seq1 = pF1KE9622.tfa, 1683 bp
seq2 = pF1KE9622/gi568815595r_20061108.tfa (gi568815595r:20061108_20284027), 222920 bp

>pF1KE9622 1683
>gi568815595r:20061108_20284027 (Chr3)

(complement)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-339  (100224-100420)   100% ->
340-416  (105681-105757)   100% ->
417-475  (107369-107427)   100% ->
476-1282  (108973-109779)   100% ->
1283-1472  (112796-112985)   100% ->
1473-1564  (113213-113304)   100% ->
1565-1683  (122802-122920)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGGAAAGATGCCTGAAAAAGTCCTTTCAAGATAGTCTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAGGAAAGATGCCTGAAAAAGTCCTTTCAAGATAGTCTTGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATAAAGAAGCGAATGAAAGAGAAAAGGAATAAAAACTTGGCAGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATAAAGAAGCGAATGAAAGAGAAAAGGAATAAAAACTTGGCAGAGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAACGCAGGTCTTTTATAGCTGCACCATGCCAAATAATCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 GCAAACGCAGGTCTTTTATAGCTGCACCATGCCAAATAATCAGTA...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  CCAACACTTCTACACTGCTGAAAAATTACCAAGACAACAACAAAATGTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100223 GCCAACACTTCTACACTGCTGAAAAATTACCAAGACAACAACAAAATGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTTTAGCTTTGGAAAATGAAAAATCCAAAGTGAAAGAAGCCCAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 AGTTTTAGCTTTGGAAAATGAAAAATCCAAAGTGAAAGAAGCCCAAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATCCTACAGCTGAGAAAAGAATGTTACTATCTCACATGTCAGCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 TCATCCTACAGCTGAGAAAAGAATGTTACTATCTCACATGTCAGCTATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCATTGAAAGGAAAACTTACATCACAACAAACAGTAGAACCTGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100373 GCATTGAAAGGAAAACTTACATCACAACAAACAGTAGAACCTGCTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        AACCAGGAAATATGTTCCTCTGGAATGGACCCCAATAGTGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100423 A...CAGAACCAGGAAATATGTTCCTCTGGAATGGACCCCAATAGTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGCTCCAGAAATTTATTTGTGAAGGATTTACC         GCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105724 ACAGCTCCAGAAATTTATTTGTGAAGGATTTACCGTT...AAGGCAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTCTTGAAGAAACTGAACTTCCAGGACAAGGAGAATCATTTCAAATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107376 CCTCTTGAAGAAACTGAACTTCCAGGACAAGGAGAATCATTTCAAATAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         ATCAGATACCTACTATTCCTCAAGACACACTGGGAGTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107426 AGGTA...CAGATCAGATACCTACTATTCCTCAAGACACACTGGGAGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTTGATTCAGGTGAAGCTAAGTCTACTGATAATGTCTTACCTAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109012 ATTTTGATTCAGGTGAAGCTAAGTCTACTGATAATGTCTTACCTAGAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTATCTGTTCGTAGCAGTTTAAAGAAACATTGTAACAGTATATGTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109062 GTATCTGTTCGTAGCAGTTTAAAGAAACATTGTAACAGTATATGTCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATAGCTTGGATGATTTTGAAACCAGTCATTTGGCAGGGAAGTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109112 TGATAGCTTGGATGATTTTGAAACCAGTCATTTGGCAGGGAAGTCTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATTCGAAAGAGTTGGATTTTTAGACCCACTAGTAAACATGCACATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109162 AATTCGAAAGAGTTGGATTTTTAGACCCACTAGTAAACATGCACATACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAAAATGTACAACACAATGCTTGTCAATGGAGCAAGGACCAAGTTAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109212 GAAAATGTACAACACAATGCTTGTCAATGGAGCAAGGACCAAGTTAACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATCACCAAAGCTGATTCAGCCAGGAACGTTTACTAAAACAAAAGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109262 ATCACCAAAGCTGATTCAGCCAGGAACGTTTACTAAAACAAAAGAAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTTTAGAATCTAAATCTGAACAAACTAAAAGTAAGCAAAGAGATACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109312 TTTTAGAATCTAAATCTGAACAAACTAAAAGTAAGCAAAGAGATACACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAAAGAAAAAGAGAAGAGAAAAGAAAAGCTAACAGGAGAAAATCAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109362 GAAAGAAAAAGAGAAGAGAAAAGAAAAGCTAACAGGAGAAAATCAAAACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TATGTCAAAATATAAAGAGAATAAAAGCGAAAATAAAAAAACTGTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109412 TATGTCAAAATATAAAGAGAATAAAAGCGAAAATAAAAAAACTGTTCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AAAAAAAAATGCACAAATCTGTCAGTTCCAATGATGCTTACAATTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109462 AAAAAAAAATGCACAAATCTGTCAGTTCCAATGATGCTTACAATTTTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTGGAAGAGGGTGTTCATCTTACTCCTTTCCGACAAAAAGTGAGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109512 TTGGAAGAGGGTGTTCATCTTACTCCTTTCCGACAAAAAGTGAGCAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTCTAATAGAGAAGAAAACAACGAGTCTGAAGTGAGCCTCTGTGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109562 CTCTAATAGAGAAGAAAACAACGAGTCTGAAGTGAGCCTCTGTGAATCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGGTTCAGGAGATGATTCCGATGACCTCTATTTGCCCACTTGCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109612 GTGGTTCAGGAGATGATTCCGATGACCTCTATTTGCCCACTTGCAAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ATTCAGAATCCCACGAGCAATTCAGATAGACCAGTCACCAGGCCTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109662 ATTCAGAATCCCACGAGCAATTCAGATAGACCAGTCACCAGGCCTCTAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TAAAAGAGCACTGAAATACACAGATGAAAAAGAGACGGAGGGTTCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109712 TAAAAGAGCACTGAAATACACAGATGAAAAAGAGACGGAGGGTTCTAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CAACAAAAACTCCTACCA         CTACACCACCTGAAACTCAGCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109762 CAACAAAAACTCCTACCAGTA...TAGCTACACCACCTGAAACTCAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TCACCTCATCTTAGCCTGAAGGATATCACCAATGTCTCCTTGTATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112819 TCACCTCATCTTAGCCTGAAGGATATCACCAATGTCTCCTTGTATCCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TGTGAAAATCAGAAGACTTTCTCTTTCTCCAAAAAAGAATAAAGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112869 TGTGAAAATCAGAAGACTTTCTCTTTCTCCAAAAAAGAATAAAGCAAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CAGCAGTGGCTCTGCCTAAACGTAGGTGCACAGCCAGCGTGAACTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112919 CAGCAGTGGCTCTGCCTAAACGTAGGTGCACAGCCAGCGTGAACTATAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GAGCCCACCCTCGCTTC         GAAACTGAGAAGAGGGGACCCTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112969 GAGCCCACCCTCGCTTCGTA...CAGGAAACTGAGAAGAGGGGACCCTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TACAGATTTGTGTTTTTTGAATTCTCCTATTTTCAAGCAGAAAAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113237 TACAGATTTGTGTTTTTTGAATTCTCCTATTTTCAAGCAGAAAAAGGATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TGAGACGTTCTAAAAAAA         GAGCCCTGGAGGTATCACCTGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113287 TGAGACGTTCTAAAAAAAGTA...CAGGAGCCCTGGAGGTATCACCTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AAAGAAGCAATTTTTATTTTATATTATGTTCGAGAATTTGTTTCGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122825 AAAGAAGCAATTTTTATTTTATATTATGTTCGAGAATTTGTTTCGAGATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1638 CCCAGACTGTAGGAAATGTAAACTTGAAACCCACATCTGCTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122875 CCCAGACTGTAGGAAATGTAAACTTGAAACCCACATCTGCTTGAGG