seq1 = pF1KE9550.tfa, 1194 bp
seq2 = pF1KE9550/gi568815579f_817503.tfa (gi568815579f:817503_1020745), 203243 bp

>pF1KE9550 1194
>gi568815579f:817503_1020745 (Chr19)

1-244  (100001-100244)   100% ->
245-369  (101042-101166)   100% ->
370-505  (101988-102123)   100% ->
506-738  (102372-102604)   100% ->
739-1194  (102788-103243)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACACCGTGGCTACGTCCGGACCCAACGCGTCCTGGGGGGCACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACACCGTGGCTACGTCCGGACCCAACGCGTCCTGGGGGGCACCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACGCCTCCGGCTGCCCGGGCTGTGGCGCCAACGCCTCGGACGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACGCCTCCGGCTGCCCGGGCTGTGGCGCCAACGCCTCGGACGGCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCTTCGCCGCGGGCCGTGGACGCCTGGCTCGTGCCGCTCTTCTTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCTTCGCCGCGGGCCGTGGACGCCTGGCTCGTGCCGCTCTTCTTCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCTGATGCTGCTGGGCCTGGTGGGGAACTCGCTGGTCATCTACGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGCTGATGCTGCTGGGCCTGGTGGGGAACTCGCTGGTCATCTACGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCCGCCACAAGCCGATGCGGACCGTGACCAACTTCTACATCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100201 CTGCCGCCACAAGCCGATGCGGACCGTGACCAACTTCTACATCGGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245    CCAACCTGGCGGCCACGGACGTGACCTTCCTCCTGTGCTGCGTCCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101039 CAGCCAACCTGGCGGCCACGGACGTGACCTTCCTCCTGTGCTGCGTCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCACGGCCCTGCTGTACCCGCTGCCCGGCTGGGTGCTGGGCGACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101089 TTCACGGCCCTGCTGTACCCGCTGCCCGGCTGGGTGCTGGGCGACTTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTGCAAGTTCGTCAACTACATCCAGCAG         GTCTCGGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101139 GTGCAAGTTCGTCAACTACATCCAGCAGGTG...CAGGTCTCGGTGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACGTGTGCCACTCTGACCGCCATGAGTGTGGACCGCTGGTACGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CCACGTGTGCCACTCTGACCGCCATGAGTGTGGACCGCTGGTACGTGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGTTCCCGTTGCGCGCCCTGCACCGCCGCACGCCCCGCCTGGCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GTGTTCCCGTTGCGCGCCCTGCACCGCCGCACGCCCCGCCTGGCGCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTCAGCCTCAGCATCTGGGTAG         GCTCTGCGGCGGTGTCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102101 TGTCAGCCTCAGCATCTGGGTAGGTG...CAGGCTCTGCGGCGGTGTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCCGGTGCTCGCCCTGCACCGCCTGTCACCCGGGCCGCGCGCCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102390 CGCCGGTGCTCGCCCTGCACCGCCTGTCACCCGGGCCGCGCGCCTACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTGAGGCCTTCCCCAGCCGCGCCCTGGAGCGCGCCTTCGCACTGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102440 AGTGAGGCCTTCCCCAGCCGCGCCCTGGAGCGCGCCTTCGCACTGTACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGCTGGCGCTGTACCTGCTGCCGCTGCTCGCCACCTGCGCCTGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102490 CCTGCTGGCGCTGTACCTGCTGCCGCTGCTCGCCACCTGCGCCTGCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGGCCATGCTGCGCCACCTGGGCCGGGTCGCCGTGCGCCCCGCGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102540 CGGCCATGCTGCGCCACCTGGGCCGGGTCGCCGTGCGCCCCGCGCCCGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GATAGCGCCCTGCAG         GGGCAGGTGCTGGCAGAGCGCGCAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102590 GATAGCGCCCTGCAGGTG...CAGGGGCAGGTGCTGGCAGAGCGCGCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGCCGTGCGGGCCAAGGTCTCGCGGCTGGTGGCGGCCGTGGTCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102814 CGCCGTGCGGGCCAAGGTCTCGCGGCTGGTGGCGGCCGTGGTCCTGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCGCCGCCTGCTGGGGCCCCATCCAGCTGTTCCTGGTGCTGCAGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102864 TCGCCGCCTGCTGGGGCCCCATCCAGCTGTTCCTGGTGCTGCAGGCGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGCCCCGCGGGCTCCTGGCACCCACGCAGCTACGCCGCCTACGCGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102914 GGCCCCGCGGGCTCCTGGCACCCACGCAGCTACGCCGCCTACGCGCTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACCTGGGCTCACTGCATGTCCTACAGCAACTCCGCGCTGAACCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102964 GACCTGGGCTCACTGCATGTCCTACAGCAACTCCGCGCTGAACCCGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCTACGCCTTCCTGGGCTCGCACTTCCGACAGGCCTTCCGCCGCGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103014 TCTACGCCTTCCTGGGCTCGCACTTCCGACAGGCCTTCCGCCGCGTCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCCTGCGCGCCGCGCCGCCCCCGCCGCCCCCGCCGGCCCGGACCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103064 CCCTGCGCGCCGCGCCGCCCCCGCCGCCCCCGCCGGCCCGGACCCTCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCCCGCAGCCCCACACGCGGAGCTGCACCGCCTGGGGTCCCACCCGGCCC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 103114 CCCCGCAGCCCCACACGCGGAGCTGCTCCGCCTGGGGTCCCACCCGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCGCCAGGGCGCAGAAGCCAGGGAGCAGTGGGCTGGCCGCGCGCGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103164 CCGCCAGGGCGCAGAAGCCAGGGAGCAGTGGGCTGGCCGCGCGCGGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1165 TGCGTCCTGGGGGAGGACAACGCCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 103214 TGCGTCCTGGGGGAGGACAACGCCCCTCTC