seq1 = pF1KE9611.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KE9611/gi568815596f_24693920.tfa (gi568815596f:24693920_24917803), 223884 bp

>pF1KE9611 900
>gi568815596f:24693920_24917803 (Chr2)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-216  (105756-105925)   99% ->
217-334  (120457-120574)   100% ->
335-594  (121578-121837)   100% ->
595-766  (122727-122898)   100% ->
767-900  (123751-123884)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAGGCGAACCCTTTACGTCCAGATGGCGAGTCCAAAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGAGCAGGCGAACCCTTTACGTCCAGATGGCGAGTCCAAAGGAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTGTTTTAGCTCACTTGGAAAGGCTAGAGACCCAAGTGAGCAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..TAGGTGTTTTAGCTCACTTGGAAAGGCTAGAGACCCAAGTGAGCAGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCGTAAACGGTCTGAAGAGCTGCAGAGCGTGCAGGCCCAGGAAGGTGCT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105801 CCCGTAAACAGTCTGAAGAGCTGCAGAGCGTGCAGGCCCAGGAAGGTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGGAACCAAGATTCATAAACTAAGGCGTCTGCGAGATGAGCTGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105851 CTTGGAACCAAGATTCATAAACTAAGGCGTCTGCGAGATGAGCTGAGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGTGCGGCACCGGCGAGCCAGC         GTGAAAGCATGTATTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105901 TGTGGTGCGGCACCGGCGAGCCAGCGTG...CAGGTGAAAGCATGTATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAATGTAGAACCCAACCAAACAGTGGAGATCAATGAGCAAGAAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120473 CCAATGTAGAACCCAACCAAACAGTGGAGATCAATGAGCAAGAAGCATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGAGAAATTGGAAAATGTGAAAGCCATTCTGCAGGCATATCATTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120523 GAAGAGAAATTGGAAAATGTGAAAGCCATTCTGCAGGCATATCATTTTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AG         GCCTCAGTGGTAAACTGACCAGCCGAGGAGTTTGTGTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120573 AGGTT...CAGGCCTCAGTGGTAAACTGACCAGCCGAGGAGTTTGTGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATCAGTACTGCTTTTGAGGGGAACCTATTGGATTCCTATTTTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121617 GCATCAGTACTGCTTTTGAGGGGAACCTATTGGATTCCTATTTTGTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTGTCATACAGAAACCACTCCGGATACATCACCATTCAGTCCCAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121667 CTTGTCATACAGAAACCACTCCGGATACATCACCATTCAGTCCCAGTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTCCCCTGGAAGAGATAGCTGCAAAATATTTACAGACCAACATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121717 CATTCCCCTGGAAGAGATAGCTGCAAAATATTTACAGACCAACATCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTTCCTGTTCAGTCTCTGCGAGTACCTGAATGCTTACTCTGGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121767 ACTTCCTGTTCAGTCTCTGCGAGTACCTGAATGCTTACTCTGGGAGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACCAGGCAGACCGGCTTCAG         AGTGACTTTGCAGCCCTCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 121817 TACCAGGCAGACCGGCTTCAGGTA...TAGAGTGACTTTGCAGCCCTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACTGGGCCCTTGCAGAGAAACCCACTGTGTAACTTGCTGTCATTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122747 GACTGGGCCCTTGCAGAGAAACCCACTGTGTAACTTGCTGTCATTTACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAAACTGGATCCAGGGGGTCAGTCCTTCCCGTTCTGTGCTAGATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122797 ACAAACTGGATCCAGGGGGTCAGTCCTTCCCGTTCTGTGCTAGATTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATAAGGACCTCACAGCAACTCTTCCCACTGACGTCACCGTGACATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122847 TATAAGGACCTCACAGCAACTCTTCCCACTGACGTCACCGTGACATGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AG         GAGTGGAAGTATTATCCACTTCATGGGAGGAGCAACGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122897 AGGTA...TAGGAGTGGAAGTATTATCCACTTCATGGGAGGAGCAACGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CATCTCATGAAACTCTGTTCTGTACGAAGCCCTTGCATCAAGTGTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123790 CATCTCATGAAACTCTGTTCTGTACGAAGCCCTTGCATCAAGTGTTTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    856 TCATTTACAAGAAAAGGAGAAAAGTTGGATATGAGTCTGGTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123840 TCATTTACAAGAAAAGGAGAAAAGTTGGATATGAGTCTGGTCTCC