seq1 = pF1KE9618.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE9618/gi568815587r_118832.tfa (gi568815587r:118832_336328), 217497 bp

>pF1KE9618 1197
>gi568815587r:118832_336328 (Chr11)

(complement)

1-281  (100001-100281)   100% ->
282-473  (102795-102986)   100% ->
474-706  (103114-103346)   100% ->
707-807  (105777-105877)   100% ->
808-969  (112090-112251)   100% ->
970-1179  (117288-117497)   100% ->
1180-1197  (119611-119628)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTCTGGGGTTGGCGCGCCGCGGCAGCCCTCCGGCTGTGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTTCTGGGGTTGGCGCGCCGCGGCAGCCCTCCGGCTGTGGGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTAGTTGAACGGGTCGAGGCCGGGGGAGGCGTGGGGCCGTTTCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTAGTTGAACGGGTCGAGGCCGGGGGAGGCGTGGGGCCGTTTCAGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCTGTCGGCTGGTGCTTGGCGGCAGGGACGATGTGAGTGCGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGCTGTCGGCTGGTGCTTGGCGGCAGGGACGATGTGAGTGCGGGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGGCAGCCATGGGGCCCGCGGTGAGCCCTTGGACCCGGCGCGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGGCAGCCATGGGGCCCGCGGTGAGCCCTTGGACCCGGCGCGCCCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGAGGCCTCCCAGACCCGAGGTGCCCAGGGCATTCCGGAGGCAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGAGGCCTCCCAGACCCGAGGTGCCCAGGGCATTCCGGAGGCAGCCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCAGCAGCTCCCAGTTTCTTCTTTTCGAG         TATTAAAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100251 GGGCAGCAGCTCCCAGTTTCTTCTTTTCGAGGTA...CAGTATTAAAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAAGAAGGTCCATATCTTTTTCTGTGGGTGCTTCAAGTGTTGTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102805 GGAAGAAGGTCCATATCTTTTTCTGTGGGTGCTTCAAGTGTTGTTGGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAGGCAGCAGTGACAAGGGGAAGCTTTCCCTGCAGGATGTAGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102855 TGGAGGCAGCAGTGACAAGGGGAAGCTTTCCCTGCAGGATGTAGCTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGATTCGGGCCAGAGCCTGCCAGAGGGTGGTGGTCATGGTGGGGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102905 TGATTCGGGCCAGAGCCTGCCAGAGGGTGGTGGTCATGGTGGGGGCCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCAGCACACCCAGTGGCATTCCAGACTTCAG         ATCGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102955 ATCAGCACACCCAGTGGCATTCCAGACTTCAGGTA...CAGATCGCCGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAGTGGCCTGTACAGCAACCTCCAGCAGTACGATCTCCCGTACCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103123 GAGTGGCCTGTACAGCAACCTCCAGCAGTACGATCTCCCGTACCCCGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCATTTTTGAACTCCCATTCTTCTTTCACAACCCCAAGCCCTTTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103173 CCATTTTTGAACTCCCATTCTTCTTTCACAACCCCAAGCCCTTTTTCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGGCCAAGGAGCTGTACCCTGGAAACTACAAGCCCAACGTCACTCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103223 TTGGCCAAGGAGCTGTACCCTGGAAACTACAAGCCCAACGTCACTCACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTTCTCCGGCTGCTTCATGACAAGGGGCTGCTTCTGCGGCTCTACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103273 CTTTCTCCGGCTGCTTCATGACAAGGGGCTGCTTCTGCGGCTCTACACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGAACATCGATGGGCTTGAGAGAG         TGTCGGGCATCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103323 AGAACATCGATGGGCTTGAGAGAGGTG...CAGTGTCGGGCATCCCTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCAAAGCTGGTTGAAGCTCATGGAACCTTTGCCTCTGCCACCTGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105794 TCAAAGCTGGTTGAAGCTCATGGAACCTTTGCCTCTGCCACCTGCACAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTGCCAAAGACCCTTCCCAGGGGAGGACATTCGG         GCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105844 CTGCCAAAGACCCTTCCCAGGGGAGGACATTCGGGTG...CAGGCTGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGATGGCAGACAGGGTTCCCCGCTGCCCGGTCTGCACCGGCGTTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112097 TGATGGCAGACAGGGTTCCCCGCTGCCCGGTCTGCACCGGCGTTGTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCCGACATTGTGTTCTTTGGGGAGCCGCTGCCCCAGAGGTTCTTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112147 CCCGACATTGTGTTCTTTGGGGAGCCGCTGCCCCAGAGGTTCTTGCTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGTGGTTGATTTCCCCATGGCAGATCTGCTGCTCATCCTTGGGACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112197 TGTGGTTGATTTCCCCATGGCAGATCTGCTGCTCATCCTTGGGACCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGAG         GTGGAGCCTTTTGCCAGCTTGACCGAGGCCGTGCGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112247 TGGAGGTT...CAGGTGGAGCCTTTTGCCAGCTTGACCGAGGCCGTGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCTCAGTTCCCCGACTGCTCATCAACCGGGACTTGGTGGGGCCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117324 AGCTCAGTTCCCCGACTGCTCATCAACCGGGACTTGGTGGGGCCCTTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTGGCATCCTCGCAGCAGGGACGTGGCCCAGCTGGGGGACGTGGTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117374 TTGGCATCCTCGCAGCAGGGACGTGGCCCAGCTGGGGGACGTGGTTCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCGTGGAAAGCCTAGTGGAGCTTCTGGGCTGGACAGAAGAGATGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117424 GCGTGGAAAGCCTAGTGGAGCTTCTGGGCTGGACAGAAGAGATGCGGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTTGTGCAGCGGGAAACTGGGAAG         CTTGATGGACCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 117474 CTTGTGCAGCGGGAAACTGGGAAGGTA...CAGCTTGATGGACCAGACAA

   1250 
   1197 A
        |
 119628 A