seq1 = pF1KE9563.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KE9563/gi568815588r_90643593.tfa (gi568815588r:90643593_90957671), 314079 bp

>pF1KE9563 1437
>gi568815588r:90643593_90957671 (Chr10)

(complement)

1-539  (100001-100539)   99% ->
540-1295  (208078-208833)   100% ->
1296-1393  (213982-214079)   100% ->
1394-1437  (215144-215187)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGACGTTAACAGCAGCGGCCGCCCGGACCTCTACGGGCACCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGACGTTAACAGCAGCGGCCGCCCGGACCTCTACGGGCACCTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTTTCCTTCTGCCAGAAGTGGGGCGCGGGCTGCCCGACTTGAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTTTCCTTCTGCCAGAAGTGGGGCGCGGGCTGCCCGACTTGAGCCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGGTGGCGCCGACCCGGTCGCGGGCTCCTGGGCGCCGCACCTACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100101 ACGGTGGCGCCGACCCGGTCGCGGGCTCCTGGGCGCCGCACCTGCTGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGTGACAGCCAGCCCGGCGCCCACCTGGGACGCGCCCCCGGACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGTGACAGCCAGCCCGGCGCCCACCTGGGACGCGCCCCCGGACAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCGGCTGTGGGGAACAGATCAACTACGGCAGAGTCGAGAAAGTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCGGCTGTGGGGAACAGATCAACTACGGCAGAGTCGAGAAAGTTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGGCTCCATCCTGACGCTCATCACGCTGCTGACGATCGCGGGCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGGCTCCATCCTGACGCTCATCACGCTGCTGACGATCGCGGGCAACTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGTGGTGATCTCCGTGTGCTTCGTCAAGAAGCTCCGCCAGCCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGTGGTGATCTCCGTGTGCTTCGTCAAGAAGCTCCGCCAGCCCTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACCTGATCGTGTCCCTGGCGCTGGCCGACCTCTCGGTGGCTGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACCTGATCGTGTCCCTGGCGCTGGCCGACCTCTCGGTGGCTGTGGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATGCCCTTCGTCAGCGTCACCGACCTCATCGGGGGCAAGTGGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATGCCCTTCGTCAGCGTCACCGACCTCATCGGGGGCAAGTGGATCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGACACTTTTTCTGTAATGTCTTCATCGCCATGGACGTCATGTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGACACTTTTTCTGTAATGTCTTCATCGCCATGGACGTCATGTGCTGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCCTCGATCATGACCCTGTGCGTGATCAGCATTGACAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100501 GGCCTCGATCATGACCCTGTGCGTGATCAGCATTGACAGGTA...TAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCTTGGGATCACAAGGCCCCTCACATACCCTGTGAGGCAGAATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208080 ACCTTGGGATCACAAGGCCCCTCACATACCCTGTGAGGCAGAATGGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGCATGGCGAAGATGATTCTCTCCGTCTGGCTTCTCTCCGCCTCCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208130 TGCATGGCGAAGATGATTCTCTCCGTCTGGCTTCTCTCCGCCTCCATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTACCTCCACTCTTTGGATGGGCTCAGAATGTAAATGATGATAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208180 CTTACCTCCACTCTTTGGATGGGCTCAGAATGTAAATGATGATAAGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTTGATCAGCCAGGACTTTGGCTATACGATTTACTCTACCGCAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208230 GCTTGATCAGCCAGGACTTTGGCTATACGATTTACTCTACCGCAGTGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTTATATCCCCATGTCCGTCATGCTTTTCATGTACTACCAGATTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208280 TTTTATATCCCCATGTCCGTCATGCTTTTCATGTACTACCAGATTTACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCTGCCAGGAAGAGTGCTGCCAAACACAAGTTTCCTGGCTTCCCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208330 GGCTGCCAGGAAGAGTGCTGCCAAACACAAGTTTCCTGGCTTCCCTCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGAGCCAGACAGCGTCATCGCCCTGAATGGCATAGTGAAGCTCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208380 TGGAGCCAGACAGCGTCATCGCCCTGAATGGCATAGTGAAGCTCCAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGGTGGAAGAGTGTGCAAACCTTTCGAGACTCCTCAAGCATGAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208430 GAGGTGGAAGAGTGTGCAAACCTTTCGAGACTCCTCAAGCATGAAAGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AAACATCTCCATCTTTAAGCGAGAACAGAAAGCAGCCACCACCCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208480 AAACATCTCCATCTTTAAGCGAGAACAGAAAGCAGCCACCACCCTGGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCATCGTCGGGGCCTTTACCGTGTGCTGGCTGCCATTTTTCCTCCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208530 TCATCGTCGGGGCCTTTACCGTGTGCTGGCTGCCATTTTTCCTCCTCTCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACAGCCAGACCCTTCATCTGTGGCACTTCCTGCAGCTGCATCCCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208580 ACAGCCAGACCCTTCATCTGTGGCACTTCCTGCAGCTGCATCCCACTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGTGGAGAGGACATTTCTGTGGCTAGGCTATGCAAACTCTCTCATTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208630 GGTGGAGAGGACATTTCTGTGGCTAGGCTATGCAAACTCTCTCATTAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CTTTTATATATGCCTTCTTCAACCGGGACCTGAGGACCACCTATCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208680 CTTTTATATATGCCTTCTTCAACCGGGACCTGAGGACCACCTATCGCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTGCTCCAGTGCCAGTACCGGAATATCAACCGGAAGCTCTCAGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208730 CTGCTCCAGTGCCAGTACCGGAATATCAACCGGAAGCTCTCAGCTGCAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CATGCATGAAGCCCTGAAGCTTGCTGAGAGGCCAGAGAGACCTGAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208780 CATGCATGAAGCCCTGAAGCTTGCTGAGAGGCCAGAGAGACCTGAGTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGCT         GAGGGCCTGCACAAGGAGGGTGCTGTTGAGACCAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208830 TGCTGTA...CAGGAGGGCCTGCACAAGGAGGGTGCTGTTGAGACCAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAGAGGCCACCGGTATCTGTGTGGGTGCTACAATCTCCAGACCATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214019 AAGAGGCCACCGGTATCTGTGTGGGTGCTACAATCTCCAGACCATCACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TTGGTTAGCAG         ACAAAATGCTGACTACTGTAGAAAAAAAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 214069 TTGGTTAGCAGGTG...TAGACAAAATGCTGACTACTGTAGAAAAAAAGG

   1450     .    :
   1424 TCATGATTCATGAT
        ||||||||||||||
 215174 TCATGATTCATGAT