seq1 = pF1KE9606.tfa, 699 bp
seq2 = pF1KE9606/gi568815577r_32169040.tfa (gi568815577r:32169040_32379014), 209975 bp

>pF1KE9606 699
>gi568815577r:32169040_32379014 (Chr21)

(complement)

1-334  (100001-100334)   100% ->
335-401  (104119-104185)   100% ->
402-524  (108486-108608)   100% ->
525-621  (109212-109308)   100% ->
622-699  (109898-109975)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGCGTTCGGTCACTGAGGTGTAGCAGAGGATGCGCTGGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGCGTTCGGTCACTGAGGTGTAGCAGAGGATGCGCTGGCGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGTGCGGCGACAAGGGCAAATGCAGCGACTCCTCGCTGTTGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGTGCGGCGACAAGGGCAAATGCAGCGACTCCTCGCTGTTGGGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACTCTCCGAAGACTCGAGCCGCCACCAGCTGTTGCAGAAGTGGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACTCTCCGAAGACTCGAGCCGCCACCAGCTGTTGCAGAAGTGGGCGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTGGAGCTCCATGAGCGAAGACGCGTCGGTGGCCGACATGGAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTGGAGCTCCATGAGCGAAGACGCGTCGGTGGCCGACATGGAGAGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCTGGAGGAGGAGGCGGCGGCTGCGGAGGAGAGGCCGCTGGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCTGGAGGAGGAGGCGGCGGCTGCGGAGGAGAGGCCGCTGGTGTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTGCTCCGGCTGCCGGCGGCCGCTGGGCGACTCGCTGAGCTGGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTGCTCCGGCTGCCGGCGGCCGCTGGGCGACTCGCTGAGCTGGGTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCAGGAGGACACCAACTGCATCCTGCTTCGCT         GTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100301 AGCCAGGAGGACACCAACTGCATCCTGCTTCGCTGTC...TAGGTGTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGTAATGTTTCTGTGGATAAGGAACAGAAGCTATCCAAACGTGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104126 CTGTAATGTTTCTGTGGATAAGGAACAGAAGCTATCCAAACGTGAAAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAATGGTTG         CGTCCTTGAGACTTTGTGCTGCGCGGGGTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104176 AAAATGGTTGGTG...CAGCGTCCTTGAGACTTTGTGCTGCGCGGGGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCACTCAATCTTGGCTACGTGTACAGATGCACGCCCAAGAATCTTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108517 TCACTCAATCTTGGCTACGTGTACAGATGCACGCCCAAGAATCTTGATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGAGAGACTTGTTTTGCCTCAGTGTTGAAGCCATTGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108567 CAAGAGAGACTTGTTTTGCCTCAGTGTTGAAGCCATTGAAAGGTA...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525  TTATGTTTTAGGGTCCTCTGAAAAGCAAATTGTGTCAGAAGATAAAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109211 GTTATGTTTTAGGGTCCTCTGAAAAGCAAATTGTGTCAGAAGATAAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTTTTAATCTTGAAAGCAGAGTTGAAATAGAAAAGTCTCTAACACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109261 CTTTTTAATCTTGAAAGCAGAGTTGAAATAGAAAAGTCTCTAACACAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622        ATGGAAGATGTCTTGAAAGCATTACAAATGAAGCTGTGGGAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109311 A...TAGATGGAAGATGTCTTGAAAGCATTACAAATGAAGCTGTGGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .
    665 CCGAATCCAAATTGTCCTTTGCCACTTGTAAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109941 CCGAATCCAAATTGTCCTTTGCCACTTGTAAAAGC