seq1 = pF1KE9609.tfa, 831 bp
seq2 = pF1KE9609/gi568815588r_56258421.tfa (gi568815588r:56258421_56461236), 202816 bp

>pF1KE9609 831
>gi568815588r:56258421_56461236 (Chr10)

(complement)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-132  (100854-100944)   100% ->
133-256  (101096-101219)   100% ->
257-423  (101384-101550)   100% ->
424-480  (101705-101761)   100% ->
481-623  (102290-102432)   99% ->
624-792  (102513-102681)   100% ->
793-831  (102778-102816)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCAGCGGAGACAGAGGCGGAAGCTGCAGCCCTAGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGAGGCAGCGGAGACAGAGGCGGAAGCTGCAGCCCTAGAGTA...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTCCTGGCTGAGGTGGCAGGCATCTTGGAACCTGTAGGCCTGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100854 GGTCCTGGCTGAGGTGGCAGGCATCTTGGAACCTGTAGGCCTGCAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCAGAACTGCCAGCCAAGATCCTGGTTGAGTTTGTGGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100904 AGGCAGAACTGCCAGCCAAGATCCTGGTTGAGTTTGTGGTGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GACTCTCAGAAGAAAGACAAGCTGCTCTGCAGCCAGCTTCAGGTAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101096 GACTCTCAGAAGAAAGACAAGCTGCTCTGCAGCCAGCTTCAGGTAGCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTCCTGCAGAACATCCTGGCTCAGGAGGACACTGCTAAGGGTCTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101146 TTTCCTGCAGAACATCCTGGCTCAGGAGGACACTGCTAAGGGTCTCGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTTGGCTTCTGAAGACACGAGCC         GACAGAAGGCAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101196 CCTTGGCTTCTGAAGACACGAGCCGTG...CAGGACAGAAGGCAATTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTAAGGAACAATGGAAAGAGCTGAAGGCCACCTACAGGGAGCACGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCTAAGGAACAATGGAAAGAGCTGAAGGCCACCTACAGGGAGCACGTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCATCAAAATTGGCCTCACCAAGGCCCTGACTCAGATGGAGGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GGCCATCAAAATTGGCCTCACCAAGGCCCTGACTCAGATGGAGGAAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGGAAACGGACACAACTCCGGGAAGCCTTTGAGCAGCTCCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AGAGGAAACGGACACAACTCCGGGAAGCCTTTGAGCAGCTCCAGGCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          AAACAAATGGCCATGGAGAAACGCAGAGCAGTCCAGAACCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GTA...TAGAAACAAATGGCCATGGAGAAACGCAGAGCAGTCCAGAACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTGGCAGCTACAACAG         GAGAAGCATCTGCAGCATCTGGCGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101746 GTGGCAGCTACAACAGGTA...CAGGAGAAGCATCTGCAGCATCTGGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGTTTCTGCAGAGGTGAGGGAGCGTAAGACAGGGACTCAGCAGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102315 AGGTTTCTGCAGAGGTGAGGGAGCGTAAGACAGGGACTCAGCAGGAGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACGGGGTGTTTCAGAAACTTGGAAACCTGAAGCAGCAGGCAGAACAGGA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102365 GACAGGGTGTTTCAGAAACTTGGAAACCTGAAGCAGCAGGCAGAACAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCGGGACAAGCTGCAGAG         GTATCAGACCTTCCTCCAGCTTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102415 GCGGGACAAGCTGCAGAGGTA...TAGGTATCAGACCTTCCTCCAGCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTATACCCTGCAGGGTAAGCTGTTGTTCCCTGAGGCTGAGGCTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102536 TGTATACCCTGCAGGGTAAGCTGTTGTTCCCTGAGGCTGAGGCTGAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGAATCTTCCAGATGATAAACCCCAGCAGCCGACTCGACCCCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102586 GAGAATCTTCCAGATGATAAACCCCAGCAGCCGACTCGACCCCAGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGTACAGGAGACACCATGGGGAGAGACCCTGGTGTGTCCTTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102636 GAGTACAGGAGACACCATGGGGAGAGACCCTGGTGTGTCCTTCAAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    793      GCTGTTGGTCTACAACCTGCTGGAGATGTAAATTTGCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102686 ..AAGGCTGTTGGTCTACAACCTGCTGGAGATGTAAATTTGCCA