seq1 = pF1KE9568.tfa, 1194 bp
seq2 = pF1KE9568/gi568815590f_108987513.tfa (gi568815590f:108987513_109219452), 231940 bp

>pF1KE9568 1194
>gi568815590f:108987513_109219452 (Chr8)

1-789  (100001-100789)   100% ->
790-1194  (131536-131940)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAACGAGACAGTCAGTGAACTGAACCAAACACAGCTTCAGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAACGAGACAGTCAGTGAACTGAACCAAACACAGCTTCAGCCACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAGTGGTGGCCTTAGAATACCAGGTGGTCACCATCTTACTTGTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAGTGGTGGCCTTAGAATACCAGGTGGTCACCATCTTACTTGTACTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTATTTGTGGCCTGGGCATTGTAGGCAACATCATGGTAGTCCTGGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTATTTGTGGCCTGGGCATTGTAGGCAACATCATGGTAGTCCTGGTTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGAGAACCAAGCACATGAGGACCCCCACAAACTGCTACCTGGTGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGAGAACCAAGCACATGAGGACCCCCACAAACTGCTACCTGGTGAGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCAGTAGCTGATCTCATGGTCTTGGTGGCCGCAGGCCTCCCCAACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCAGTAGCTGATCTCATGGTCTTGGTGGCCGCAGGCCTCCCCAACATAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGACAGTATCTACGGTTCCTGGGTCTATGGCTATGTTGGATGCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGACAGTATCTACGGTTCCTGGGTCTATGGCTATGTTGGATGCCTCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTACTTACCTCCAGTATTTGGGAATTAATGCATCCTCTTGTTCAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTACTTACCTCCAGTATTTGGGAATTAATGCATCCTCTTGTTCAATAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCCTTTACCATTGAGAGGTACATAGCAATCTGTCACCCCATCAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGCCTTTACCATTGAGAGGTACATAGCAATCTGTCACCCCATCAAAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGTTTCTCTGCACATTTTCCAGAGCCAAAAAGATTATCATCTTTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGTTTCTCTGCACATTTTCCAGAGCCAAAAAGATTATCATCTTTGTCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTTTCACATCTCTTTACTGTATGCTCTGGTTCTTCTTGCTGGATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTTTCACATCTCTTTACTGTATGCTCTGGTTCTTCTTGCTGGATCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TATTAGCACCTACAAAGATGCTATTGTGATATCCTGTGGCTACAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TATTAGCACCTACAAAGATGCTATTGTGATATCCTGTGGCTACAAGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAGGAATTACTACTCACCTATTTACCTAATGGACTTTGGTGTCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAGGAATTACTACTCACCTATTTACCTAATGGACTTTGGTGTCTTTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTTGTGCCAATGATCCTGGCTACCGTCCTCTATGGATTCATAGCTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTTGTGCCAATGATCCTGGCTACCGTCCTCTATGGATTCATAGCTAGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTTTTCTTAAATCCCATTCCTTCAGATCCTAAAGAAAACTCTAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTTTTCTTAAATCCCATTCCTTCAGATCCTAAAGAAAACTCTAAGACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAAAAATGATTCAACCCATCAGAACACAAATCTGAATGTAAATACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAAAAATGATTCAACCCATCAGAACACAAATCTGAATGTAAATACCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AATAGATGTTTCAACAGCACAGTATCTTCAAGGAAGCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100751 AATAGATGTTTCAACAGCACAGTATCTTCAAGGAAGCAGGTA...TAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACCAAGATGCTGGCAGTGGTTGTAATTCTGTTTGCCCTTTTATGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131538 CACCAAGATGCTGGCAGTGGTTGTAATTCTGTTTGCCCTTTTATGGATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTACAGGACTCTAGTGGTTGTCAACTCATTTCTCTCCAGTCCTTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131588 CCTACAGGACTCTAGTGGTTGTCAACTCATTTCTCTCCAGTCCTTTCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAAAATTGGTTTTTGCTCTTTTGCAGAATTTGCATTTATCTCAACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131638 GAAAATTGGTTTTTGCTCTTTTGCAGAATTTGCATTTATCTCAACAGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CATCAACCCGGTGATTTACAATCTCATGTCCCAGAAATTCCGTGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131688 CATCAACCCGGTGATTTACAATCTCATGTCCCAGAAATTCCGTGCAGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCAGAAAGCTCTGCAACTGCAAGCAGAAGCCAACAGAGAAACCTGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131738 TCAGAAAGCTCTGCAACTGCAAGCAGAAGCCAACAGAGAAACCTGCTAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TACAGTGTGGCCCTAAATTACAGCGTCATCAAGGAGTCAGACCATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131788 TACAGTGTGGCCCTAAATTACAGCGTCATCAAGGAGTCAGACCATTTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CACAGAGCTTGATGATATCACTGTCACTGACACTTACCTGTCTGCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131838 CACAGAGCTTGATGATATCACTGTCACTGACACTTACCTGTCTGCCACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AAGTGTCTTTTGATGACACCTGCTTGGCTTCTGAGGTATCCTTTAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131888 AAGTGTCTTTTGATGACACCTGCTTGGCTTCTGAGGTATCCTTTAGCCAA

   1200 
   1192 AGT
        |||
 131938 AGT