seq1 = pF1KE9562.tfa, 1086 bp
seq2 = pF1KE9562/gi568815587f_92869726.tfa (gi568815587f:92869726_93082309), 212584 bp

>pF1KE9562 1086
>gi568815587f:92869726_93082309 (Chr11)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-1086  (111722-112584)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGAGAACGGCTCCTTCGCCAACTGCTGCGAGGCGGGCGGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGAGAACGGCTCCTTCGCCAACTGCTGCGAGGCGGGCGGGTGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGCGCCCGGGCTGGTCGGGGGCTGGCAGCGCGCGGCCCTCCAGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGCGCCCGGGCTGGTCGGGGGCTGGCAGCGCGCGGCCCTCCAGGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCGACCTCCCTGGGTGGCTCCAGCGCTGTCCGCGGTGCTCATCGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCGACCTCCCTGGGTGGCTCCAGCGCTGTCCGCGGTGCTCATCGTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCGCCGTGGACGTCGTGGGCAACCTCCTGGTGATCCTCTCCGTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCGCCGTGGACGTCGTGGGCAACCTCCTGGTGATCCTCTCCGTGCTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACCGCAAGCTCCGGAACGCAG         GTAATTTGTTCTTGGTGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 GAACCGCAAGCTCCGGAACGCAGGTG...CAGGTAATTTGTTCTTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCTGGCATTGGCTGACCTGGTGGTGGCCTTCTACCCCTACCCGCTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111740 GTCTGGCATTGGCTGACCTGGTGGTGGCCTTCTACCCCTACCCGCTAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCGTGGCCATCTTCTATGACGGCTGGGCCCTGGGGGAGGAGCACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111790 CTCGTGGCCATCTTCTATGACGGCTGGGCCCTGGGGGAGGAGCACTGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCCAGCGCCTTTGTGATGGGCCTGAGCGTCATCGGCTCTGTCTTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111840 GGCCAGCGCCTTTGTGATGGGCCTGAGCGTCATCGGCTCTGTCTTCAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCACTGCCATCGCCATTAACCGCTACTGCTACATCTGCCACAGCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111890 TCACTGCCATCGCCATTAACCGCTACTGCTACATCTGCCACAGCATGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACCACCGAATCTACCGGCGCTGGCACACCCCTCTGCACATCTGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111940 TACCACCGAATCTACCGGCGCTGGCACACCCCTCTGCACATCTGCCTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTGGCTCCTCACCGTGGTGGCCTTGCTGCCCAACTTCTTTGTGGGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111990 CTGGCTCCTCACCGTGGTGGCCTTGCTGCCCAACTTCTTTGTGGGGTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGAGTACGACCCACGCATCTATTCCTGCACCTTCATCCAGACCGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112040 TGGAGTACGACCCACGCATCTATTCCTGCACCTTCATCCAGACCGCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCCAGTACACGGCGGCAGTGGTGGTCATCCACTTCCTCCTCCCTATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112090 ACCCAGTACACGGCGGCAGTGGTGGTCATCCACTTCCTCCTCCCTATCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGTCGTGTCCTTCTGCTACCTGCGCATCTGGGTGCTGGTGCTTCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112140 TGTCGTGTCCTTCTGCTACCTGCGCATCTGGGTGCTGGTGCTTCAGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAGGAAAGCCAAGCCAGAGAGCAGGCTGTGCCTGAAGCCCAGCGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112190 GCAGGAAAGCCAAGCCAGAGAGCAGGCTGTGCCTGAAGCCCAGCGACTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGGAGCTTTCTAACCATGTTTGTGGTGTTTGTGATCTTTGCCATCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112240 CGGAGCTTTCTAACCATGTTTGTGGTGTTTGTGATCTTTGCCATCTGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCTCCACTTAACTGCATCGGCCTCGCTGTGGCCATCAACCCCCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112290 GGCTCCACTTAACTGCATCGGCCTCGCTGTGGCCATCAACCCCCAAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGCTCCCCAGATCCCTGAGGGGCTATTTGTCACTAGCTACTTACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112340 TGGCTCCCCAGATCCCTGAGGGGCTATTTGTCACTAGCTACTTACTGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TATTTCAACAGCTGCCTGAATGCCATTGTCTATGGGCTCTTGAACCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112390 TATTTCAACAGCTGCCTGAATGCCATTGTCTATGGGCTCTTGAACCAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTTCCGCAGGGAATACAAGAGGATCCTCTTGGCCCTTTGGAACCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112440 CTTCCGCAGGGAATACAAGAGGATCCTCTTGGCCCTTTGGAACCCACGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACTGCATTCAAGATGCTTCCAAGGGCAGCCACGCGGAGGGGCTGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112490 ACTGCATTCAAGATGCTTCCAAGGGCAGCCACGCGGAGGGGCTGCAGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1042 CCAGCTCCACCCATCATTGGTGTGCAGCACCAGGCAGATGCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112540 CCAGCTCCACCCATCATTGGTGTGCAGCACCAGGCAGATGCTCTC