seq1 = pF1KE9641.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KE9641/gi568815592f_159638988.tfa (gi568815592f:159638988_159855608), 216621 bp

>pF1KE9641 1188
>gi568815592f:159638988_159855608 (Chr6)

1-30  (97279-97308)   100% ->
31-86  (100003-100058)   100% ->
87-145  (103101-103159)   100% ->
146-273  (104678-104805)   100% ->
274-452  (109204-109382)   100% ->
453-607  (114473-114627)   100% ->
608-1188  (116041-116621)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAACGAAGAACCTCTTCCCAAGAAG         GTTCGATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  97279 ATGACCAACGAAGAACCTCTTCCCAAGAAGGTA...TAGGTTCGATTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAAACAGACTTCAAAGTTATGGCAAGAGATGAGTTAATTCTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100014 TGAAACAGACTTCAAAGTTATGGCAAGAGATGAGTTAATTCTAAGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     87     ATGGAAACAATATGAAGCATATGTACAAGCTTTGGAGGGCAAGTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 .TAGATGGAAACAATATGAAGCATATGTACAAGCTTTGGAGGGCAAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACAGATCTTAACT         CTAATGATGTAACTGGCCTAAGAGAGTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103147 ACAGATCTTAACTGTA...CAGCTAATGATGTAACTGGCCTAAGAGAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TGAAGAAAAACTAAAGCAACAACAGCAGGAGTCTGCACGCAGGGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104706 TGAAGAAAAACTAAAGCAACAACAGCAGGAGTCTGCACGCAGGGAAAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCCTTGTAATGCGACTAGCAACCAAGGAACAAGAGATGCAAGAGTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104756 TCCTTGTAATGCGACTAGCAACCAAGGAACAAGAGATGCAAGAGTGTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274          ACTCAAATCCAGTACCTCAAGCAAGTCCAGCAGCCGAGCGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104806 GTA...CAGACTCAAATCCAGTACCTCAAGCAAGTCCAGCAGCCGAGCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGCCCAACTGAGATCAACAATGGTAGACCCAGCGATCAACTTGTTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109245 TGCCCAACTGAGATCAACAATGGTAGACCCAGCGATCAACTTGTTTTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAAAAATGAAAGGTGAACTGGAACAGACTAAAGACAAACTGGAACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109295 TAAAAATGAAAGGTGAACTGGAACAGACTAAAGACAAACTGGAACAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAAATGAACTGAGTGCCTGGAAGTTTACGCCTGATAG         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109345 CAAAATGAACTGAGTGCCTGGAAGTTTACGCCTGATAGGTA...CAGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AACAGGGAAAAAGTTAATGGCGAAGTGTCGAATGCTTATCCAGGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114476 AACAGGGAAAAAGTTAATGGCGAAGTGTCGAATGCTTATCCAGGAGAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGAGCTTGGAAGGCAGCTGTCCCAGGGACGTATTGCACAACTTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114526 AAGAGCTTGGAAGGCAGCTGTCCCAGGGACGTATTGCACAACTTGAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGTTGGCTTTACAGAAGAAATACAGTGAGGAGCTTAAAAGCAGTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114576 GAGTTGGCTTTACAGAAGAAATACAGTGAGGAGCTTAAAAGCAGTCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TG         AACTGAATGACTTCATCATCCAGCTTGATGAAGAAGTAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114626 TGGTA...CAGAACTGAATGACTTCATCATCCAGCTTGATGAAGAAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGGTATGCAGAGTACCATTCTAGTTCTGCAGCAGCAGCTGAAGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116080 AGGGTATGCAGAGTACCATTCTAGTTCTGCAGCAGCAGCTGAAGGAGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGCCAGCAGTTGGCTCAGTACCAGCAGCAGCAGTCTCAGGCCTCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116130 CGCCAGCAGTTGGCTCAGTACCAGCAGCAGCAGTCTCAGGCCTCTGCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGTACCAGCAGGACTACAGCTTCTGAACCTGTAGAACAGTCAGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116180 AAGTACCAGCAGGACTACAGCTTCTGAACCTGTAGAACAGTCAGAGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAAGTAAAGACTGCAGTCGTCTGACAAACGGACCAAGTAATGGTAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116230 CAAGTAAAGACTGCAGTCGTCTGACAAACGGACCAAGTAATGGTAGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCCGCCAGAGGACGTCTGGGTCTGGATTTCACAGGGAGGGCAACACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116280 TCCCGCCAGAGGACGTCTGGGTCTGGATTTCACAGGGAGGGCAACACAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAAGATGACTTTCCTTCTTCTCCAGGGAATGGTAATAAGTCCTCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116330 CGAAGATGACTTTCCTTCTTCTCCAGGGAATGGTAATAAGTCCTCCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTCAGAGGAGAGAACTGGCAGAGGAGGTAGTGGTTACGTAAATCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116380 GCTCAGAGGAGAGAACTGGCAGAGGAGGTAGTGGTTACGTAAATCAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGTGCGGGGTATGAAAGTGTAGACTCTCCCACGGGCAGTGAAAACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116430 AGTGCGGGGTATGAAAGTGTAGACTCTCCCACGGGCAGTGAAAACTCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CACACACCAATCAAATGACACAGACTCCAGTCATGACCCTCAAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116480 CACACACCAATCAAATGACACAGACTCCAGTCATGACCCTCAAGAGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAGCAGTGAGTGGGAAAGGTAATCGAACTGTGGGTTCCCGCCACGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116530 AAGCAGTGAGTGGGAAAGGTAATCGAACTGTGGGTTCCCGCCACGTTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AATGGCTTGGACTCAAGTGTAAATGTACAGGGTTCAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116580 AATGGCTTGGACTCAAGTGTAAATGTACAGGGTTCAGTTTTG