seq1 = pF1KE9560.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE9560/gi568815579f_16789190.tfa (gi568815579f:16789190_16990618), 201429 bp

>pF1KE9560 1155
>gi568815579f:16789190_16990618 (Chr19)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-1155  (100384-101429)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGGGCGACTGCTCCTGTGGCCCCTGGTGCTGGGGTTCAGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGGGCGACTGCTCCTGTGGCCCCTGGTGCTGGGGTTCAGCCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCGGCACCCAGACCCCCAGCGTCTACGACGAGAGCGGGAGCACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCGGCACCCAGACCCCCAGCGTCTACGACGAGAGCGGGAGCACCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGTGATG         ACAGCACGCCCTCAATCCTGCCTGCCCCCCGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGGTGATGGTG...CAGACAGCACGCCCTCAATCCTGCCTGCCCCCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTACCCAGGCCAAGTCTGTGCCAATGACAGTGACACCCTGGAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 GGCTACCCAGGCCAAGTCTGTGCCAATGACAGTGACACCCTGGAGCTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACAGCTCACGGGCACTGCTTCTGGGCTGGGTGCCCACCAGGCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100466 GGACAGCTCACGGGCACTGCTTCTGGGCTGGGTGCCCACCAGGCTGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCCCTCTATGGGCTGGTCCTGGTGGTGGGGCTGCCGGCCAATGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100516 CCGCCCTCTATGGGCTGGTCCTGGTGGTGGGGCTGCCGGCCAATGGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCGCTGTGGGTGCTGGCCACGCAGGCACCTCGGCTGCCCTCCACCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100566 GCGCTGTGGGTGCTGGCCACGCAGGCACCTCGGCTGCCCTCCACCATGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGATGAACCTCGCGACTGCTGACCTCCTGCTGGCCCTGGCGCTGCCCC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 GCTGATGAACCTCGCGGCTGCTGACCTCCTGCTGGCCCTGGCGCTGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCGGATCGCCTACCACCTGCGTGGCCAGCGCTGGCCCTTCGGGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 CGCGGATCGCCTACCACCTGCGTGGCCAGCGCTGGCCCTTCGGGGAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCTGCCGCCTGGCCACGGCCGCACTCTATGGTCACATGTATGGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 GCCTGCCGCCTGGCCACGGCCGCACTCTATGGTCACATGTATGGCTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGCTGCTGGCCGCCGTCAGCCTGGATCGCTACCTGGCCCTGGTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 GCTGCTGCTGGCCGCCGTCAGCCTGGATCGCTACCTGGCCCTGGTGCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGCTGCGGGCCCGCGCCCTGCGTGGCCGGCGCCTGGCCCTTGGACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100816 CGCTGCGGGCCCGCGCCCTGCGTGGCCGGCGCCTGGCCCTTGGACTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGGCTGCTTGGCTCATGGCGGCCGCCCTGGCACTGCCCCTGACACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100866 ATGGCTGCTTGGCTCATGGCGGCCGCCCTGGCACTGCCCCTGACACTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCGGCAGACCTTCCGGCTGGCGCGCTCCGATCGCGTGCTCTGCCATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 GCGGCAGACCTTCCGGCTGGCGCGCTCCGATCGCGTGCTCTGCCATGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGCTGCCCCTGGACGCACAGGCCTCCCACTGGCAACCGGCCTTCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100966 CGCTGCCCCTGGACGCACAGGCCTCCCACTGGCAACCGGCCTTCACCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGGCGCTGTTGGGCTGTTTCCTGCCCCTGCTGGCCATGCTGCTGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101016 CTGGCGCTGTTGGGCTGTTTCCTGCCCCTGCTGGCCATGCTGCTGTGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CGGGGCCACCCTGCACACGCTGGCGGCCAGCGGCCGGCGCTACGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101066 CGGGGCCACCCTGCACACGCTGGCGGCCAGCGGCCGGCGCTACGGCCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGCTGAGGCTGACCGCAGTGGTGCTGGCCTCCGCCGTGGCCTTCTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101116 CGCTGAGGCTGACCGCAGTGGTGCTGGCCTCCGCCGTGGCCTTCTTCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCCAGCAACCTGCTGCTGCTGCTGCATTACTCGGACCCGAGCCCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101166 CCCAGCAACCTGCTGCTGCTGCTGCATTACTCGGACCCGAGCCCCAGCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTGGGGCAACCTCTATGGTGCCTACGTGCCCAGCCTGGCGCTGAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101216 CTGGGGCAACCTCTATGGTGCCTACGTGCCCAGCCTGGCGCTGAGCACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCAACAGCTGCGTGGATCCCTTCATCTACTACTACGTGTCGGCCGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101266 TCAACAGCTGCGTGGATCCCTTCATCTACTACTACGTGTCGGCCGAGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGGGACAAGGTGCGGGCAGGGCTCTTCCAACGGTCGCCGGGGGACACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101316 AGGGACAAGGTGCGGGCAGGGCTCTTCCAACGGTCGCCGGGGGACACCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGCCTCCAAGGCCTCTGCGGAAGGGGGCAGCCGGGGCATGGGCACCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101366 GGCCTCCAAGGCCTCTGCGGAAGGGGGCAGCCGGGGCATGGGCACCCACT

   1150     .    :
   1142 CCTCTTTGCTCCAG
        ||||||||||||||
 101416 CCTCTTTGCTCCAG