seq1 = pF1KE9621.tfa, 1668 bp
seq2 = pF1KE9621/gi568815578f_1128454.tfa (gi568815578f:1128454_1354454), 226001 bp

>pF1KE9621 1668
>gi568815578f:1128454_1354454 (Chr20)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-274  (101427-101556)   100% ->
275-368  (103073-103166)   100% ->
369-475  (105632-105738)   100% ->
476-646  (109591-109761)   100% ->
647-742  (110859-110954)   100% ->
743-856  (111868-111981)   100% ->
857-1083  (114166-114392)   100% ->
1084-1183  (114644-114743)   100% ->
1184-1308  (115593-115717)   100% ->
1309-1404  (117757-117852)   100% ->
1405-1482  (120173-120250)   100% ->
1483-1668  (125816-126001)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCTACACACATGTGCTTATGAGTAAACGAGGGCCATTGGCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCTACACACATGTGCTTATGAGTAAACGAGGGCCATTGGCCAAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGGCTTGCAGCTCACTGGGAGAAGAAACTCACAAAGGCCCATGTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGGCTTGCAGCTCACTGGGAGAAGAAACTCACAAAGGCCCATGTATTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATGTAATCTAGAGATAACCATTGAAAAAATTCTTTCACCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 AATGTAATCTAGAGATAACCATTGAAAAAATTCTTTCACCCAAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    GTGAAAATAGCACTTCGAACTTCAGGACACCTTCTTTTGGGAGTTGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101424 AAGGTGAAAATAGCACTTCGAACTTCAGGACACCTTCTTTTGGGAGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGAATCTATAACAGGAAGGCAAAATATCTTTTGGCAGATTGCAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 TCGAATCTATAACAGGAAGGCAAAATATCTTTTGGCAGATTGCAGTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATTTCTTAAAATGAAGATGACATTTTGCCCAG         GACTGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101524 CATTTCTTAAAATGAAGATGACATTTTGCCCAGGTA...CAGGACTGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCTTCCAAAAGAGAATTTTGAAGCATCTTACAATGCTATCACATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103081 GACCTTCCAAAAGAGAATTTTGAAGCATCTTACAATGCTATCACATTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGAATTTCATGATTTTGACACCCAAAATATGAA         TGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103131 AGAAGAATTTCATGATTTTGACACCCAAAATATGAAGTA...TAGTGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGATGTTTCAGAACACTTTACTCAGAACCAAAGCAGACCAGAAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105637 TTGATGTTTCAGAACACTTTACTCAGAACCAAAGCAGACCAGAAGAAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTCTTAGAGAAAATTTTGACAATGATCTAATTTTCCAAGCTGAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105687 ACTCTTAGAGAAAATTTTGACAATGATCTAATTTTCCAAGCTGAGAGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TG         GGGAGGAATCTGAAATTCTCAGAAGACATAGCTTCTTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105737 TGGTG...TAGGGGAGGAATCTGAAATTCTCAGAAGACATAGCTTCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGACAACATATTACTGAATTCCAGTGGTCCTTTAATTGAACATAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109630 ATGACAACATATTACTGAATTCCAGTGGTCCTTTAATTGAACATAGTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAAGCCTCACTGGAGAACGATCTCTATTCTATGACAGTGGAGATGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109680 GGAAGCCTCACTGGAGAACGATCTCTATTCTATGACAGTGGAGATGGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGAGATGAAGGAGCTGCAGGAGAAATGATTG         ACAATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109730 TGGAGATGAAGGAGCTGCAGGAGAAATGATTGGTA...AAGACAATCTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCAAGATGATCAGAATATCCTGTTAGAAGACATGCATTTGAACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110868 TGCAAGATGATCAGAATATCCTGTTAGAAGACATGCATTTGAACAGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTTCCCTGCCTTCTGAGCCTCCCAATAGTTTAGCAG         TTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110918 ATTTCCCTGCCTTCTGAGCCTCCCAATAGTTTAGCAGGTA...TAGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACCAGATAACTCAGAGTGTATATGTGTACCTGAAAATGAAAAAATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111872 ACCAGATAACTCAGAGTGTATATGTGTACCTGAAAATGAAAAAATGAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAACAATATTATTATCAACTGAAGAGGAAGGATTTACCCTTGATCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111922 AAACAATATTATTATCAACTGAAGAGGAAGGATTTACCCTTGATCCAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATATTTCAG         ACATTGCTGAGAAAAGGAAAGGCAAAAAGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111972 GATATTTCAGGTC...TAGACATTGCTGAGAAAAGGAAAGGCAAAAAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAGATTGCTCATAGATCCTATCAAGGAGCTCAGTAGCAAAGTTATACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114197 GAGATTGCTCATAGATCCTATCAAGGAGCTCAGTAGCAAAGTTATACATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AACAGCTTACTTCCTTTGCGGACACACTCATGGTTTTGGAACTTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114247 AACAGCTTACTTCCTTTGCGGACACACTCATGGTTTTGGAACTTGCACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTACCCAAAGATTGATGATGTGGAAGAAGAGGGGAGGAGTGCATACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114297 CCTACCCAAAGATTGATGATGTGGAAGAAGAGGGGAGGAGTGCATACACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCTGTCAACTGCTGCCCAGGATTTGATTCATGCTGAACTGAAAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114347 TCTGTCAACTGCTGCCCAGGATTTGATTCATGCTGAACTGAAAATGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      TTGTTTACAAAATGCTTTCTGTCCTCTGGCTTTAAACTTGGAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114397 ..CAGTTGTTTACAAAATGCTTTCTGTCCTCTGGCTTTAAACTTGGAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAAATGATACAGAAGGAGTCAGTAAGGGAAGAAGTGGGAAACCAAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114689 AAAATGATACAGAAGGAGTCAGTAAGGGAAGAAGTGGGAAACCAAAATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGTAG         AGACATCCATGATGCAAGAGCCAAATTACCAGCAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114739 AGTAGGTG...CAGAGACATCCATGATGCAAGAGCCAAATTACCAGCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGTTAAGTAAACCCCAAACTTGGAAGGATGTGATTGGTGGATCTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115629 AGTTAAGTAAACCCCAAACTTGGAAGGATGTGATTGGTGGATCTCAGCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGCTCTCATGAGGATACCAATAAAAATATTAACTCTGAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115679 AGCTCTCATGAGGATACCAATAAAAATATTAACTCTGAGGTA...CAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGATATTGTTGAAATGGTGTCTTTAGCTGCTGAGGAATCATCTTTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117759 GGATATTGTTGAAATGGTGTCTTTAGCTGCTGAGGAATCATCTTTAATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGACTTATTTGCACAAGAAATTGAATATAGTCCAGTTGAATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117809 ATGACTTATTTGCACAAGAAATTGAATATAGTCCAGTTGAATTGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1405    GAGTCATTGAGCAATGAAGAAAATATTGAGACAGAGAGATGGAATGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120170 CAGGAGTCATTGAGCAATGAAGAAAATATTGAGACAGAGAGATGGAATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AAGAATACTTCAGATGTTAAATCGTTTACGG         GAATCTAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120220 AAGAATACTTCAGATGTTAAATCGTTTACGGGTG...CAGGAATCTAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGATGGGAATGCAGTCCTTTAGTCTGATGAAGCTCTGTAGAAATAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125826 AGATGGGAATGCAGTCCTTTAGTCTGATGAAGCTCTGTAGAAATAGTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CGAAAACAAGCAGCTGCCAAATTTTATAGCTTTCTTGTCCTAAAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125876 CGAAAACAAGCAGCTGCCAAATTTTATAGCTTTCTTGTCCTAAAGAAACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTGGCTATTGAGCTGAGCCAGAGTGCTCCCTATGCAGATATTATAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125926 GCTGGCTATTGAGCTGAGCCAGAGTGCTCCCTATGCAGATATTATAGCTA

   1750     .    :    .    :    .
   1643 CGATGGGACCAATGTTTTATAACATA
        ||||||||||||||||||||||||||
 125976 CGATGGGACCAATGTTTTATAACATA