seq1 = pF1KE9567.tfa, 1464 bp
seq2 = pF1KE9567/gi568815593f_40580994.tfa (gi568815593f:40580994_40792375), 211382 bp

>pF1KE9567 1464
>gi568815593f:40580994_40792375 (Chr5)

1-867  (100001-100867)   100% ->
868-1464  (110786-111382)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACTCCCGGGGTCAATTCGTCCGCCTCCTTGAGCCCCGACCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACTCCCGGGGTCAATTCGTCCGCCTCCTTGAGCCCCGACCGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACAGCCCAGTGACCATCCCGGCGGTGATGTTCATCTTCGGGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACAGCCCAGTGACCATCCCGGCGGTGATGTTCATCTTCGGGGTGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAACCTGGTGGCCATCGTGGTGCTGTGCAAGTCGCGCAAGGAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAACCTGGTGGCCATCGTGGTGCTGTGCAAGTCGCGCAAGGAGCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGACGACCTTCTACACGCTGGTATGTGGGCTGGCTGTCACCGACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGACGACCTTCTACACGCTGGTATGTGGGCTGGCTGTCACCGACCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCACTTTGTTGGTGAGCCCGGTGACCATCGCCACGTACATGAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCACTTTGTTGGTGAGCCCGGTGACCATCGCCACGTACATGAAGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AATGGCCCGGGGGCCAGCCGCTGTGCGAGTACAGCACCTTCATTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AATGGCCCGGGGGCCAGCCGCTGTGCGAGTACAGCACCTTCATTCTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTCAGCCTGTCCGGCCTCAGCATCATCTGCGCCATGAGTGTCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTCAGCCTGTCCGGCCTCAGCATCATCTGCGCCATGAGTGTCGAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACCTGGCCATCAACCATGCCTATTTCTACAGCCACTACGTGGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACCTGGCCATCAACCATGCCTATTTCTACAGCCACTACGTGGACAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GATTGGCGGGCCTCACGCTCTTTGCAGTCTATGCGTCCAACGTGCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GATTGGCGGGCCTCACGCTCTTTGCAGTCTATGCGTCCAACGTGCTCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCGCGCTGCCCAACATGGGTCTCGGTAGCTCGCGGCTGCAGTACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCGCGCTGCCCAACATGGGTCTCGGTAGCTCGCGGCTGCAGTACCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACCTGGTGCTTCATCGACTGGACCACCAACGTGACGGCGCACGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACCTGGTGCTTCATCGACTGGACCACCAACGTGACGGCGCACGCCGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACTCCTACATGTACGCGGGCTTCAGCTCCTTCCTCATTCTCGCCACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACTCCTACATGTACGCGGGCTTCAGCTCCTTCCTCATTCTCGCCACCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCTGCAACGTGCTTGTGTGCGGCGCGCTGCTCCGCATGCACCGCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCTGCAACGTGCTTGTGTGCGGCGCGCTGCTCCGCATGCACCGCCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGCGCCGCACCTCGCTGGGCACCGAGCAGCACCACGCGGCCGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGCGCCGCACCTCGCTGGGCACCGAGCAGCACCACGCGGCCGCGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTCGGTTGCCTCCCGGGGCCACCCCGCTGCCTCCCCAGCCTTGCCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTCGGTTGCCTCCCGGGGCCACCCCGCTGCCTCCCCAGCCTTGCCGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCAGCGACTTTCGGCGCCGCCGGAGCTTCCGCCGCATCGCGGGCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCAGCGACTTTCGGCGCCGCCGGAGCTTCCGCCGCATCGCGGGCGCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GATCCAGATGGTCATCTTACTCATTGCCACCTCCCTGGTGGTGCTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GATCCAGATGGTCATCTTACTCATTGCCACCTCCCTGGTGGTGCTCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCTCCATCCCGCTCGTG         GTGCGAGTATTCGTCAACCAGTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100851 GCTCCATCCCGCTCGTGGTG...CAGGTGCGAGTATTCGTCAACCAGTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TATCAGCCAAGTTTGGAGCGAGAAGTCAGTAAAAATCCAGATTTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110810 TATCAGCCAAGTTTGGAGCGAGAAGTCAGTAAAAATCCAGATTTGCAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CATCCGAATTGCTTCTGTGAACCCCATCCTAGACCCCTGGATATATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110860 CATCCGAATTGCTTCTGTGAACCCCATCCTAGACCCCTGGATATATATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCTGAGAAAGACAGTGCTCAGTAAAGCAATAGAGAAGATCAAATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110910 TCCTGAGAAAGACAGTGCTCAGTAAAGCAATAGAGAAGATCAAATGCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTCTGCCGCATTGGCGGGTCCCGCAGGGAGCGCTCCGGACAGCACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110960 TTCTGCCGCATTGGCGGGTCCCGCAGGGAGCGCTCCGGACAGCACTGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AGACAGTCAAAGGACATCTTCTGCCATGTCAGGCCACTCTCGCTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111010 AGACAGTCAAAGGACATCTTCTGCCATGTCAGGCCACTCTCGCTCCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TCTCCCGGGAGCTGAAGGAGATCAGCAGTACATCTCAGACCCTCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111060 TCTCCCGGGAGCTGAAGGAGATCAGCAGTACATCTCAGACCCTCCTGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GACCTCTCACTGCCAGACCTCAGTGAAAATGGCCTTGGAGGCAGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111110 GACCTCTCACTGCCAGACCTCAGTGAAAATGGCCTTGGAGGCAGGAATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCTTCCAGGTGTGCCTGGCATGGGCCTGGCCCAGGAAGACACCACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111160 GCTTCCAGGTGTGCCTGGCATGGGCCTGGCCCAGGAAGACACCACCTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGAGGACTTTGCGAATATCAGAGACCTCAGACTCTTCACAGGGTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111210 TGAGGACTTTGCGAATATCAGAGACCTCAGACTCTTCACAGGGTCAGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCAGAGAGTGTCTTACTGGTGGATGAGGCTGGTGGGAGCGGCAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111260 TCAGAGAGTGTCTTACTGGTGGATGAGGCTGGTGGGAGCGGCAGGGCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GCCTGCCCCTAAGGGGAGCTCCCTGCAAGTCACATTTCCCAGTGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111310 GCCTGCCCCTAAGGGGAGCTCCCTGCAAGTCACATTTCCCAGTGAAACAC

   1450     .    :    .    :
   1442 TGAACTTATCAGAAAAATGTATA
        |||||||||||||||||||||||
 111360 TGAACTTATCAGAAAAATGTATA