seq1 = pF1KE9604.tfa, 657 bp
seq2 = pF1KE9604/gi568815592f_26056391.tfa (gi568815592f:26056391_26257047), 200657 bp

>pF1KE9604 657
>gi568815592f:26056391_26257047 (Chr6)

1-657  (100001-100657)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGAGACTGCGCCTGCCGCGCCCGCTGCTCCGGCCCCTGCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGAGACTGCGCCTGCCGCGCCCGCTGCTCCGGCCCCTGCCGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACTCCCGTGAAGAAGAAGGCCCGCAAGTCTGCAGGTGCGGCCAAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACTCCCGTGAAGAAGAAGGCCCGCAAGTCTGCAGGTGCGGCCAAGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCGTCTGGGCCCCCGGTGTCCGAGCTCATTACTAAAGCTGTTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCGTCTGGGCCCCCGGTGTCCGAGCTCATTACTAAAGCTGTTGCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCAAGGAGCGCAGCGGCGTATCTTTGGCCGCTCTCAAGAAAGCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCAAGGAGCGCAGCGGCGTATCTTTGGCCGCTCTCAAGAAAGCGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCGCTGGCTATGACGTGGAGAAGAACAACAGCCGCATCAAGCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCGCTGGCTATGACGTGGAGAAGAACAACAGCCGCATCAAGCTGGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAAGAGCCTGGTGAGCAAGGGCACCCTGGTGCAGACCAAGGGCACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAAGAGCCTGGTGAGCAAGGGCACCCTGGTGCAGACCAAGGGCACCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGTCGGGTTCCTTCAAACTCAACAAGAAGGCGGCCTCTGGGGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGTCGGGTTCCTTCAAACTCAACAAGAAGGCGGCCTCTGGGGAAGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCTAAGGCTAAAAAGGCAGGCGCGGCCAAGGCCAAGAAGCCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCTAAGGCTAAAAAGGCAGGCGCGGCCAAGGCCAAGAAGCCAGCAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCGAAGAAGCCCAAGAAGGCGACGGGGGCGGCCACCCCCAAGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCGAAGAAGCCCAAGAAGGCGACGGGGGCGGCCACCCCCAAGAAGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAAGAAGACCCCAAAGAAGGCGAAGAAGCCGGCTGCAGCTGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAAGAAGACCCCAAAGAAGGCGAAGAAGCCGGCTGCAGCTGCTGGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAAAAAGCGAAAAGCCCGAAAAAGGCGAAAGCAGCCAAGCCAAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAAAAAGCGAAAAGCCCGAAAAAGGCGAAAGCAGCCAAGCCAAAAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCCCAAGAGCCCAGCGAAGGCCAAAGCAGTTAAACCCAAGGCGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCCCAAGAGCCCAGCGAAGGCCAAAGCAGTTAAACCCAAGGCGGCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCAAAGACCGCCAAGCCCAAGGCAGCCAAGCCAAAGAAGGCGGCAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCAAAGACCGCCAAGCCCAAGGCAGCCAAGCCAAAGAAGGCGGCAGCCAA

    650     .
    651 GAAAAAG
        |||||||
 100651 GAAAAAG