seq1 = pF1KE9561.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KE9561/gi568815576f_37723407.tfa (gi568815576f:37723407_37925467), 202061 bp

>pF1KE9561 1104
>gi568815576f:37723407_37925467 (Chr22)

1-359  (100001-100359)   100% ->
360-1104  (101317-102061)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGATGCCCAGAACATTTCACTGGACAGCCCAGGGAGTGTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGATGCCCAGAACATTTCACTGGACAGCCCAGGGAGTGTGGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGGCAGTGCCTGTGGTCTTTGCCCTAATCTTCCTGCTGGGCACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGGCAGTGCCTGTGGTCTTTGCCCTAATCTTCCTGCTGGGCACAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAATGGGCTGGTGCTGGCAGTGCTCCTGCAGCCTGGCCCGAGTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAATGGGCTGGTGCTGGCAGTGCTCCTGCAGCCTGGCCCGAGTGCCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGAGCCTGGCAGCACCACGGACCTGTTCATCCTCAACCTGGCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGAGCCTGGCAGCACCACGGACCTGTTCATCCTCAACCTGGCGGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACCTCTGCTTCATCCTGTGCTGCGTGCCCTTCCAGGCCACCATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACCTCTGCTTCATCCTGTGCTGCGTGCCCTTCCAGGCCACCATCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCTGGATGCCTGGCTCTTTGGGGCCCTCGTCTGCAAGGCCGTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCTGGATGCCTGGCTCTTTGGGGCCCTCGTCTGCAAGGCCGTGCACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCATCTACCTCACCATGTACGCCAGCAGCTTTACGCTGGCTGCTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCATCTACCTCACCATGTACGCCAGCAGCTTTACGCTGGCTGCTGTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGGACAG         GTACCTGGCCGTGCGGCACCCGCTGCGCTCGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTGGACAGGTG...CAGGTACCTGGCCGTGCGGCACCCGCTGCGCTCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCGCCCTGCGCACGCCGCGTAACGCCCGCGCCGCAGTGGGGCTGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 GCGCCCTGCGCACGCCGCGTAACGCCCGCGCCGCAGTGGGGCTGGTGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGCTGGCGGCGCTCTTCTCGGCGCCCTACCTCAGCTACTACGGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 CTGCTGGCGGCGCTCTTCTCGGCGCCCTACCTCAGCTACTACGGCACCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCGCTACGGCGCGCTGGAGCTCTGCGTGCCCGCCTGGGAGGACGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 GCGCTACGGCGCGCTGGAGCTCTGCGTGCCCGCCTGGGAGGACGCGCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCGCGCCCTGGACGTGGCCACCTTCGCTGCCGGCTACCTGCTGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 GCCGCGCCCTGGACGTGGCCACCTTCGCTGCCGGCTACCTGCTGCCCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCTGTGGTGAGCCTGGCCTACGGGCGCACGCTGCGCTTCCTGTGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 GCTGTGGTGAGCCTGGCCTACGGGCGCACGCTGCGCTTCCTGTGGGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGTGGGTCCCGCGGGCGCGGCGGCGGCCGAGGCGCGGCGGAGGGCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101599 CGTGGGTCCCGCGGGCGCGGCGGCGGCCGAGGCGCGGCGGAGGGCGACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCGCGCGGGGCGCGCCATGCTGGCGGTGGCCGCGCTCTACGCGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 GCCGCGCGGGGCGCGCCATGCTGGCGGTGGCCGCGCTCTACGCGCTCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGGGTCCGCACCACGCGCTCATCCTGTGCTTCTGGTACGGCCGCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 TGGGGTCCGCACCACGCGCTCATCCTGTGCTTCTGGTACGGCCGCTTCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTCAGCCCGGCCACCTACGCCTGCCGCCTGGCCTCACACTGCCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101749 CTTCAGCCCGGCCACCTACGCCTGCCGCCTGGCCTCACACTGCCTGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACGCCAACTCCTGCCTCAACCCGCTCGTCTACGCGCTCGCCTCGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101799 ACGCCAACTCCTGCCTCAACCCGCTCGTCTACGCGCTCGCCTCGCGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTCCGCGCGCGCTTCCGCCGCCTGTGGCCGTGCGGCCGCCGACGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101849 TTCCGCGCGCGCTTCCGCCGCCTGTGGCCGTGCGGCCGCCGACGCCGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCGTGCCCGCCGCGCCTTGCGTCGCGTCCGCCCCGCGTCCTCGGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101899 CCGTGCCCGCCGCGCCTTGCGTCGCGTCCGCCCCGCGTCCTCGGGCCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCGGCTGCCCCGGAGACGCCCGGCCTAGCGGGAGGCTGCTGGCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101949 CCGGCTGCCCCGGAGACGCCCGGCCTAGCGGGAGGCTGCTGGCTGGTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGCCAGGGCCCGGAGCCCAGGGAGGGACCCGTCCACGGCGGAGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101999 GGCCAGGGCCCGGAGCCCAGGGAGGGACCCGTCCACGGCGGAGAGGCTGC

   1100     .    :
   1092 CCGAGGACCGGAA
        |||||||||||||
 102049 CCGAGGACCGGAA