seq1 = pF1KE9617.tfa, 1032 bp
seq2 = pF1KE9617/gi568815597r_173700451.tfa (gi568815597r:173700451_173911299), 210849 bp

>pF1KE9617 1032
>gi568815597r:173700451_173911299 (Chr1)

(complement)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-420  (103782-104033)   100% ->
421-963  (107795-108337)   100% ->
964-1032  (110781-110849)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCTTACAGTGCACCAGAGTCAACTCCTAGTGCATCCTCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCTTACAGTGCACCAGAGTCAACTCCTAGTGCATCCTCAAGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGATTACTTTATAGGTGCCACTCCTCTGCAGAAACGATTAGAATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGATTACTTTATAGGTGCCACTCCTCTGCAGAAACGATTAGAATCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGGAAGCAGAGTTCATTTATCCTGACTCCACCTCGAAGGAAAATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAGGAAGCAGAGTTCATTTATCCTGACTCCACCTCGAAGGAAAATTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTGTTCGCAGTTGCAG         GAAGATGTTGACCCTCAAAAGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTGTTCGCAGTTGCAGGTA...TAGGAAGATGTTGACCCTCAAAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCATTCCTTCTGCATAAACAGTGGACTTTATATAGTTTAACTCCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103805 TGCATTCCTTCTGCATAAACAGTGGACTTTATATAGTTTAACTCCCTTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAAATTCTCCTATAGTAATCTCAAAGAGTATTCTAGACTTCTCAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103855 ATAAATTCTCCTATAGTAATCTCAAAGAGTATTCTAGACTTCTCAATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTATTGTTGCTGAAAAGCAAAAAGGACTTGCTGTGGAAGTGGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103905 TTTATTGTTGCTGAAAAGCAAAAAGGACTTGCTGTGGAAGTGGGAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCAACATCAAAGTGATTTTTTCTACTCTCCTAGGAATGAAAGGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103955 CTTCAACATCAAAGTGATTTTTTCTACTCTCCTAGGAATGAAAGGAACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAGGGACCCGGAAGCATTTCTTGTCCAG         ATTGTGTCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104005 AAAGGGACCCGGAAGCATTTCTTGTCCAGGTA...TAGATTGTGTCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTCAATTGCCATCTGAGAATAGAGAAGGTAAAGTGCTGTGGACTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107807 TCTCAATTGCCATCTGAGAATAGAGAAGGTAAAGTGCTGTGGACTGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTTCTGCTGTGTATTTGGAGACAGTCTTCTGGAGACTGTTTCAGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107857 GTTCTGCTGTGTATTTGGAGACAGTCTTCTGGAGACTGTTTCAGAAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCACCTGTCTGCCCTTATTCCTTGCAAATGGAGCAGAGTCTAACACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107907 TCACCTGTCTGCCCTTATTCCTTGCAAATGGAGCAGAGTCTAACACAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATAATTGGAACTTGGTTTCAGAAAACCTTTGACTGTTATTTCAGTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107957 ATAATTGGAACTTGGTTTCAGAAAACCTTTGACTGTTATTTCAGTCCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGCAATCAATGCATTTAATCTTTCCTGGATGGCTGCCATGTGGACTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108007 AGCAATCAATGCATTTAATCTTTCCTGGATGGCTGCCATGTGGACTGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCAAAATGGACCATTATGTGGCTACTACTGAATTTCTTTGGTCTGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108057 GCAAAATGGACCATTATGTGGCTACTACTGAATTTCTTTGGTCTGTACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGTAGCCCTCAAAGTCTGGACATTTCTTTCGCAATACATCCAGAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108107 TGTAGCCCTCAAAGTCTGGACATTTCTTTCGCAATACATCCAGAGGATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAAAGCTCTATGGGACAGTGTCCACAAAACACCTGGGGAGGTTACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108157 AAAAGCTCTATGGGACAGTGTCCACAAAACACCTGGGGAGGTTACCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAGAAGTTGACCTATTCATGGATTGCCTTTATTCACATTTCCATAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108207 AAGAAGTTGACCTATTCATGGATTGCCTTTATTCACATTTCCATAGACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTCAAAATTCATTTATCAGCCACAAGATTAGTTCGTGTTTCAACATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108257 TTCAAAATTCATTTATCAGCCACAAGATTAGTTCGTGTTTCAACATCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGCTTCAGCACATACTGATGGAAAAATAAAG         ATTCTGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108307 AGCTTCAGCACATACTGATGGAAAAATAAAGGTT...CAGATTCTGTGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATAAATACCTTATTGGAGTGTTAGCATATTTGACAGAACTGGCAATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110791 ATAAATACCTTATTGGAGTGTTAGCATATTTGACAGAACTGGCAATTTTT

   1050     .
   1024 CAAATTGAG
        |||||||||
 110841 CAAATTGAG