seq1 = pF1KE9619.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KE9619/gi568815594r_184595291.tfa (gi568815594r:184595291_184834062), 238772 bp

>pF1KE9619 1254
>gi568815594r:184595291_184834062 (Chr4)

(complement)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-96  (103095-103143)   100% ->
97-214  (105028-105145)   100% ->
215-320  (109001-109106)   100% ->
321-381  (116867-116927)   100% ->
382-618  (117430-117666)   100% ->
619-688  (121050-121119)   100% ->
689-797  (123883-123991)   100% ->
798-876  (131622-131700)   100% ->
877-924  (131927-131974)   100% ->
925-986  (133182-133243)   100% ->
987-1143  (136260-136416)   100% ->
1144-1254  (138662-138772)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCGCGGGGGCGGCGGCGGCCGCGGCCTCACAGGTCTGAGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGCCCCGCGGGGGCGGCGGCGGCCGCGGCCTCACAGGTCTGAGGGGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       CGCAAGACGTTCAAAGAACACTTTAGAAAGAACACATTCCATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...TAGCGCAAGACGTTCAAAGAACACTTTAGAAAGAACACATTCCATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAT         AAAGCTGGTCAAAAGTGCAAGCCTATTGACGTGTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103139 AAGATGTA...TAGAAAGCTGGTCAAAAGTGCAAGCCTATTGACGTGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GACTTTCCTGATAATTCTGATGTCTCAAGCATTGGCAGGCTGGGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105064 GACTTTCCTGATAATTCTGATGTCTCAAGCATTGGCAGGCTGGGTGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGAAAGATGAAGAAACTTATGAGACCTTTG         ATCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105114 TGAGAAAGATGAAGAAACTTATGAGACCTTTGGTT...AAGATCCTCCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TACATAGCACAGCTATATATGCTGATGAAGAAGAATTCTCCAAACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109010 TACATAGCACAGCTATATATGCTGATGAAGAAGAATTCTCCAAACATTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGACTGTCTCTCTCTTCAACTCCTCCAGGAAAAGAAGCAAAAAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109060 GGACTGTCTCTCTCTTCAACTCCTCCAGGAAAAGAAGCAAAAAGAAGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    321       TTCAGACACTTCTGGAAATGAAGCAAGTGAAATCGAATCTGTAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109110 ...CAGTTCAGACACTTCTGGAAATGAAGCAAGTGAAATCGAATCTGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAATTAGTGCAAAAAAG         CCAGGAAGAAAGCTCAGGCCCATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116911 AAATTAGTGCAAAAAAGGTA...CAGCCAGGAAGAAAGCTCAGGCCCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AGTGATGACTCTGAAAGCATTGAAGAAAGTGATACAAGGAGAAAAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117454 AGTGATGACTCTGAAAGCATTGAAGAAAGTGATACAAGGAGAAAAGTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATCAGCAGAGAAAATAAGTACACAACGTCATGAGGTTATTCGAACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117504 ATCAGCAGAGAAAATAAGTACACAACGTCATGAGGTTATTCGAACCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGTCTTCAGAACTTTCAGAGAAACCAGCTGAGTCTGTCACTTCTAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117554 CGTCTTCAGAACTTTCAGAGAAACCAGCTGAGTCTGTCACTTCTAAAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGGACCCCTTAGTGCCCAGCCCTCTGTTGAAAAAGAGAACTTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117604 ACAGGACCCCTTAGTGCCCAGCCCTCTGTTGAAAAAGAGAACTTGGCAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAAAGTCAATCG         AAAACTCAGAAAAAAGGGAAGATATCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117654 AGAAAGTCAATCGGTA...TAGAAAACTCAGAAAAAAGGGAAGATATCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGACAAAAGGAAGAAATCAAGAAGTAAAGCCATAGGCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121078 ATGACAAAAGGAAGAAATCAAGAAGTAAAGCCATAGGCTCAGGTA...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689  ATACTTCTGACATTGTGCACATTTGGTGTCCAGAAGGAATGAAAACCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123882 GATACTTCTGACATTGTGCACATTTGGTGTCCAGAAGGAATGAAAACCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGACATCAAGGAGTTGAATATTGTTTTGCCTGAATTTGAGAAAACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123932 TGACATCAAGGAGTTGAATATTGTTTTGCCTGAATTTGAGAAAACCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAGAGCATCA         ACAAAGAATAGAATCTAAAGTTTGTAAGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123982 TAGAGCATCAGTA...CAGACAAAGAATAGAATCTAAAGTTTGTAAGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCCATCGCCACATTTTATGTTAATGTTAAAGAACAATTCATCAAAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 131653 GCCATCGCCACATTTTATGTTAATGTTAAAGAACAATTCATCAAAATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877        CTTAAAGAAAGCCAGATGTTGACAAATCTGAAAAGGAAGAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131703 A...TAGCTTAAAGAAAGCCAGATGTTGACAAATCTGAAAAGGAAGAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTAAG         ATGATTTCAGATATCGAAAAGAAAAGGCAGCGTATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131970 CTAAGGTA...TAGATGATTTCAGATATCGAAAAGAAAAGGCAGCGTATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATTGAAGTCCAGGATGAACTGCTTCG         GTTAGAGCCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133218 ATTGAAGTCCAGGATGAACTGCTTCGGTA...TAGGTTAGAGCCACAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GAAACAACTACAAACAAAATATGATGAACTTAAAGAGAGAAAGTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136275 GAAACAACTACAAACAAAATATGATGAACTTAAAGAGAGAAAGTCTTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TTAGGAATGCAGCATATTTCTTATCTAATTTAAAACAGCTTTATCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136325 TTAGGAATGCAGCATATTTCTTATCTAATTTAAAACAGCTTTATCAAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TATTCAGATGTTCAAGCTCAAGAACCAAACGTAAAGGAAACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 136375 TATTCAGATGTTCAAGCTCAAGAACCAAACGTAAAGGAAACGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144  TATGATTCATCCAGCCTTCCAGCTCTGTTATTTAAAGCAAGAACACTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138661 GTATGATTCATCCAGCCTTCCAGCTCTGTTATTTAAAGCAAGAACACTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGGGAGCCGAAAGCCATCTGCGAAATATCAACCATCAGTTAGAGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138711 TGGGAGCCGAAAGCCATCTGCGAAATATCAACCATCAGTTAGAGAAGCTC

   1350     .    :
   1243 CTTGACCAGGGA
        ||||||||||||
 138761 CTTGACCAGGGA