seq1 = pF1KE9615.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE9615/gi568815596r_85294896.tfa (gi568815596r:85294896_85501959), 207064 bp

>pF1KE9615 1044
>gi568815596r:85294896_85501959 (Chr2)

(complement)

1-23  (99815-99837)   100% ->
24-196  (100003-100175)   100% ->
197-351  (100277-100431)   100% ->
352-516  (100631-100795)   100% ->
517-666  (102675-102824)   100% ->
667-759  (103178-103270)   100% ->
760-892  (103808-103940)   100% ->
893-981  (106334-106422)   100% ->
982-1044  (107002-107064)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACACAGCCATTCCCCAGAG         TGGCTCTCCATTCCCAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  99815 ATGTACACAGCCATTCCCCAGAGGTA...CAGTGGCTCTCCATTCCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTCAGTGCAGGATCCAGGCCTGCATGTGTGGCGGGTGGAGAAGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 CTCAGTGCAGGATCCAGGCCTGCATGTGTGGCGGGTGGAGAAGCTGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGTGCCTGTGGCGCAAGAGAACCAGGGCGTCTTCTTCTCGGGGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 CGGTGCCTGTGGCGCAAGAGAACCAGGGCGTCTTCTTCTCGGGGGACTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTAGTGCTGCACAATGGCCCAGAAGAGGTTTCCCATCTGCACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 TACCTAGTGCTGCACAATGGCCCAGAAGAGGTTTCCCATCTGCACCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATAG         GCCAGCAGTCATCCCGGGATGAGCAGGGGGCCTGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 GATAGGTA...CAGGCCAGCAGTCATCCCGGGATGAGCAGGGGGCCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCGTGCTGGCTGTGCACCTCAACACGCTGCTGGGAGAGCGGCCTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100313 CCGTGCTGGCTGTGCACCTCAACACGCTGCTGGGAGAGCGGCCTGTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCGCGAGGTGCAGGGCAATGAGTCTGACCTCTTCATGAGCTACTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100363 CACCGCGAGGTGCAGGGCAATGAGTCTGACCTCTTCATGAGCTACTTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGGGGCCTCAAGTACCAG         GAAGGTGGTGTGGAGTCAGCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100413 ACGGGGCCTCAAGTACCAGGTC...CAGGAAGGTGGTGTGGAGTCAGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCACAAGACCTCCACAGGAGCCCCAGCTGCCATCAAGAAACTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100653 TTCACAAGACCTCCACAGGAGCCCCAGCTGCCATCAAGAAACTCTACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGAAGGGGAAGAAGAACATCCGTGCCACCGAGCGGGCACTGAACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 GTGAAGGGGAAGAAGAACATCCGTGCCACCGAGCGGGCACTGAACTGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGCTTCAACACTGGGGACTGCTTCATCCTGGACCTGGGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100753 CAGCTTCAACACTGGGGACTGCTTCATCCTGGACCTGGGCCAGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   AACATCTTCGCCTGGTGTGGTGGAAAGTCCAACATCCTGGAACGCAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102673 AGAACATCTTCGCCTGGTGTGGTGGAAAGTCCAACATCCTGGAACGCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGCGAGGGACCTGGCCCTGGCCATCCGGGACAGTGAGCGACAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102723 AAGGCGAGGGACCTGGCCCTGGCCATCCGGGACAGTGAGCGACAGGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCCAGGTGGAGATTGTCACTGATGGGGAGGAGCCTGCTGAGATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102773 GGCCCAGGTGGAGATTGTCACTGATGGGGAGGAGCCTGCTGAGATGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AG         GTCCTGGGCCCCAAGCCTGCTCTGAAGGAGGGCAACCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102823 AGGTT...CAGGTCCTGGGCCCCAAGCCTGCTCTGAAGGAGGGCAACCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGAAGACCTCACAGCTGACAAGGCAAATGCCCAGGCCGCAGCTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103217 GAGGAAGACCTCACAGCTGACAAGGCAAATGCCCAGGCCGCAGCTCTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAAG         GTCTCTGATGCCACTGGACAGATGAACCTGACCAAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103267 TAAGGTG...CAGGTCTCTGATGCCACTGGACAGATGAACCTGACCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGCTGACTCCAGCCCATTTGCCCTTGAACTGCTGATATCTGATGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103845 TGGCTGACTCCAGCCCATTTGCCCTTGAACTGCTGATATCTGATGACTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGTGCTGGACAACGGGCTCTGTGGCAAGATCTATATCTGGAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103895 TTTGTGCTGGACAACGGGCTCTGTGGCAAGATCTATATCTGGAAGGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893      GGCGAAAAGCGAATGAGAAGGAGCGGCAGGCAGCCCTGCAGGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103945 ..TAGGGCGAAAAGCGAATGAGAAGGAGCGGCAGGCAGCCCTGCAGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGAGGGCTTCATCTCGCGCATGCAGTACGCCCCGAACACTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106379 CCGAGGGCTTCATCTCGCGCATGCAGTACGCCCCGAACACTCAGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982    GTGGAGATTCTGCCTCAGGGCCATGAGAGTCCCATCTTCAAGCAATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106999 CAGGTGGAGATTCTGCCTCAGGGCCATGAGAGTCCCATCTTCAAGCAATT

   1100     .    :    .
   1029 TTTCAAGGACTGGAAA
        ||||||||||||||||
 107049 TTTCAAGGACTGGAAA