seq1 = pF1KE9566.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE9566/gi568815597r_84713849.tfa (gi568815597r:84713849_84966120), 252272 bp

>pF1KE9566 1059
>gi568815597r:84713849_84966120 (Chr1)

(complement)

1-736  (100001-100736)   100% ->
737-1059  (151950-152272)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGAGTGTCACTATGACAAGCACATGGACTTTTTTTATAATAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGAGTGTCACTATGACAAGCACATGGACTTTTTTTATAATAGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACACTGATACTGTCGATGACTGGACAGGAACAAAGCTTGTGATTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACACTGATACTGTCGATGACTGGACAGGAACAAAGCTTGTGATTGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGTGTTGGGACGTTTTTCTGCCTGTTTATTTTTTTTTCTAATTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGTGTTGGGACGTTTTTCTGCCTGTTTATTTTTTTTTCTAATTCTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCATCGCGGCAGTGATCAAAAACAGAAAATTTCATTTCCCCTTCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCATCGCGGCAGTGATCAAAAACAGAAAATTTCATTTCCCCTTCTACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGTTGGCTAATTTAGCTGCTGCCGATTTCTTCGCTGGAATTGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGTTGGCTAATTTAGCTGCTGCCGATTTCTTCGCTGGAATTGCCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TATTCCTGATGTTTAACACAGGCCCAGTTTCAAAAACTTTGACTGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TATTCCTGATGTTTAACACAGGCCCAGTTTCAAAAACTTTGACTGTCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCTGGTTTCTCCGTCAGGGGCTTCTGGACAGTAGCTTGACTGCTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCTGGTTTCTCCGTCAGGGGCTTCTGGACAGTAGCTTGACTGCTTCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCAACTTGCTGGTTATCGCCGTGGAGAGGCACATGTCAATCATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCAACTTGCTGGTTATCGCCGTGGAGAGGCACATGTCAATCATGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCGGGTCCATAGCAACCTGACCAAAAAGAGGGTGACACTGCTCATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCGGGTCCATAGCAACCTGACCAAAAAGAGGGTGACACTGCTCATTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTGTCTGGGCCATCGCCATTTTTATGGGGGCGGTCCCCACACTGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTGTCTGGGCCATCGCCATTTTTATGGGGGCGGTCCCCACACTGGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAATTGCCTCTGCAACATCTCTGCCTGCTCTTCCCTGGCCCCCATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAATTGCCTCTGCAACATCTCTGCCTGCTCTTCCCTGGCCCCCATTTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCAGGAGTTACCTTGTTTTCTGGACAGTGTCCAACCTCATGGCCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCAGGAGTTACCTTGTTTTCTGGACAGTGTCCAACCTCATGGCCTTCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCATGGTTGTGGTGTACCTGCGGATCTACGTGTACGTCAAGAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCATGGTTGTGGTGTACCTGCGGATCTACGTGTACGTCAAGAGGAAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAACGTCTTGTCTCCGCATACAAGTGGGTCCATCAGCCGCCGGAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAACGTCTTGTCTCCGCATACAAGTGGGTCCATCAGCCGCCGGAGGACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCATGAAGCTAATGAAGACGGTGATGACTGTCTTAG         GGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100701 CCATGAAGCTAATGAAGACGGTGATGACTGTCTTAGGTA...CAGGGGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTGTGGTATGCTGGACCCCGGGCCTGGTGGTTCTGCTCCTCGACGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151955 TTTGTGGTATGCTGGACCCCGGGCCTGGTGGTTCTGCTCCTCGACGGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAACTGCAGGCAGTGTGGCGTGCAGCATGTGAAAAGGTGGTTCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152005 GAACTGCAGGCAGTGTGGCGTGCAGCATGTGAAAAGGTGGTTCCTGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGCGCTGCTCAACTCCGTCGTGAACCCCATCATCTACTCCTACAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152055 TGGCGCTGCTCAACTCCGTCGTGAACCCCATCATCTACTCCTACAAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGGACATGTATGGCACCATGAAGAAGATGATCTGCTGCTTCTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152105 GAGGACATGTATGGCACCATGAAGAAGATGATCTGCTGCTTCTCTCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GAACCCAGAGAGGCGTCCCTCTCGCATCCCCTCCACAGTCCTCAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152155 GAACCCAGAGAGGCGTCCCTCTCGCATCCCCTCCACAGTCCTCAGCAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTGACACAGGCAGCCAGTACATAGAGGATAGTATTAGCCAAGGTGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152205 GTGACACAGGCAGCCAGTACATAGAGGATAGTATTAGCCAAGGTGCAGTC

   1050     .    :    .
   1042 TGCAATAAAAGCACTTCC
        ||||||||||||||||||
 152255 TGCAATAAAAGCACTTCC