seq1 = pF1KE9616.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KE9616/gi568815578r_36652791.tfa (gi568815578r:36652791_36871194), 218404 bp

>pF1KE9616 1068
>gi568815578r:36652791_36871194 (Chr20)

(complement)

1-34  (99737-99770)   100% ->
35-355  (100002-100322)   100% ->
356-429  (103153-103226)   100% ->
430-502  (104354-104426)   100% ->
503-590  (108647-108734)   100% ->
591-650  (112578-112637)   100% ->
651-725  (113034-113108)   100% ->
726-873  (115366-115513)   100% ->
874-961  (116345-116432)   100% ->
962-1068  (118298-118404)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTCAGTGACTAGATCAGAGATCATAGATG         AAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99737 ATGACTTCAGTGACTAGATCAGAGATCATAGATGGTA...TAGAAAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCAGTGATGTCTAAGACTCATGATCATCAATTGGAATCAAGTCTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 ACCAGTGATGTCTAAGACTCATGATCATCAATTGGAATCAAGTCTCAGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGGAAGTGTTTGCTAAAACATCTGCCTCCCTGGAGATGAATCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CTGTGGAAGTGTTTGCTAAAACATCTGCCTCCCTGGAGATGAATCAAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTTCAGAGGAAAGAATTCACCTTGGCTCTAGCCCTAAAAAAGGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 GTTTCAGAGGAAAGAATTCACCTTGGCTCTAGCCCTAAAAAAGGGGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGTGATCTCAGCCACCAGGAAAGACTTCAGTCGAAGTCCCTTCATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100159 TTGTGATCTCAGCCACCAGGAAAGACTTCAGTCGAAGTCCCTTCATTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCTCAAGAACAATCTGCCAGTTATCAAGACAGGAGGCAATCCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100209 CTCCTCAAGAACAATCTGCCAGTTATCAAGACAGGAGGCAATCCTGGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGAGCAAGTATGAAAGAAACGAACCGGCGGAAGTCGCTGCATCCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100259 CGAGCAAGTATGAAAGAAACGAACCGGCGGAAGTCGCTGCATCCCATTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGGGCATCACAG         AGCTCAGCCGGTCTATCAGTGTCGATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100309 CCAGGGCATCACAGGTG...TAGAGCTCAGCCGGTCTATCAGTGTCGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGCAGAAAGCAAACGGCTTGGCTGTCTCCTGCTTTCCAGTTTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103180 TAGCAGAAAGCAAACGGCTTGGCTGTCTCCTGCTTTCCAGTTTCCAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       TTCTCTATTCAGAAACTTGAACCTTTCCTAAGGGACACTAAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103230 ...TAGTTCTCTATTCAGAAACTTGAACCTTTCCTAAGGGACACTAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCAGTCTTGAAAGTTTTAGAGCCAAAG         CATCTTCTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104398 CTTCAGTCTTGAAAGTTTTAGAGCCAAAGGTA...TAGCATCTTCTCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGAAGAATTGAAACATTTTGCAGACGGACTGGAAACTGATGGAACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108659 CTGAAGAATTGAAACATTTTGCAGACGGACTGGAAACTGATGGAACTCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAAAATGTTTTGAAGATTCAAATGG         AAAAGCATCAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108709 CAAAAATGTTTTGAAGATTCAAATGGGTA...CAGAAAAGCATCAGATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCTTTGGAAGCATCTGTGGCTGAGATGAAGGAATACATAACAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112593 TTCTTTGGAAGCATCTGTGGCTGAGATGAAGGAATACATAACAAAGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651     GTTTTCTTTAGAACGTCAGACTTGGGATCAGCTCTTGCTTCACTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112643 .CAGGTTTTCTTTAGAACGTCAGACTTGGGATCAGCTCTTGCTTCACTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGCAGGAGGCTAAAGAGATATTGTCCAG         AGGATCAACTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113080 CAGCAGGAGGCTAAAGAGATATTGTCCAGGTT...TAGAGGATCAACTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCCAAAATTACTGAGGTCAAAGTGGAACCTATGACATATCTTGGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115378 GGCCAAAATTACTGAGGTCAAAGTGGAACCTATGACATATCTTGGGTCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTCAGAATGAAGTTCTTAATACAAAACCTGACTACCAGAAAATATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115428 CTCAGAATGAAGTTCTTAATACAAAACCTGACTACCAGAAAATATTACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACCAGAGCAAAGTCTTTGACTGTATGGAGTTGGTG         ATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115478 AACCAGAGCAAAGTCTTTGACTGTATGGAGTTGGTGGTA...CAGATGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAACTGCAAGGATCAGTGAAACAGCTGCAGGCCTTTATGGATGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116350 TGAACTGCAAGGATCAGTGAAACAGCTGCAGGCCTTTATGGATGAAAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCAGTGCTTCCAGAAGGTGTCAGTACAGCTCG         GAAAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116400 CCCAGTGCTTCCAGAAGGTGTCAGTACAGCTCGGTA...CAGGAAAGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCATGCAACAATTAGATCCCTCACCAGCTCGAAAACTGTTGAAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118306 AGCATGCAACAATTAGATCCCTCACCAGCTCGAAAACTGTTGAAGCTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1020 GCTACAGAACCCACCTGCCATACATGGATCTGGATCTGGATCTTGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118356 GCTACAGAACCCACCTGCCATACATGGATCTGGATCTGGATCTTGTCAG