTCCGGAAAGGCCAAGACAAAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTTCCCGCTCGCAGAGAGCCGGCTTGCAG         TTCCCAGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100049 GGTTTCCCGCTCGCAGAGAGCCGGCTTGCAGGTC...AAGTTCCCAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCGTATTCATCGACACCTAAAATCTAGGACGACCAGTCATGGACGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100366 GCCGTATTCATCGACACCTAAAATCTAGGACGACCAGTCATGGACGTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCGCGACTGCCGCTGTGTACAGCGCAGCCATCCTGGAGTACCTCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 GGCGCGACTGCCGCTGTGTACAGCGCAGCCATCCTGGAGTACCTCACCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAG         GTACTTGAACTGGCAGGAAATGCATCAAAAGACTTAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100466 AGAGGTA...TAGGTACTTGAACTGGCAGGAAATGCATCAAAAGACTTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGTAAAGCGTATTACCCCTCGTCACTTGCAACTTGCTATTCGTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100839 AGGTAAAGCGTATTACCCCTCGTCACTTGCAACTTGCTATTCGTGGAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGAATTGGATTCTCTCATCAAGGCTACAATTGCTGGTGGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100889 GAAGAATTGGATTCTCTCATCAAGGCTACAATTGCTGGTGGTGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   GTGTCATTCCACACATCCACAAATCTCTGATTGGGAAGAAAGGACAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101217 AGGTGTCATTCCACACATCCACAAATCTCTGATTGGGAAGAAAGGACAAC

    400     .    :
    374 AGAAGACTGTC
        |||||||||||
 101267 AGAAGACTGTC