seq1 = pF1KE9613.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE9613/gi568815586f_120203562.tfa (gi568815586f:120203562_120413033), 209472 bp

>pF1KE9613 942
>gi568815586f:120203562_120413033 (Chr12)

1-497  (100001-100497)   100% ->
498-792  (108895-109189)   100% ->
793-942  (109323-109472)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATGAGCTTTGCGTTGACTTTCAGGTCAGCAAAAGGCCGTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGATGAGCTTTGCGTTGACTTTCAGGTCAGCAAAAGGCCGTTGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCAAACCCCAGCCAGCCGTGCTCGAAAGCCTCCATTGGGTTATTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCAAACCCCAGCCAGCCGTGCTCGAAAGCCTCCATTGGGTTATTTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCAAGTCCTCCTCTGGACCCTGAGAAGGTCAAAGAGTTACAGCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCAAGTCCTCCTCTGGACCCTGAGAAGGTCAAAGAGTTACAGCGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCACCCTTTCCAAGAGACTCCTTGTGATGACTGGGGCAGGAATCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCACCCTTTCCAAGAGACTCCTTGTGATGACTGGGGCAGGAATCTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAATCGGGGATACCAGACTACAGGTCAGAAAAAGTGGGGCTTTATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAATCGGGGATACCAGACTACAGGTCAGAAAAAGTGGGGCTTTATGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCACTGACCGCAGGCCCATCCAGCATGGTGATTTTGTCCGGAGTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCACTGACCGCAGGCCCATCCAGCATGGTGATTTTGTCCGGAGTGCCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCGCCAGCGGTACTGGGCGAGAAACTTCGTAGGCTGGCCTCAATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCGCCAGCGGTACTGGGCGAGAAACTTCGTAGGCTGGCCTCAATTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCCCACCAGCCTAACCCTGCACACTGGGCTTTGAGCACCTGGGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCCCACCAGCCTAACCCTGCACACTGGGCTTTGAGCACCTGGGAGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGGAAAGCTGTACTGGTTGGTGACCCAAAATGTGGATGCTTTGCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGGAAAGCTGTACTGGTTGGTGACCCAAAATGTGGATGCTTTGCACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGGCGGGGAGTCGGCGCCTGACAGAGCTCCACGGATGCATGGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100451 AAGGCGGGGAGTCGGCGCCTGACAGAGCTCCACGGATGCATGGACAGGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498       GGTCCTGTGCTTGGATTGTGGGGAACAGACTCCCCGGGGGGTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ...CAGGGTCCTGTGCTTGGATTGTGGGGAACAGACTCCCCGGGGGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCAAGAGCGTTTCCAAGTCCTGAACCCCACCTGGAGTGCTGAGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108939 TGCAAGAGCGTTTCCAAGTCCTGAACCCCACCTGGAGTGCTGAGGCCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCCTGGCTCCTGATGGTGACGTCTTTCTCTCAGAGGAGCAAGTCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108989 GGCCTGGCTCCTGATGGTGACGTCTTTCTCTCAGAGGAGCAAGTCCGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTTCAGGTCCCAACCTGCGTTCAATGTGGAGGCCATCTGAAACCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109039 CTTTCAGGTCCCAACCTGCGTTCAATGTGGAGGCCATCTGAAACCAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCGTTTTCTTCGGGGACACAGTGAACCCTGACAAGGTTGATTTTGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109089 TCGTTTTCTTCGGGGACACAGTGAACCCTGACAAGGTTGATTTTGTGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGCGTGTAAAAGAAGCCGACTCCCTCTTGGTGGTGGGATCATCCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109139 AAGCGTGTAAAAGAAGCCGACTCCCTCTTGGTGGTGGGATCATCCTTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 G         GTATACTCTGGTTACAGGTTTATCCTCACTGCCTGGGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109189 GGTA...CAGGTATACTCTGGTTACAGGTTTATCCTCACTGCCTGGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGAAGCTCCCGATTGCAATACTGAACATTGGGCCCACACGGTCGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109363 AGAAGCTCCCGATTGCAATACTGAACATTGGGCCCACACGGTCGGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTGGCGTGTCTGAAACTGAATTCTCGTTGTGGAGAGTTGCTGCCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109413 TTGGCGTGTCTGAAACTGAATTCTCGTTGTGGAGAGTTGCTGCCTTTGAT

    950     .    :
    933 AGACCCATGC
        ||||||||||
 109463 AGACCCATGC