seq1 = pF1KE9623.tfa, 2268 bp
seq2 = pF1KE9623/gi568815575f_101001071.tfa (gi568815575f:101001071_101262964), 261894 bp

>pF1KE9623 2268
>gi568815575f:101001071_101262964 (ChrX)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-364  (101204-101341)   100% ->
365-483  (108403-108521)   100% ->
484-591  (108821-108928)   100% ->
592-640  (119332-119380)   100% ->
641-687  (119668-119714)   100% ->
688-777  (125639-125728)   100% ->
778-906  (126068-126196)   100% ->
907-1074  (126428-126595)   100% ->
1075-1195  (127646-127766)   100% ->
1196-1287  (128912-129003)   100% ->
1288-1405  (131120-131237)   100% ->
1406-1470  (131322-131386)   100% ->
1471-1565  (139596-139690)   100% ->
1566-1701  (143994-144129)   100% ->
1702-1826  (145083-145207)   100% ->
1827-1875  (146693-146741)   100% ->
1876-2094  (146873-147091)   100% ->
2095-2136  (160458-160499)   100% ->
2137-2268  (161763-161894)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACCTCAAAAGAGAGTTAAGAACGTCCAGGCACAAAACAGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACCTCAAAAGAGAGTTAAGAACGTCCAGGCACAAAACAGGACTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAAGGTAGTAGTAGTTTTCAGACCACGCTTTCAGCCTGGAAAGTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAAGGTAGTAGTAGTTTTCAGACCACGCTTTCAGCCTGGAAAGTAAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATCCAAGCAACTCGAAGAACATCTCAAAACATGGACAAAACAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGATCCAAGCAACTCGAAGAACATCTCAAAACATGGACAAAACAATCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGGAGATTATGAACATGCTGATGATCAAGCTGAAGAAGATGCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGGAGATTATGAACATGCTGATGATCAAGCTGAAGAAGATGCTTTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATGGCAGTGGGATATTTTGAGAAAG         GTCCCATTAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 AATGGCAGTGGGATATTTTGAGAAAGGTA...CAGGTCCCATTAAAGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACAGAATAAAGATAAAACCTTGGAAAAACACTTGAAAACTGTGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101219 CACAGAATAAAGATAAAACCTTGGAAAAACACTTGAAAACTGTGGAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGCTTGGAAGAATGGGTTAGCTTCAGAAGAAATTGATATTCTATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101269 GTGGCTTGGAAGAATGGGTTAGCTTCAGAAGAAATTGATATTCTATTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TATTGCACTCAGTGGCAAATTTG         GAAATGCTGTAAACACAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101319 TATTGCACTCAGTGGCAAATTTGGTA...CAGGAAATGCTGTAAACACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGATATTGAAGTGCATGATCCCAGCAACAGTAATATCAGAAGATTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108421 GGATATTGAAGTGCATGATCCCAGCAACAGTAATATCAGAAGATTCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTAAGGCAGTCTCCTGGCTTTGTGTTGGCAAGTGTTCTGGTAGCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108471 GTTAAGGCAGTCTCCTGGCTTTGTGTTGGCAAGTGTTCTGGTAGCACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 G         GTACTTTTTTATCGTTGGCTGGTTGCAATGTTTGACTTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108521 GGTA...TAGGTACTTTTTTATCGTTGGCTGGTTGCAATGTTTGACTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGATCGTAAGGAGCAAATTAACTTGCTCTATGGCTTCTTTTTTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108861 TTGATCGTAAGGAGCAAATTAACTTGCTCTATGGCTTCTTTTTTGCTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGCAAGATGATGCACTG         TGCCCTTATGTTTGCCATTTGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108911 TTGCAAGATGATGCACTGGTA...CAGTGCCCTTATGTTTGCCATTTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATATTTACTTACCAAAAAAGAGAATG         TCAAACCATTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119355 ATATTTACTTACCAAAAAAGAGAATGGTG...TAGTCAAACCATTTCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAGAAAACTGCTTGATCTTCAGGCCAAAATG         GGAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119683 TGAGAAAACTGCTTGATCTTCAGGCCAAAATGGTG...CAGGGAATGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTCATCTCCAGGCTTTGTTGTCACTGTATAAGTTCTTTGCTCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125648 CCTCATCTCCAGGCTTTGTTGTCACTGTATAAGTTCTTTGCTCCTGCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATTTCAGTATCTTTGCCTGTAAGGAAGAAG         ATATATTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125698 GATTTCAGTATCTTTGCCTGTAAGGAAGAAGGTA...TAGATATATTTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAATTCAGAGAATCTATGGAAGACGGCTCTGCTTGCCGTGAAGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126078 AGAATTCAGAGAATCTATGGAAGACGGCTCTGCTTGCCGTGAAGCAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACCGGGGACCTTCTCCAGAACCTCTGAAGTTGATGTTAGGTCCAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126128 AACCGGGGACCTTCTCCAGAACCTCTGAAGTTGATGTTAGGTCCAGCTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTTCGTCCTCTAAAAAGA         AAGTGGAATTCTCTCTCAGTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126178 TGTTCGTCCTCTAAAAAGAGTA...CAGAAGTGGAATTCTCTCTCAGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TACCAGTGCTCAATTCCAGTAGCTACACTAAAGAATGTGGAAAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126450 TACCAGTGCTCAATTCCAGTAGCTACACTAAAGAATGTGGAAAAAAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGAGTCTTTCTGATTGTCTGAATAGAAGTGGATCATTTCCACTAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126500 ATGAGTCTTTCTGATTGTCTGAATAGAAGTGGATCATTTCCACTAGAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACTTCAAAGCTTCCCCCAACTTTTACAGAACATCCATTGCTTAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 126550 ACTTCAAAGCTTCCCCCAACTTTTACAGAACATCCATTGCTTAGAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075      CTGCCTTCTCAGATGGGCTCAGTGCTAAACAACTCTCTGCTGCTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126600 ..CAGCTGCCTTCTCAGATGGGCTCAGTGCTAAACAACTCTCTGCTGCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CACTACATTAACTGTGTCAGAGATGAGCCAGTCTTGCTGAGGTTTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127691 CACTACATTAACTGTGTCAGAGATGAGCCAGTCTTGCTGAGGTTTTATTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTGGTTGAGTCAAACATTACAAGAAG         AATGTATTTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 127741 CTGGTTGAGTCAAACATTACAAGAAGGTA...TAGAATGTATTTGGTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGGTGAATAATTATGAACATGGAAAAGAATTTACCAACTTCCTGGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128927 AGGTGAATAATTATGAACATGGAAAAGAATTTACCAACTTCCTGGATACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCATCAGGGCAGAGTGCTTCTTACAA         GAGGGGTTTTATTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128977 ATCATCAGGGCAGAGTGCTTCTTACAAGTA...CAGGAGGGGTTTTATTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTGTGAAGCATTCCTGTATAAGAGCCTTCCTCTCTGGGATGGCCTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131134 CTGTGAAGCATTCCTGTATAAGAGCCTTCCTCTCTGGGATGGCCTTTGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GTCGGTCACAGTTCCTTCAGCTTGTGAGCTGGATTCCTTTTAGTAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131184 GTCGGTCACAGTTCCTTCAGCTTGTGAGCTGGATTCCTTTTAGTAGCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TCTG         AGGTGAAACCACTTCTTTTTGACCATCTAGCGCAGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131234 TCTGGTA...TAGAGGTGAAACCACTTCTTTTTGACCATCTAGCGCAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTTCTTTACATCAACCATTTATTTCAAG         TGTAGTGTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 131359 CTTCTTTACATCAACCATTTATTTCAAGGTA...CAGTGTAGTGTGCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGAGTCTGAAAGAGCTATTGCAGAATTGGCTGTTGTGGCTTTCTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139609 AGAGTCTGAAAGAGCTATTGCAGAATTGGCTGTTGTGGCTTTCTATGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATTCACATGAAACCTGTTACAAACAGTCCTCT         AGAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 139659 ATTCACATGAAACCTGTTACAAACAGTCCTCTGTG...CAGAGAGACAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TTTGGGTGGATCCATGAACTCTGTGTCTAAACTGATCCACTATGTAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144003 TTTGGGTGGATCCATGAACTCTGTGTCTAAACTGATCCACTATGTAGGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GGCTATCCACTACTGCAATGCGCTTGGAGAGCAACAATACTTTCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144053 GGCTATCCACTACTGCAATGCGCTTGGAGAGCAACAATACTTTCTTGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CACTTTATTTTGGATTTCTATGAGAAG         GTGTGTGACATATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 144103 CACTTTATTTTGGATTTCTATGAGAAGGTA...AAGGTGTGTGACATATA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TATAAATTATAACCTTCCATTAGTGGTATTGTTTCCTCCTGGGATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145097 TATAAATTATAACCTTCCATTAGTGGTATTGTTTCCTCCTGGGATCTTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 ATTCTGCACTCCTCAGCCTGGATACCAGCATCCTGAACCAGCTGTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145147 ATTCTGCACTCCTCAGCCTGGATACCAGCATCCTGAACCAGCTGTGTTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATTATGCACAG         ATATCGTAAAAATTTGACTGCCGCAAAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 145197 ATTATGCACAGGTA...TAGATATCGTAAAAATTTGACTGCCGCAAAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AAATGAGTTGGTACAAAAG         ACAAAATCAGAGTTCAATTTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 146723 AAATGAGTTGGTACAAAAGGTA...TAGACAAAATCAGAGTTCAATTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GCAGCAAGACTTATCAAGAATTTAATCACTATTTGACATCAATGGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146895 GCAGCAAGACTTATCAAGAATTTAATCACTATTTGACATCAATGGTTGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TGCCTGTGGACGTCCAAACCCTTTGGGAAAGGAATATATATTGACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146945 TGCCTGTGGACGTCCAAACCCTTTGGGAAAGGAATATATATTGACCCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 AATCCTAGAAAAAACTGGAGTGGCTGAATATAAAAACAGTTTAAATGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146995 AATCCTAGAAAAAACTGGAGTGGCTGAATATAAAAACAGTTTAAATGTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TCCATCATCCTTCTTTCTTGAGTTACGCTGTTTCCTTTTTGCTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 147045 TCCATCATCCTTCTTTCTTGAGTTACGCTGTTTCCTTTTTGCTACAGGTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2095       GAAAGCCCAGAAGAAAGGACAGTAAATGTGAGCTCTATTCGG  
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 147095 ...AAGGAAAGCCCAGAAGAAAGGACAGTAAATGTGAGCTCTATTCGGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2137        GGAAAGAAATGGAGCTGGTATTTGGACTATTTATTTTCACAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160502 A...CAGGGAAAGAAATGGAGCTGGTATTTGGACTATTTATTTTCACAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 GGTTACAAGGCTTGAAACTTTTTATAAGAAGTAGTGTTCATCATTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161806 GGTTACAAGGCTTGAAACTTTTTATAAGAAGTAGTGTTCATCATTCTTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .
   2230 ATTCCCAGAGCAGAGGGCATAAACTGCAACAATCAATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161856 ATTCCCAGAGCAGAGGGCATAAACTGCAACAATCAATAT