seq1 = pF1KE9551.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KE9551/gi568815592r_99820943.tfa (gi568815592r:99820943_100056147), 235205 bp

>pF1KE9551 1020
>gi568815592r:99820943_100056147 (Chr6)

(complement)

1-182  (100001-100182)   100% ->
183-392  (108177-108386)   100% ->
393-587  (113005-113199)   100% ->
588-707  (121631-121750)   100% ->
708-1020  (134893-135205)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCATTTCATGCATCTTGTTGGAACACCTCTGCCGAACTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCATTTCATGCATCTTGTTGGAACACCTCTGCCGAACTTTTAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAATCCTGGAATAAAGAGTTTGCTTATCAAACTGCCAGTGTGGTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAATCCTGGAATAAAGAGTTTGCTTATCAAACTGCCAGTGTGGTAGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGTCATCCTCCCTTCCATGATTGGGATTATCTGTTCAACAGGGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGTCATCCTCCCTTCCATGATTGGGATTATCTGTTCAACAGGGCTGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAACATCCTCATTGTATTCACTATAATAAG         ATCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100151 GGCAACATCCTCATTGTATTCACTATAATAAGGTA...CAGATCCAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAAACAGTCCCTGACATCTATATCTGCAACCTGGCTGTGGCTGATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108186 AAAAACAGTCCCTGACATCTATATCTGCAACCTGGCTGTGGCTGATTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCACATAGTTGGAATGCCTTTTCTTATTCACCAATGGGCCCGAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108236 TCCACATAGTTGGAATGCCTTTTCTTATTCACCAATGGGCCCGAGGGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTGGGTGTTTGGGGGGCCTCTCTGCACCATCATCACATCCCTGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108286 GAGTGGGTGTTTGGGGGGCCTCTCTGCACCATCATCACATCCCTGGATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTGTAACCAATTTGCCTGTAGTGCCATCATGACTGTAATGAGTGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108336 TTGTAACCAATTTGCCTGTAGTGCCATCATGACTGTAATGAGTGTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 G         GTACTTTGCCCTCGTCCAACCATTTCGACTGACACGTTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108386 GGTA...CAGGTACTTTGCCCTCGTCCAACCATTTCGACTGACACGTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGAACAAGGTACAAGACCATCCGGATCAATTTGGGCCTTTGGGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113045 AGAACAAGGTACAAGACCATCCGGATCAATTTGGGCCTTTGGGCAGCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTTATCCTGGCATTGCCTGTCTGGGTCTACTCGAAGGTCATCAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113095 CTTTATCCTGGCATTGCCTGTCTGGGTCTACTCGAAGGTCATCAAATTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGACGGTGTTGAGAGTTGTGCTTTTGATTTGACATCCCCTGACGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113145 AAGACGGTGTTGAGAGTTGTGCTTTTGATTTGACATCCCCTGACGATGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTCTG         GTATACACTTTATTTGACGATAACAACTTTTTTTTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113195 CTCTGGTA...CAGGTATACACTTTATTTGACGATAACAACTTTTTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCCTCTACCCTTGATTTTGGTGTGCTATATTTTAATTTTATGCTATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121667 CCCTCTACCCTTGATTTTGGTGTGCTATATTTTAATTTTATGCTATACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGAGATGTATCAACAGAATAAGGATGCCAGATG         CTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121717 GGGAGATGTATCAACAGAATAAGGATGCCAGATGGTA...CAGCTGCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCAGTGTACCAAAACAGAGAGTGATGAAGTTGACAAAGATGGTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134900 CCCAGTGTACCAAAACAGAGAGTGATGAAGTTGACAAAGATGGTGCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGGTGGTAGTCTTTATCCTGAGTGCTGCCCCTTATCATGTGATACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134950 GCTGGTGGTAGTCTTTATCCTGAGTGCTGCCCCTTATCATGTGATACAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGTGAACTTACAGATGGAACAGCCCACACTGGCCTTCTATGTGGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135000 TGGTGAACTTACAGATGGAACAGCCCACACTGGCCTTCTATGTGGGTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TACCTCTCCATCTGTCTCAGCTATGCCAGCAGCAGCATTAACCCTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135050 TACCTCTCCATCTGTCTCAGCTATGCCAGCAGCAGCATTAACCCTTTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTACATCCTGCTGAGTGGAAATTTCCAGAAACGTCTGCCTCAAATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135100 CTACATCCTGCTGAGTGGAAATTTCCAGAAACGTCTGCCTCAAATCCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GAAGAGCGACTGAGAAGGAAATCAACAATATGGGAAACACTCTGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135150 GAAGAGCGACTGAGAAGGAAATCAACAATATGGGAAACACTCTGAAATCA

   1050     .
   1015 CACTTT
        ||||||
 135200 CACTTT